# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha06118.fasta.huge -Q ../query/KIAA2019.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2019, 2797 aa vs ./tmplib.25089 library 1984708 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9283+/-0.00827; mu= -0.6568+/- 0.560 mean_var=268.5870+/-64.400, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.078259 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 45, opt: 33, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1620 ( 1398 res) hj04150 (1398) 282 47.3 4.5e-05 >>KIAA1620 ( 1398 res) hj04150 (1398 aa) initn: 204 init1: 71 opt: 282 Z-score: 183.0 bits: 47.3 E(): 4.5e-05 Smith-Waterman score: 876; 25.495% identity (53.567% similar) in 1514 aa overlap (180-1633:101-1387) 150 160 170 180 190 200 KIAA20 FKMPSFGVSAPGKSIEVLVDVSAPKVEADLSLPSMQGDLKNTDIS---IELPSVQLEVQA ..:. . :. .: :. : ... 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