# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg04183.fasta.huge -Q ../query/KIAA2028.ptfa ./tmplib.25089 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA2028, 1449 aa
 vs ./tmplib.25089 library

1986056 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5510+/-0.00813; mu= 1.3448+/- 0.551
 mean_var=288.1845+/-70.467, 0's: 0 Z-trim: 6  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.075551

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA1200  ( 1403 res)   fg02656                    (1403) 3973 447.9  6e-126
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KIAA0969  ( 1091 res)   hj06525                    (1091)  229 39.7  0.0036


>>KIAA1200  ( 1403 res)   fg02656                         (1403 aa)
 initn: 3983 init1: 1488 opt: 3973  Z-score: 2353.1  bits: 447.9 E(): 6e-126
Smith-Waterman score: 4179;  48.534% identity (71.370% similar) in 1467 aa overlap (1-1449:85-1403)

                                             10        20        30
KIAA20                               LERQVIDAERQAEKAFQQVQVMEDKLKAAN
                                     ::.....::..::.:  :: :::.:.: .:
KIAA12 KRCLTLETQLFRFRLQASKIRELLADKMQELEQRLLEAEQRAENAETQVGVMEEKVKLSN
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               40        50        60        70        80        90
KIAA20 IQTSESETRLYNKCQDLESLIQEKDDVIQNLELQLEEQKQIRIQEAKIIEEKAAKIKEWV
       ... .::  :. : :.: . :. ::..:..:: :::.:::.: .::: ..::::::::::
KIAA12 LKNVDSEGSLHRKYQELLKAIKGKDELISQLEAQLEKQKQMRAEEAKTVQEKAAKIKEWV
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KIAA20 TVKLNELELENQNLRLINQNQTEEIRTMQSKLQEVQGKKSSTVSTLKLSEGQRLSSLTFG
       :.:: .::.:::.:.  ::  .:.. ..:. :. .:           .. ...:      
KIAA12 TLKLAKLEMENQHLKSHNQRLVEQVGSLQDALEAIQ-----------IAPSRKLL-----
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KIAA20 CFLSRARSPPQVVKSEEMSKISSKEPEFTEGKDMEEMEIPEKSVDNQVLENNRGQRTLHQ
               ::    . :.... : ::       .. :                :: .   
KIAA12 -------VPP--YGAAEQDSVPS-EP------GIQPM----------------GQDS---
             220         230                              240      

              220       230       240       250       260       270
KIAA20 TPCGSEQNRKTRTSFATDGGISQNSGAPVSDWSSDEEDGSKGRSKSRCTSTLSSHTSEEG
          ::. .    . .: . :  :.. . ::. .:  ::.:        .::.  :..:  
KIAA12 ---GSQAQGLKAAVLAPSPGALQSKDS-VSEAASPLEDSS--------SSTV--HSGET-
              250       260        270               280           

              280       290       300          310        320      
KIAA20 VQCSRMGSEMYLTASDDSSSIFEEETFGIKRPEHK---KLYSWQ-QEAQWKALNSPLGKG
       :. . .                 .  .: . : :.   :: ... . :.:       :.:
KIAA12 VEAKPL-----------------QPHLGRESPPHQPCMKLLTFRCSSASW-------GEG
      290                        300       310       320           

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KIAA20 NSELSKKEQDSSSDELNKKFQSQRLDYSSSSSEANTPSPILTPALMPKHPNSLSGKGTQL
                            .::                   ...:   .:    :   
KIAA12 ------------------LVTAQR-------------------GMLPGTKTSAREGG---
                            330                          340       

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KIAA20 VPSSHLPPPKLRIPNVFSISVALAKRHLSQPQLSSD---RMFGTNRNAISMIRPLRPQET
        :.: :  ::.: :..   :. ::::: ::::..     :. . . .:.: ..:    : 
KIAA12 -PGSSLTLPKVRAPGTPRDSIQLAKRHHSQPQVGHGHFGRVVNIETEAFSALHPSGLPEL
           350       360       370       380       390       400   

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KIAA20 DLDLVDGDSTEVLENMDTSCDDGLFSYDSLDSPNSDDQEHCDSAKKVAY-SKPPTPPLHR
       .     . : :  :.:.        . .  .::..   :     ..:   .::::::::.
KIAA12 E---SRARSREEPEKMEMEEPPPAGKNEERESPKALGAE----LEEVELGNKPPTPPLHQ
              410       420       430           440       450      

