# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ff09201.fasta.huge -Q ../query/KIAA2035.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2035, 1135 aa vs ./tmplib.25089 library 1986370 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0453+/-0.00927; mu= -0.2334+/- 0.626 mean_var=581.8409+/-138.937, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.053171 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1064 ( 1315 res) hj05008s1 (1315) 1062 97.3 1.6e-20 >>KIAA1064 ( 1315 res) hj05008s1 (1315 aa) initn: 1758 init1: 680 opt: 1062 Z-score: 460.5 bits: 97.3 E(): 1.6e-20 Smith-Waterman score: 1992; 34.057% identity (56.478% similar) in 1289 aa overlap (1-1135:123-1314) 10 20 30 KIAA20 KEREKKKSKRRKREKHKHNSPSSDDSSDYS .:.::..::.:.. :::... :::: ::.: KIAA10 RSRKEKGEKHHSDSDEEKSHRRLKRKRKKEREKEKRRSKKRRKSKHKRHASSSDDFSDFS 100 110 120 130 140 150 40 50 60 70 80 KIAA20 LDSDVEHTESSHKKRTGFYRDYDIPFT-QRGHISGSYITSKKGQHNKKFKSKEYDEYSTY ::: .:..:.: ::.:. :.. .. . :. : . .:. :: : : : KIAA10 DDSDFSPSEKGHRK----YREYSPPYAPSHQQYPPSHATPLPKKAYSKMDSKSYGMYEDY 160 170 180 190 200 90 100 110 120 130 KIAA20 SDDNFGNYSDDNFGNYGQETEEDFANQLKQYRQAKETSNIALGS---------------S ....:.: :. ..:.: .::...:.:::.::: :. . :: : KIAA10 ENEQYGEYEGDEEEDMGKEDYDDFTKELNQYRRAKEGSSRGRGSRGRGRGYRGRGSRGGS 210 220 230 240 250 260 140 150 KIAA20 FSKESGKKQRMKG-------------------------------------------VQQG .. :. .: .: ... KIAA10 RGRGMGRGSRGRGRGSMGGDHPEDEEDFYEEEMDYGESEEPMGDDDYDEYSKELNQYRRS 270 280 290 300 310 320 160 170 180 190 200 KIAA20 IEQRVKSFNVGRGRGLPKKIKRKERG-GR--TNKGPNVFSVSDDFQEYNKP-----GKKW ..: .... ::::: . : :: :: . : : ...:: . :.. : .. KIAA10 KDSRGRGLSRGRGRGSRGRGKGMGRGRGRGGSRGGMNKGGMNDDEDFYDEDMGDGGGGSY 330 340 350 360 370 380 210 220 230 240 250 260 KIAA20 KVMTQEFINQHTVEHKGKQICKYFLEGRCIKGDQCKFDHDAELEKRKEICKFYLQGYCTK . .. .:.. ..::: :::::.:::: ::.:.:.:: :: :..:.::::. :.:.. KIAA10 RSRDHDKPHQQS-DKKGKVICKYFVEGRCTWGDHCNFSHDIELPKKRELCKFYITGFCAR 390 400 410 420 430 440 270 280 290 300 310 320 KIAA20 GENCIYMHNEFPCKFYHSGAKCYQGDNCKFSHDDLTKETKKLLDKVLNTDEELINEDERE .::: :::..::::.::. ..: .::.: :::: ::.::..::::.: : : :::.: KIAA10 AENCPYMHGDFPCKLYHTTGNCINGDDCMFSHDPLTEETRELLDKMLADDAEAGAEDEKE 450 460 470 480 490 500 330 340 350 KIAA20 LEELRKRGITPLPKPPPGVGLLPTPPEH-------------------------------- .:::.:.::.::::::::::::::::. 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