# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg04183.fasta.huge -Q ../query/KIAA2028.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2028, 1449 aa vs ./tmplib.25089 library 1986056 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5510+/-0.00813; mu= 1.3448+/- 0.551 mean_var=288.1845+/-70.467, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.075551 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1200 ( 1403 res) fg02656 (1403) 3973 447.9 6e-126 KIAA0799 ( 2111 res) fg01615y1 (2111) 285 46.2 7.9e-05 KIAA0969 ( 1091 res) hj06525 (1091) 229 39.7 0.0036 >>KIAA1200 ( 1403 res) fg02656 (1403 aa) initn: 3983 init1: 1488 opt: 3973 Z-score: 2353.1 bits: 447.9 E(): 6e-126 Smith-Waterman score: 4179; 48.534% identity (71.370% similar) in 1467 aa overlap (1-1449:85-1403) 10 20 30 KIAA20 LERQVIDAERQAEKAFQQVQVMEDKLKAAN ::.....::..::.: :: :::.:.: .: KIAA12 KRCLTLETQLFRFRLQASKIRELLADKMQELEQRLLEAEQRAENAETQVGVMEEKVKLSN 60 70 80 90 100 110 40 50 60 70 80 90 KIAA20 IQTSESETRLYNKCQDLESLIQEKDDVIQNLELQLEEQKQIRIQEAKIIEEKAAKIKEWV ... .:: :. : :.: . :. ::..:..:: :::.:::.: .::: ..:::::::::: KIAA12 LKNVDSEGSLHRKYQELLKAIKGKDELISQLEAQLEKQKQMRAEEAKTVQEKAAKIKEWV 120 130 140 150 160 170 100 110 120 130 140 150 KIAA20 TVKLNELELENQNLRLINQNQTEEIRTMQSKLQEVQGKKSSTVSTLKLSEGQRLSSLTFG :.:: .::.:::.:. :: .:.. ..:. :. .: .. ...: KIAA12 TLKLAKLEMENQHLKSHNQRLVEQVGSLQDALEAIQ-----------IAPSRKLL----- 180 190 200 210 160 170 180 190 200 210 KIAA20 CFLSRARSPPQVVKSEEMSKISSKEPEFTEGKDMEEMEIPEKSVDNQVLENNRGQRTLHQ :: . :.... : :: .. : :: . 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KIAA12 AALMAQVEYGDLEKP-ALPGPGGTSPAKAQHLLQQVLDRFHPRRYRHGAPAEQLRHLADM 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1280 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA20 LSTRWMALRGHSAADCVRIYLTVARKWPFFGAKLFLAKPITPSSLGSTFLWLAVHEDGLS :.:.: .:.: : .:.:::::::::::::::::: :.: :: ....:.::.:::.: KIAA12 LTTKWATLQGCSPPECIRIYLTVARKWPFFGAKLFAAQPAQLSSKENALVWIAVNEDGVS 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1340 1350 1360 1370 1380 1390 KIAA20 LLEYNSMRLIVSYVYKSLMTFGGYQDDFMVVINNTHSKDKPT---EKLLFAMAKPKILEI .:..:.:.. ..: :.:. :::: .::::.:: . .:.. :::.: :: ::: : KIAA12 ILDHNTMQVHITYPYSSVTTFGGCRDDFMLVIRSIPDKSSGKSHIEKLIFRMAAPKIAEA 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1400 1410 1420 1430 1440 KIAA20 TLLIASYINNFHQQKAAFHHLSAPALLSAQTRGPQARMMGSQPLLSSSRPTKGPTLL :...:::.: : .. . :. . : .. : : . : : ::::::: KIAA12 TFIMASYMN--HCTTTVNPPTNPPG--ACQLW----ELDGRQFFSSVSCATKGPTLL 1360 1370 1380 1390 1400 >>KIAA0799 ( 2111 res) fg01615y1 (2111 aa) initn: 324 init1: 140 opt: 285 Z-score: 178.5 bits: 46.2 E(): 7.9e-05 Smith-Waterman score: 468; 21.526% identity (50.772% similar) in 1101 aa overlap (440-1407:1061-2097) 410 420 430 440 450 460 KIAA20 AKRHLSQPQLSSDRMFGTNRNAISMIRPLRPQETDLDLVDGDSTEVLENMDTSCDDGLFS :. .. : .. . . :.: .: .. KIAA07 EKPNFNFSQPYPEEEVDEGFEADDDAFKDSPNPSEHGHSDQRTSGIRTSDDSSEEDPYMN 1040 1050 