# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf04366.fasta.huge -Q ../query/KIAA2016.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2016, 1715 aa vs ./tmplib.25089 library 1985790 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7955+/-0.00719; mu= 3.8749+/- 0.487 mean_var=193.8457+/-46.063, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 13 in 1/39 Lambda= 0.092118 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621) 299 53.8 3.6e-07 KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676) 271 50.1 4.9e-06 KIAA0424 ( 567 res) hh01267 ( 567) 256 47.7 8.9e-06 KIAA0337 ( 1609 res) hg01226 (1609) 261 48.8 1.2e-05 KIAA0380 ( 1539 res) hh00518 (1539) 257 48.2 1.7e-05 KIAA1112 ( 694 res) hj05505s1 ( 694) 223 43.4 0.00021 KIAA1626 ( 1284 res) fg01925(revised) (1284) 221 43.3 0.0004 KIAA0793 ( 1055 res) hk05692 (1055) 214 42.3 0.00067 KIAA0382 ( 1443 res) ef00443 (1443) 214 42.5 0.00083 KIAA0720 ( 1091 res) hk01741s1 (1091) 204 41.0 0.0017 KIAA0651 ( 1114 res) sj09778 (1114) 203 40.9 0.0019 >>KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621 aa) initn: 312 init1: 175 opt: 299 Z-score: 220.6 bits: 53.8 E(): 3.6e-07 Smith-Waterman score: 352; 27.735% identity (59.033% similar) in 393 aa overlap (1105-1484:2-365) 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA20 ITALCRSFNDSQANGMEGPRENQDPPPRPLARHLSDADRLRK-VIQELVDTEKSYVKDLS ::. ::: :..:.. ::..:: : KIAA14 AARESERQLRLRLCVLNEILGTERDYVGTLR 10 20 30 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA20 CLFELYLEPL-QN-----ETFLTQDEMESLFGSLPEMLEFQKVFLETLEDGISASSDFNT : .:. . :: : ::..... ::... ..:: .: :: .:: . 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KIAA04 YQPYGRNQQRV---FFLFDHQMVLCKKDLIRRDILYYKGRIDMDKYEVVDIEDGRDDDFN 380 390 400 410 420 430 >>KIAA0337 ( 1609 res) hg01226 (1609 aa) initn: 339 init1: 150 opt: 261 Z-score: 193.3 bits: 48.8 E(): 1.2e-05 Smith-Waterman score: 308; 24.309% identity (57.459% similar) in 362 aa overlap (1085-1438:584-928) 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA20 TLDQVSHREKMEQTFRSAEQITALCRSFNDSQANGMEGPRENQDPPPRPLARHLSDADRL ..:. :. : ..: : ..: KIAA03 KQYMLNLHSGEVPAPVPVDMPCLPLAAPPSAEAKPPEAARPADEPTPASKCCSKPQVDMR 560 570 580 590 600 610 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA20 RKVIQELVDTEKSYVKDLSCLFELYLEPL-QNETFLTQDE--MESLFGSLPEMLEFQKVF ..: . :.:::.:::..: :.. :..:: : :. . : .. .: ..::.:: .. : KIAA03 KHVAMTLLDTEQSYVESLRTLMQGYMQPLKQPENSVLCDPSLVDEIFDQIPELLEHHEQF 620 630 640 650 660 670 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA20 LETLEDGISASSDFNTLETPSQFRKLLF-SLGGSFLYYADHFKLYSGFCANHIKVQKVLE :: .. .. : .. .. :: :.. . : ..::.. : .... ... 