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KIAA20 FPSWESRIYAVAKSGIRMSEAFNMESVNKNSAATLSYTTSGLYTSLIYKNMTTPVYTTLK
       : :::::::::: ::.:.:.     ..   ...  . .. : ...:.:::.:.::::.::
KIAA12 FSSWESRIYAVATSGMRLSDMSPRSNTACCASSPPALVSPGSFSGLVYKNVTVPVYTALK
        460       470       480       490       500       510      

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KIAA20 GKATQISSSPFLDDSSGSEEEDSSRSSSRTS--ESDSRSRSGPGSPRAMKRGVSLSSVAS
       :.:::::. ::.:.::::... ::..: : :   :.::. :: :::::.:::::.::..:
KIAA12 GRATQISNMPFMDESSGSDDDCSSQASFRISVPSSESRKTSGLGSPRAIKRGVSMSSLSS
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KIAA20 ESDYAIPPDAYSTDTEYSQPEQKLPKTCSSSSDN-G-KNEPLEKSGYLLKMSGKVKSWKR
       :.:::::::: : :..::.::.:: .: : :.:. :  .: ::::::::::...::.:::
KIAA12 EGDYAIPPDACSLDSDYSEPEHKLQRTSSYSTDGLGLGGESLEKSGYLLKMGSQVKTWKR
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       :::::. :...::::::::::::::...:.. :.:.::...:: :: .::.:::::::::
KIAA12 RWFVLRQGQIMYYKSPSDVIRKPQGQVDLNSRCQIVRGEGSQTFQLISEKKTYYLTADSP
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KIAA20 NILEEWIKVLQNVLRVQAANPLSLQPEG-KPTMKGLLTKVKHGYSKRVWCTLIGKTLYYF
       ..:::::.:::..:.:::..: .:   : :::.:: :::::::.:: :::.:.:: .::.
KIAA12 SLLEEWIRVLQSLLKVQATGPPALLRGGTKPTVKGWLTKVKHGHSKVVWCALVGKIFYYY
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       ::.::: ::: . . .:..:::::::::::::::.: : :::.: :.:::: ...:::::
KIAA12 RSHEDKRPLGCLPVRDAHIEEVDRSCDSDEDYEAGGTRRLLSSHCTLVIHPTEHSPTYLL
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       ::.::::::::::::::::.....::. .:::. ::.. .:.:.: .:::: ::.::.:.
KIAA12 IGTKHEKDTWLYHLTVAAGGSSAKVGTAYEQLIGKLMDGEGDPDSPLWRHPMLCYSKDGL
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        . :::::::::::::.::::.::::::. :.. ..:::.::::.:::.::.:::::.::
KIAA12 YASLTTLPSEALQTEALKLFKSCQLFINVPVEAASVDYHVSLAQTALQVCLVHPELQSEI
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KIAA20 CCQLIKQTRRRQPQNQPGPLQGWQLLALCVGLFLPHHPFLWLLRLHLKRNADSRTEFGKY
        :::.:::  : ::.  . .: :::::::. ::::.: ::: .. .:.:.:: :.: :.:
KIAA12 YCQLMKQTSCRPPQKY-SLMQCWQLLALCAPLFLPQHHFLWYVKQQLQRHADPRSETGQY
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KIAA20 AIYCQRCVERTQQNGDREARPSRMEILSTLLRNPYHHSLPFSIPVHFMNGIYQVVGFDAS
       : :::: :::: ..:.:::::::::..: :::::.:::::::::::: :: :.:::::.:
KIAA12 ATYCQRAVERTLRTGEREARPSRMEVVSILLRNPFHHSLPFSIPVHFTNGTYHVVGFDGS
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KIAA20 TTVEEFLNTLNQDTGMRKPAQSGFALFTDDPSGRDLEHCLQGNIKICDIISKWEQASKEQ
       .::.:::. :::. :::::..:::::::::::::::::::::..:::: ::::::: :: 
KIAA12 STVDEFLQRLNQEIGMRKPSHSGFALFTDDPSGRDLEHCLQGSVKICDAISKWEQAMKEL
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       1160       1170      1180      1190      1200      1210     
KIAA20 QPGKCEG-TRTVRLTYKNRLYFSVQARGETDREKLLLMYQTNDQIINGLFPLNKDLALEM
       .::: :: ::.:.: :::::::  :..::::::.:::  ::. .:. : ::.::.:::::
KIAA12 HPGKSEGGTRVVKLMYKNRLYFRSQVKGETDRERLLLASQTSREIVAGRFPINKELALEM
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        1220      1230      1240      1250      1260      1270     
KIAA20 AALLSQVEIGDFERPFSTPAGHVTNQCKVNQTLKQVIEKFYPKRYRDGCSEEQLRQLCQR
       :::..::: ::.:.: . :.   :.  :... :.::...:.:.::: :   ::::.: . 
KIAA12 AALMAQVEYGDLEKP-ALPGPGGTSPAKAQHLLQQVLDRFHPRRYRHGAPAEQLRHLADM
        1180      1190       1200      1210      1220      1230    