1060 1070 1080 1090 470 480 490 500 510 520 KIAA20 YDSLDSPNSDDQEHCDSAKKVAYSKPPTPPLHRFPSWESRIYAVAKSGIRMSEA--FNME :.. :.: . ::. .: : . :: : :: ..: : .... KIAA07 -DTV-VPTSPSA---DSTVLLAPSVQDSGSLHNSSSGESTYCMPQNAGDLPSPDGDYDYD 1100 1110 1120 1130 1140 530 540 550 560 570 580 KIAA20 SVNKNSAATLSYTTSGLYTSLIYKNMTTPVYTTLKGKATQISSSPFLDDSSGSEEEDSSR . . ...: : .. . .: : .. .: : : : ::. . .: :.. KIAA07 QDDYEDGAITSGSSVTFSNS--YGSQWSPDYRCSVG--TYNSSGAYRFSSEGAQ------ 1150 1160 1170 1180 1190 590 600 610 620 630 640 KIAA20 SSSRTSESDSRSRSGPGSPRAMKRGVSLSSVASESDYAIPPDAYSTDTEYSQPEQKLPKT :: . :: : :: . ...: : :. ... : ... ... KIAA07 SSFEDSEEDFDSRFDTDDELSYRRDSVYSCVTLPYFHSF---LYMKGGLMNSWKRRW--- 1200 1210 1220 1230 1240 650 660 670 680 690 KIAA20 CSSSSDN-----GKNEPLEKSGYLLKMSG-----KVKSWKRRWFVLKGGELLYYKSPSDV : .... .:.: : :.:.: : .: . ..::.:::::. ..:.:... :. KIAA07 CVLKDETFLWFRSKQEAL-KQGWLHKKGGGSSTLSRRNWKKRWFVLRQSKLMYFENDSE- 1250 1260 1270 1280 1290 1300 700 710 720 730 740 750 KIAA20 IRKPQGHIELSASCSILRGDNKQT-VQLTTEKHTYYLTADSPNILEEWIKVLQNV----- .: .: .:. .. :. . .:.. ... .:..: :.::. .:..::..: KIAA07 -EKLKGTVEVRTAKEIIDNTTKENGIDIIMADRTFHLIAESPEDASQWFSVLSQVHASTD 1310 1320 1330 1340 1350 1360 760 770 780 KIAA20 -----LRVQAANPL----------------SLQPEGKPTMKGLLT--KVKHGYSKRV--- .. . ::: : .:. .:. ..: .: : . KIAA07 QEIQEMHDEQANPQNAVGTLDVGLIDSVCASDSPD-RPNSFVIITANRVLHCNADTPEEM 1370 1380 1390 1400 1410 1420 790 800 810 820 KIAA20 --WCTLIGKTLYYFRSQEDKF-------------P-LGQIKL---WEAKVEE-VDRSCDS : ::. .. : . ..: : ....:: : . ... .: .: KIAA07 HHWITLLQRSKGDTRVEGQEFIVRGWLHKEVKNSPKMSSLKLKKRWFVLTHNSLDYYKSS 1430 1440 1450 1460 1470 1480 830 840 850 860 870 KIAA20 DEDYEASGRSLLSTHYTIVIHPKDQ------GPTYLLI-GSKHEKDTWLYHLTVA----A ... : .:.. ..: : :. : . . : :: . :. : . KIAA07 EKNALKLGTLVLNSLCSVV--PPDEKIFKETGYWNVTVYGRKHCYRLYTKLLNEATRWSS 1490 1500 1510 1520 1530 1540 880 890 900 910 920 KIAA20 GSNNVN-----VGSEFEQLVCKLLN--IDGEPSSQIW-RHPTLCHSKEGIISPLTTLPS- . .::. . . .::. . . .... ::. :.: : .... . ::: :: KIAA07 AIQNVTDTKAPIDTPTQQLIQDIKENCLNSDVVEQIYKRNPILRYTHHPLHSPLLPLPYG 1550 1560 1570 1580 1590 1600 930 940 950 960 970 KIAA20 ------------EALQTEAIKLFKTCQLFINAAVDSPAIDYHISLAQSALQICLTHPELQ .:: ::::.:.. : . ....: : . :. :: :. KIAA07 DINLNLLKDKGYTTLQDEAIKIFNSLQQL--ESMSDP-----IPIIQGILQTGHDLRPLR 1610 1620 1630 1640 1650 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA20 NEICCQLIKQTRRRQPQNQPGPLQGWQLLALCVGLFLPHHPFLWLLRLHLKRNADSR--T .:. ::::::: . .. : : .::.:. ::: . .: :..:::: .. : KIAA07 DELYCQLIKQTNKVPHPGSVGNLYSWQILTCLSCTFLPSRGILKYLKFHLKRIREQFPGT 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA20 EFGKYAIYCQRCVERTQQNGDREARPSRMEILSTLLRNPYHHSLPFSIPVHFMNGIYQVV :. :::.. . ...:. :: ::: :: . . : .. :. .: . KIAA07 EMEKYALFTYESLKKTKC---REFVPSRDEIEALI------HRQEMTSTVYCHGGGSCKI 1720 1730 1740 1750 1760 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA20 GFDASTTVEEFLNTLNQDTGMRKPAQSGFALFTDDPSGRDLEHCLQGNIKICDIISKWEQ ... ::. : .. : . .: . ... :::: . .:. ... ... . :...:.:. KIAA07 TINSHTTAGEVVEKLIRGLAM-EDSRNMFALF--EYNGH-VDKAIESRTVVADVLAKFEK 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA20 ASKEQQPGKCEGTRTVRLTYKNRLYFSVQARGETDREKLLLMYQTNDQIINGLFPLNKDL . .. : .. .: ..... . . : ... :... .:.: : .. KIAA07 LAATSEVGDL----PWKFYFKLYCFLDTDNVPKDSVEFAFMFEQAHEAVIHGHHPAPEEN 1830 1840 1850 1860 1870 1220 1230 1240 1250 KIAA20 ALEMAALLSQVEIGDFERPFSTPA-GHVTNQCKVNQTLKQVIEKFYP-----KR------ .::: : ::. . : .: . ... ..: . : : :: KIAA07 LQVLAALRLQYLQGDYTLHAAIPPLEEVYSLQRLKARISQSTKTFTPCERLEKRRTSFLE 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1260 1270 1280 1290 KIAA20 ------YRDGC------SEEQLRQL--CQRLST-------RWMALRGHSAADCVRIYLTV .: : :::. .. ...:. .: ..: . . . :... KIAA07 GTLRRSFRTGSVVRQKVEEEQMLDMWIKEEVSSARASIIDKWRKFQGMNQEQAMAKYMAL 1940 1950 1960 1970 1980 1990 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA20 ARKWPFFGAKLFLAKPITPSSLG-STFLWLAVHEDGLSLLEYNSMRLIVSYVYKSLMTFG ..:: .:. :: . . : :::.: :..:. . . : . . :. ...:: KIAA07 IKEWPGYGSTLF---DVECKEGGFPQELWLGVSADAVSVYKRGEGRPLEVFQYEHILSFG 2000 2010 2020 2030 2040 2050 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA20 G-YQDDFMVVINNTHSKDKPTEKLLFAMAKPKILEITLLIASYINNFHQQKAAFHHLSAP . . . .:... ..::: .. ..... :. .::. . ... KIAA07 APLANTYKIVVDE--------RELLFETSE--VVDVAKLMKAYISMIVKKRYSTTRSASS 2060 2070 2080 2090 2100 1420 1430 1440 KIAA20 ALLSAQTRGPQARMMGSQPLLSSSRPTKGPTLL KIAA07 QGSSR 2110 >>KIAA0969 ( 1091 res) hj06525 (1091 aa) initn: 187 init1: 92 opt: 229 Z-score: 148.9 bits: 39.7 E(): 0.0036 Smith-Waterman score: 229; 26.147% identity (55.046% similar) in 218 aa overlap (573-783:20-221) 550 560 570 580 590 600 KIAA20 GLYTSLIYKNMTTPVYTTLKGKATQISSSPFLDDSSGSEEEDSSRSSSRTSESDSRSRSG :: .:. :.... . . : : ...: KIAA09 SFPARGSHLRSRHNERRNTFLHPVTGQVPEENKKFDLKISTLDMSNKTG 10 20 30 40 610 620 630 640 650 660 KIAA20 PGSPRAMKRGVSLSSVASESDYAIPPDAYSTDTEYSQPEQKLPKTCSSSSDNGKNEPLEK : . . . ...:: .::. :. . . . : : . : :. : KIAA09 GKRPATTNSDIPNHNMVSE----VPPERPSVRATRTARKAIAFGKRSHSMKRNPNAPVTK 50 60 70 80 90 100 670 680 690 700 710 KIAA20 SGYLLKM-SGKVKSWKRRWFVLKGGELLYYKSPSDVIRKPQGHIELSA--SCSILRGDNK .:.:.:. :. ::.:..::::: :.:::. .. .. : : : . .. .:: KIAA09 AGWLFKQASSGVKQWNKRWFVLVDRCLFYYKDEKE--ESILGSIPLLSFRVAAVQPSDNI 110 120 130 140 150 160 720 730 740 750 760 770 KIAA20 QTVQLTTEKH----TYYLTADSPNILEEWIKVLQNVLRVQAANPLSLQPEGKPTMKGLLT . . .: ::...:.::. : ::... .. ::: : :..:.. KIAA09 SRKHTFKAEHAGVRTYFFSAESPEEQEAWIQAMGEAARVQI--P--------PAQKSVPQ 170 180 190 200 210 780 790 800 810 820 830 KIAA20 KVKHGYSKRVWCTLIGKTLYYFRSQEDKFPLGQIKLWEAKVEEVDRSCDSDEDYEASGRS :.:.. : KIAA09 AVRHSHEKPDSENVPPSKHHQQPPHNSLPKPEPEAKTRGEGDGRGCEKAERRPERPEVKK 220 230 240 250 260 270 1449 residues in 1 query sequences 1986056 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:26:14 2008 done: Thu Dec 18 15:26:15 2008 Total Scan time: 0.830 Total Display time: 0.260 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]