# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ff09201.fasta.nr -Q ../query/KIAA2035.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2035, 1135 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7805418 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5892+/-0.000208; mu= 9.2805+/- 0.012 mean_var=148.6698+/-28.428, 0's: 41 Z-trim: 89 B-trim: 89 in 1/64 Lambda= 0.105187 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|47117369|sp|P61129.1|ZC3H6_HUMAN RecName: Full= (1189) 7857 1205.0 0 gi|118766347|ref|NP_940983.2| zinc finger CCCH-typ (1189) 7857 1205.0 0 gi|114579571|ref|XP_525863.2| PREDICTED: zinc fing (1189) 7788 1194.6 0 gi|109104224|ref|XP_001087547.1| PREDICTED: zinc f (1188) 7712 1183.0 0 gi|149727373|ref|XP_001495641.1| PREDICTED: zinc f (1184) 7020 1078.0 0 gi|34534836|dbj|BAC87128.1| unnamed protein produc ( 938) 6413 985.8 0 gi|194671278|ref|XP_582657.4| PREDICTED: similar t (1213) 6103 938.9 0 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[Rattus norve ( 686) 846 140.8 2.4e-30 gi|114579567|ref|XP_515691.2| PREDICTED: zinc fing ( 291) 840 139.6 2.5e-30 gi|47117585|sp|Q8N5P1.2|ZC3H8_HUMAN RecName: Full= ( 291) 840 139.6 2.5e-30 gi|73980830|ref|XP_540178.2| PREDICTED: similar to ( 328) 840 139.6 2.7e-30 gi|55728208|emb|CAH90852.1| hypothetical protein [ ( 291) 834 138.6 4.7e-30 gi|13161145|gb|AAK13496.1|AF334161_1 zinc finger p ( 291) 829 137.9 8e-30 gi|211828160|gb|AAH60274.2| Zc3h4 protein [Mus mus ( 584) 830 138.3 1.2e-29 gi|47228963|emb|CAG09478.1| unnamed protein produc ( 855) 827 138.1 2.1e-29 gi|109658411|gb|AAI18121.1| Zinc finger CCCH-type ( 303) 820 136.5 2.1e-29 gi|47117633|sp|Q9JJ48.2|ZC3H8_MOUSE RecName: Full= ( 305) 805 134.3 1e-28 gi|50927709|gb|AAH79122.1| Zinc finger CCCH type c ( 305) 800 133.5 1.7e-28 gi|8347090|gb|AAF74513.1|AF061961_1 putative zinc ( 305) 799 133.4 1.9e-28 gi|148710148|gb|EDL42094.1| mCG2069 [Mus musculus] (1038) 787 132.1 1.6e-27 gi|194215674|ref|XP_001917161.1| PREDICTED: simila (1176) 770 129.6 1e-26 gi|195540171|gb|AAI68044.1| LOC100145628 protein [ (1365) 730 123.5 7.8e-25 gi|170284827|gb|AAI61391.1| LOC100145628 protein [ (1053) 685 116.6 7.4e-23 gi|189528905|ref|XP_686060.3| PREDICTED: similar t (1352) 647 110.9 4.8e-21 >>gi|47117369|sp|P61129.1|ZC3H6_HUMAN RecName: Full=Zinc (1189 aa) initn: 7857 init1: 7857 opt: 7857 Z-score: 6448.0 bits: 1205.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 7857; 100.000% identity (100.000% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:55-1189) 10 20 30 KIAA20 KEREKKKSKRRKREKHKHNSPSSDDSSDYS :::::::::::::::::::::::::::::: gi|471 GFEETQDQEAKENEKQKNEKAYRKSRKKHKKEREKKKSKRRKREKHKHNSPSSDDSSDYS 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 KIAA20 LDSDVEHTESSHKKRTGFYRDYDIPFTQRGHISGSYITSKKGQHNKKFKSKEYDEYSTYS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|471 LDSDVEHTESSHKKRTGFYRDYDIPFTQRGHISGSYITSKKGQHNKKFKSKEYDEYSTYS 90 100 110 120 130 140 100 110 120 130 140 150 KIAA20 DDNFGNYSDDNFGNYGQETEEDFANQLKQYRQAKETSNIALGSSFSKESGKKQRMKGVQQ 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