# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/eh00720.fasta.huge -Q ../query/KIAA2032.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2032, 952 aa vs ./tmplib.25089 library 1986553 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.7380+/-0.0116; mu= -18.9180+/- 0.784 mean_var=694.2859+/-161.820, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.048675 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0754 ( 1174 res) hh06485 (1174) 317 38.2 0.0073 >>KIAA0754 ( 1174 res) hh06485 (1174 aa) initn: 141 init1: 86 opt: 317 Z-score: 143.3 bits: 38.2 E(): 0.0073 Smith-Waterman score: 364; 24.841% identity (54.299% similar) in 628 aa overlap (259-848:491-1071) 230 240 250 260 270 280 KIAA20 GLVPLANVIAPPPPPYTPNPVGTENEDLSNPSKPIQNQTFSTPASQLFSPHG-SNPSTPA : . .:. ..: :...: : . KIAA07 VCDEDGEAKELDYQATLLEDQAPAHFHRNFPEQVFQDLQRKSPESEILSLHLLVEELRLN 470 480 490 500 510 520 290 300 310 320 330 340 KIAA20 ATPVPTASPVKAINHPSASAAATVSG-MNLLNT--VLPVFP-GQVSSAVHTPQPSIPN-- : :.. .: : ..:.. .: :. .. : .:: ::..: .: .: . . KIAA07 PDGVETVNDTK----PELNVASSEGGEMERRDSDSFLNIFPEKQVTKAGNT-EPVLEEWI 530 540 550 560 570 350 360 370 380 390 KIAA20 PTVIRTPSLPTAPVTSIHSTTTTPVPSIFSG--LVSLPGPSATPTAATPTPGPTPRSTLG : :.. :: :: : ..... . .:: : ....:.: .: ..:. .: : .. KIAA07 P-VLQRPSR-TAAVPTVKDALDAALPSPEEGTSIAAVPAPEGTAVVAALVPFPHEDILVA 580 590 600 610 620 630 400 410 420 430 440 450 KIAA20 SSEAFASTSAPFTSLPFSTSSSAASTSNPNSASLSSVFAGLPLPLPPTSQGLSNPTPVIA : ..:: . .::..: :. :.. .: ...: .. ..:.: KIAA07 S----------IVSLE-EEDVTAAAVSAPERATVPAVTVSVPEGTAAVA-AVSSPEE--- 640 650 660 670 460 470 480 490 500 510 KIAA20 GGSTPSVAGPLGVNSPLLSALKGFLTSNDTNLINSSALSSAVTSGLASLSSLTL----QN ..:.::. .... .::. :: . . . : . .. . . .. : .. KIAA07 --TAPAVAA--AITQEGMSAVAGF-SPEWAALAITVPITEEDGTPEGPVTPATTVHAPEE 680 690 700 710 720 730 520 530 540 550 560 570 KIAA20 SDSSA---SAPNKCYAPSA-IPTPQRTSTPGLALFPGLPSPVANSTSTPLTLPVQSPLAT :..: :.:.. .:.: .:::.. ..:. :. : :.. ....: : . : . KIAA07 PDTAAVRVSTPEEPASPAAAVPTPEEPTSPAAAV-PTPEEPTSPAAAVP---PPEEPTSP 740 750 760 770 780 580 590 600 610 620 KIAA20 AASASTSVPVSCGSSASLLRGPHPGTSDLHISSTPAATTLP---VMIKTEPTSPTPSAFK ::.. : : : :. . :. :: :: : : : :::::. .: KIAA07 AAAVPT--PEEPTSPAAAVPTPEEPTSPAAAVPTPEEPTSPAAAVPTPEEPTSPA-AAVP 790 800 810 820 830 840 630 640 650 660 670 680 KIAA20 GPSHSGNPSHG--TLGLSGTLGRAYTSTSVPISLSACL-NPALSGLSSLSTPLNGSNPLS : . .:. . : .. . : . : : .: . .: .. . ..: . . KIAA07 TPEEPTSPAAAVPTPEEPASPAAAVPTPEEPASPAAAVPTPEEPAFPAPAVPTPEESASA 850 860 870 880 890 900 690 700 710 720 730 KIAA20 SISLP-PHGSSTPIAPVFTALPS--FTSLTNNFPLTGNPSLNPSVSLPGSLIAT----SS ....: :. :..: : : : : :.... .. .:. :: :....:: .: KIAA07 AVAVPTPEESASPAAAVPTPAESASFAAVVATLEEPTSPA--ASVPTPAAMVATLEEFTS 910 920 930 940 950 960 740 750 760 770 780 790 KIAA20 TAATSTSLPHPSSTAAVLSGLSASAPVSAAPFPLNLSTAVPSLFSVTQGPLSSSNP---S ::. . .:.: ::..: . :.: : .:::.: :.. . .: : KIAA07 PAASVPTSEEPASLAAAVS--NPEEPTSPA-------AAVPTLEEPTSSAAAVLTPEELS 970 980 990 1000 1010 800 810 820 830 840 850 KIAA20 YPGFSVSNTPSVTPALPS--FPGLQAPSTVAAVTPLPVAATAPS---PAPVLPGFASAFS :. :: :: :: :. .:. :.. ::..: : .:. :. :.: .:.. .: KIAA07 SPAASVP-TPE-EPASPAAAVSNLEEPASPAAAVPTPEVAAIPAASVPTPEVPAIPAAAV 1020 1030 1040 1050 1060 1070 860 870 880 890 900 910 KIAA20 SNFNSALVAQAGLSSGLQAAGSSVFPGLLSLPGIPGFPQNPSQSSLQELQHNAAAQSALL KIAA07 PPMEEVSPIGVPFLGVSAHTDSVPISEEGTPVLEEASSTGMWIKEDLDSLVFGIKEVTST 1080 1090 1100 1110 1120 1130 952 residues in 1 query sequences 1986553 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:26:23 2008 done: Thu Dec 18 15:26:24 2008 Total Scan time: 0.680 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]