# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk11517.fasta.huge -Q ../query/KIAA2026.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2026, 858 aa vs ./tmplib.25089 library 1986647 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8448+/-0.00876; mu= -9.0892+/- 0.592 mean_var=347.2037+/-84.440, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.068831 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2032 ( 952 res) eh00720 ( 952) 241 38.6 0.004 >>KIAA2032 ( 952 res) eh00720 (952 aa) initn: 108 init1: 72 opt: 241 Z-score: 148.0 bits: 38.6 E(): 0.004 Smith-Waterman score: 325; 23.951% identity (51.962% similar) in 739 aa overlap (148-847:193-880) 120 130 140 150 160 170 KIAA20 PSMGKNLKLTLGHTTGSGDLGHVIDKTSHMPSSPLKSSICSSTLLPSTTSSSVSVISISA ::.: :. .: .:. KIAA20 INGIFPGTPLKKDGEECTNEGKGIAARILGPSKPPPSTYNPHKPVPYPIPPCRPHATIAP 170 180 190 200 210 220 180 190 200 210 220 230 KIAA20 ANFGQNNANIIHTPTKQQQVDYITKSYPVTRSEATAATNGDVISGT-PVQKLMLVSAPSI . . :::... : .. :. : . ... : :. . . :.:. . . : KIAA20 SAY--NNAGLV--PL----ANVIAPPPPPYTPNPVGTENEDLSNPSKPIQNQTFSTPASQ 230 240 250 260 270 240 250 260 270 280 290 KIAA20 LSSGNGTAINMTPALTSTGVSAQKLVFINAPVPSGTSTPTLVAESLKQTLP--PPLHKAY : : .:. . ::: : . .:. . :: : :...: . . . :. .:: : .. KIAA20 LFSPHGSNPS-TPAATPVP-TASPVKAINHPSASAAATVSGM-NLLNTVLPVFPGQVSSA 280 290 300 310 320 330 300 310 320 330 340 350 KIAA20 VKTPE----QPQIVLIPSTVGTPIKINSSPAVSQIKDVKIGLNIGQAIVNTSGTVPAIPS :.::. .: .. :: .:. : ... . .. :: :. : . . KIAA20 VHTPQPSIPNPTVIRTPSLPTAPVTSIHSTTTTPVPSIFSGL------VSLPGPSATPTA 340 350 360 370 380 360 370 380 390 400 410 KIAA20 INILQNVTPKGEDKSSKGYILPLSTSGNSVPVSSNFVSQNITPVNESVVSSARAVNVLSV . . ::.. ::... :. .:.: :.. . . . : . .::. : : . KIAA20 ATPTPGPTPRSTLGSSEAFA-STSAPFTSLPFSTSSSAASTSNPNSASLSSVFAGLPLPL 390 400 410 420 430 440 420 430 440 450 460 KIAA20 TGANLSLGS-FPVTSASASAGAQPPVLVSGNDTSSRIMPILSNRLCS--SSLGNTVAIST .. .:.. :: ::.. : ... ..: .. :.. : : ..: :. :.:. KIAA20 PPTSQGLSNPTPVI-----AGGSTPSVAGPLGVNSPLLSALKGFLTSNDTNLINSSALSS 450 460 470 480 490 470 480 490 500 510 KIAA20 VKTGHLAS--SVLISTTQPVVS-P-KCLT-SALQIPVTVA---------LPTPATTSPKI . :. ::: :. ..... .: : :: . ::. : .. ::.:...: . KIAA20 AVTSGLASLSSLTLQNSDSSASAPNKCYAPSAIPTPQRTSTPGLALFPGLPSPVANSTST 500 510 520 530 540 550 520 530 540 550 560 KIAA20 INTVPHS---AAVPGATRSVSISKRQSRTSLQFHSPGIS----------TTVPTNVNTNK :.: . :.. .:. :: .: .: . :. :: : ::.:. ..: . KIAA20 PLTLPVQSPLATAASASTSVPVSCGSSASLLRGPHPGTSDLHISSTPAATTLPVMIKT-E 560 570 580 590 600 610 570 580 590 600 610 620 KIAA20 PQTELSSLSTSPGKITNTSNFASLPNQQALVKTPSYSSAPGGTTIHTASAPSNVTSLVGS : . : .:.. : :. ..: . .: .. . .:.: . . : :...:: KIAA20 PTSPTPSAFKGPSHSGNPSH-GTLGLSGTLGRAYTSTSVPISLSACLNPALSGLSSL--- 620 630 640 650 660 670 630 640 650 660 670 680 KIAA20 QFSEPCIQQKIVINTSTPLAPGTQIMINGTRFIVPPQGLGAGSHVLLISTNPKYGAPLVL : : .: :.::. . .. .:. . : . : . : .. : : : : KIAA20 --STP-------LNGSNPLS-SISLPPHGSSTPIAPVFTALPSFTSLTNNFPLTGNP-SL 680 690 700 710 720 690 700 710 720 730 740 KIAA20 NSGQGIQSTPIDNSAQKITLASNNSLSGQPLQHPLRSPTKFINSFGNASSIPTVHTSPQL : . .. .. : .:. : :...:: : :: : : . : : ..: : : ..: KIAA20 NPSVSLPGSLIATSS---TAATSTSL---P--HP--SSTAAVLS-GLSASAP-VSAAPFP 730 740 750 760 770 750 760 770 780 790 KIAA20 INTTAKVPVPPPVPTVSLTSVIKS-PATLLAKTSLVSAICPSNPPLPSSTSVFHLDP-PV .: .. :: : :.: : :. ...: :. :: : : . ..: . : :: KIAA20 LNLSTAVPSLFSVTQGPLSSSNPSYPGFSVSNTPSVTPALPSFPGLQAPSTVAAVTPLPV 780 790 800 810 820 830 800 810 820 830 840 850 KIAA20 KKLLVSPEGAILNTINTPASKVSSLSPSLSQIVVSASRSPASVFPAFQSSGLEKPDRAAS :: .. . .. .:. .: . . . . . . .::::.. : KIAA20 AATAPSPAPVLPGFASAFSSNFNSALVAQAGLSSGLQAAGSSVFPGLLSLPGIPGFPQNP 840 850 860 870 880 890 KIAA20 SQSSLQELQHNAAAQSALLQQVHSASALESYPAQPDGFPSYPSAPGTPFSLQPSLSQSGW 900 910 920 930 940 950 858 residues in 1 query sequences 1986647 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:26:10 2008 done: Thu Dec 18 15:26:10 2008 Total Scan time: 0.620 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]