# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ff04229.fasta.nr -Q ../query/KIAA2022.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2022, 1520 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7826335 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6786+/-0.00019; mu= 13.0305+/- 0.011 mean_var=90.5044+/-17.326, 0's: 30 Z-trim: 35 B-trim: 73 in 1/66 Lambda= 0.134815 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|109131261|ref|XP_001096699.1| PREDICTED: simila (1515) 9857 1928.5 0 gi|74007860|ref|XP_549086.2| PREDICTED: similar to (1514) 9191 1799.0 0 gi|34881152|ref|XP_217568.2| PREDICTED: similar to (1517) 8810 1724.9 0 gi|148682139|gb|EDL14086.1| mCG1188 [Mus musculus] (1304) 7417 1453.9 0 gi|26332713|dbj|BAC30074.1| unnamed protein produc ( 730) 4361 859.3 0 gi|109512143|ref|XP_001056559.1| PREDICTED: simila (1496) 4050 799.1 0 gi|26344303|dbj|BAC35808.1| unnamed protein produc ( 396) 2473 491.9 4e-136 gi|57160615|emb|CAI39511.1| novel protein [Homo sa ( 117) 784 163.0 1.2e-37 gi|149032985|gb|EDL87826.1| REV3-like, catalytic s (3054) 399 89.2 5.2e-14 gi|73973780|ref|XP_539084.2| PREDICTED: similar to (3058) 399 89.2 5.2e-14 gi|145312253|ref|NP_001077435.1| REV3-like, cataly (3132) 399 89.2 5.3e-14 gi|17380486|sp|Q61493.2|DPOLZ_MOUSE RecName: Full= (3122) 386 86.7 3e-13 gi|109073008|ref|XP_001086055.1| PREDICTED: REV3-l (3130) 383 86.1 4.5e-13 gi|119901246|ref|XP_870894.2| PREDICTED: similar t (3133) 383 86.1 4.5e-13 gi|143811385|sp|O60673.2|DPOLZ_HUMAN RecName: Full (3130) 381 85.7 6e-13 gi|118088674|ref|XP_426179.2| PREDICTED: similar t (3135) 379 85.3 7.8e-13 gi|148672985|gb|EDL04932.1| REV3-like, catalytic s (3090) 378 85.1 8.8e-13 gi|6978946|dbj|BAA90768.1| DNA polymerase [Mus mus (3122) 378 85.1 8.9e-13 gi|153792337|ref|NP_035394.2| REV3-like, catalytic (3122) 378 85.1 8.9e-13 gi|3378172|gb|AAC28460.1| DNA polymerase zeta cata (3052) 375 84.5 1.3e-12 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. . : .::.: : . .:. . . . . :.. :: .: .. .:. gi|149 QKAQTTNVQDSASSHQPDKDISVSAEHKKTNKRTRAVASPRKPRAPRRTKPKEQTPRRLK 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA20 TRKKSLKGNNKGIEKPPGKNSRQVPKSTKKGKYMAAINGEKMQIGIGRGGSQTNTISSTG gi|149 VDPLNLQTSGHLDNSLSDDSPILFSDPGFESCYSLEDSLSPEHNYNFDINTIGQTGFCSL 1520 1530 1540 1550 1560 1570 >>gi|73973780|ref|XP_539084.2| PREDICTED: similar to DNA (3058 aa) initn: 443 init1: 295 opt: 399 Z-score: 407.8 bits: 89.2 E(): 5.2e-14 Smith-Waterman score: 536; 25.709% identity (52.981% similar) in 1023 aa overlap (246-1220:638-1555) 220 230 240 250 260 270 KIAA20 SRAGDRRETEKPDIDLEDPAQKSYYEALLLDKCNTEEALLANSNQDWGYFETFISESKIE .: .: .::. . : . ..:. : gi|739 DTPFIHMNRHSSENTLGKNSFNFSDLSHPKNKLPSEGNEKGNSTALNSLFPSSLTEN-CE 610 620 630 640 650 660 280 290 300 310 320 330 KIAA20 LLDLCSKNELSVNLFSEEDVDNYMFDDDESTLGSDVCSLKIRYESFQDNVRDKTTLLMQE ::. ..:. :. ..:. ::: :. .:::::: ::.. .: .: :. gi|739 LLSCSGENRTMVH-----SLDSIA---DESGLN----KLKIRYEEFQEHKTEKPSL-SQQ 670 680 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