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KIAA20 LSTRWMALRGHSAADCVRIYLTVARKWPFFGAKLFLAKPITPSSLGSTFLWLAVHEDGLS
       :.:.: .:.: :  .:.:::::::::::::::::: :.:   ::  ....:.::.:::.:
KIAA12 LTTKWATLQGCSPPECIRIYLTVARKWPFFGAKLFAAQPAQLSSKENALVWIAVNEDGVS
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KIAA20 LLEYNSMRLIVSYVYKSLMTFGGYQDDFMVVINNTHSKDKPT---EKLLFAMAKPKILEI
       .:..:.:.. ..: :.:. :::: .::::.:: .  .:..     :::.: :: ::: : 
KIAA12 ILDHNTMQVHITYPYSSVTTFGGCRDDFMLVIRSIPDKSSGKSHIEKLIFRMAAPKIAEA
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KIAA20 TLLIASYINNFHQQKAAFHHLSAPALLSAQTRGPQARMMGSQPLLSSSRPTKGPTLL
       :...:::.:  :   ..    . :.  . :      .. : : . : :  :::::::
KIAA12 TFIMASYMN--HCTTTVNPPTNPPG--ACQLW----ELDGRQFFSSVSCATKGPTLL
         1360        1370        1380          1390      1400   

>>KIAA0799  ( 2111 res)   fg01615y1                       (2111 aa)
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Smith-Waterman score: 468;  21.526% identity (50.772% similar) in 1101 aa overlap (440-1407:1061-2097)

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                                     :. ..    :  .. .  . :.: .:  ..
KIAA07 EKPNFNFSQPYPEEEVDEGFEADDDAFKDSPNPSEHGHSDQRTSGIRTSDDSSEEDPYMN
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KIAA20 YDSLDSPNSDDQEHCDSAKKVAYSKPPTPPLHRFPSWESRIYAVAKSGIRMSEA--FNME
        :..  :.: .    ::.  .: :   .  ::   : ::      ..:   :    ....
KIAA07 -DTV-VPTSPSA---DSTVLLAPSVQDSGSLHNSSSGESTYCMPQNAGDLPSPDGDYDYD
               1100         1110      1120      1130      1140     

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KIAA20 SVNKNSAATLSYTTSGLYTSLIYKNMTTPVYTTLKGKATQISSSPFLDDSSGSEEEDSSR
       . . ...:  : ..  . .:  : .. .: :    :  :  ::. .  .: :..      
KIAA07 QDDYEDGAITSGSSVTFSNS--YGSQWSPDYRCSVG--TYNSSGAYRFSSEGAQ------
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KIAA20 SSSRTSESDSRSRSGPGSPRAMKRGVSLSSVASESDYAIPPDAYSTDTEYSQPEQKLPKT
       :: . :: :  ::    .  ...:    : :.    ...    :     ... ...    
KIAA07 SSFEDSEEDFDSRFDTDDELSYRRDSVYSCVTLPYFHSF---LYMKGGLMNSWKRRW---
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       :  ....     .:.: : :.:.: : .:     . ..::.:::::. ..:.:... :. 
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        .: .: .:. ..  :. . .:.. ...    .:..: :.::.   .:..::..:     
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       ...    :  .:..  ..:  : :.      :   . . : ::    .   :. :    .
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]