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KIAA03 IEVK---AIG-GKKDRSLFLFTDLIVCTTLKRKSGSLRRSSMSLYTAASVIDTASKYKML 850 860 870 880 890 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA20 WLIPISALQVRLGNPAGTENNSIWELIHTKSEIEGRPETIFQLCCSDSESKTNIVKVIRS : .:. .. : .:. ..: . : .: KIAA03 WKLPLEDADIIKGASQATNRENIQKAISRLDEDLTTLGQMSKLSESLGFPHQSLDDALRD 900 910 920 930 940 950 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA20 ILRENFRRHIKCELPLEKTCKDRLVPLKNRVPVSAKLASSRSLKVLKNSSSNEWTGETGK KIAA03 LSAAMHRDLSEKQALCYALSFPPTKLELCATRPEGTDSYIFEFPHPDARLGFEQAFDEAK 960 970 980 990 1000 1010 >>KIAA0380 ( 1539 res) hh00518 (1539 aa) initn: 243 init1: 116 opt: 257 Z-score: 190.7 bits: 48.2 E(): 1.7e-05 Smith-Waterman score: 313; 21.184% identity (53.894% similar) in 642 aa overlap (1110-1703:749-1356) 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA20 RSFNDSQANGMEGPRENQDPPPRPLARHLSDADRLRKVIQELVDTEKSYVKDLSCLFELY . :: ..::.:: :: :... : : .. 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KIAA03 ATDKRAFFIICTSKL---GPPQ-IYELVALTSSDKNTWMELLEEAVRNATRHPGAAPMPV 1060 1070 1080 1090 1100 1490 1500 1510 1520 1530 KIAA20 EKTCKDRLVPLKNRVPVSAKLASSRSLKVLKNSSSNEWTGETG-----KG---TLLDSDE . : . . :. ... . : . .: : :: .: .::.. : KIAA03 HPPPPGPREPAQ-QGPTPSRVELDDSDVFHGEPEPEELPGGTGSQQRVQGKHQVLLEDPE 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA20 GSLSSGTQSSG---CPTA--EGRQDS-KSTSPGKYPHPGLADFADNLIKESDILSDEDDD :. . : ::.. .:.. . .. .: . :: : ..: .. : : .. KIAA03 QEGSAEEEELGVLPCPSTSLDGENRGIRTRNPIHLAFPG-PLFMEGLA--DSALEDVENL 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1590 1600 1610 1620 1630 KIAA20 HRQTVKQGSPTKDIEIQFQRL---RISEDPDV-----HPEAEQQPG--PESGEGQKG--- .. . . : . .: : . .. :.: :: .:: : .:::.. KIAA03 RHLILWSLLPGHTMETQAAQEPEDDLTPTPSVISVTSHPWDPGSPGQAPPGGEGDNTQLA 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1640 1650 1660 1670 1680 1690 KIAA20 ---GEQPKLVRGHFCPIKRKANSTKRDRGTLLKAQI-RHQSLDSQSENATIDLNSVLERE ::.:. .: ... : :. : . .. :. . :..: .:. . : . : KIAA03 GLEGERPEQEDMGLCSLEHLPPRT-RNSGIWESPELDRNLAEDASSTEAAGGYKVVRKAE 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1700 1710 KIAA20 FSVQSLTSVVSEECFYETESHGKS . .... .. : KIAA03 VAGSKVVPALPESGQSEPGPPEVEGGTKATGNCFYVSMPSGPPDSSTDHSEAPMSPPQPD 1350 1360 1370 1380 1390 1400 >>KIAA1112 ( 694 res) hj05505s1 (694 aa) initn: 210 init1: 144 opt: 223 Z-score: 170.8 bits: 43.4 E(): 0.00021 Smith-Waterman score: 318; 30.159% identity (60.714% similar) in 252 aa overlap (1094-1329:275-510) 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA20 KMEQTFRSAEQITALCRSFNDSQANGMEGPRENQDPPPR---PLARH----------LSD : ::: : ::: . :. KIAA11 IEVMDATNREWWWGRVADGEGWFPASFVRLRVNQDEPADDDAPLAGNSGAEDGGAEAQSS 250 260 270 280 290 300 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA20 ADRLR-KVIQELVDTEKSYVKDLSCLFELYLEPLQNET-FLTQDEMESLFGSLPEMLEFQ :..: .::.:...::..:.: : . : :.. .... ..........::.. .. . : KIAA11 KDQMRTNVINEILSTERDYIKHLRDICEGYVRQCRKRADMFSEEQLRTIFGNIEDIYRCQ 310 320 330 340 350 360 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA20 KVFLETLEDGISASSDFNTLETPSQFRKLLFSLGGSFLYYADHFKLYSGFCANHIKVQKV :.:...::. :: : : : ::. :: . :..:: .: :: .. KIAA11 KAFVKALEQ------RFNR-ERPH-----LSELGACFLEHQADFQIYSEYCNNHPNACVE 370 380 390 400 410 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA20 LERAKTDKAFKAFLDA-RNPTKQHSSTLESYLIKPVQRVLKYPLLLKELVSLTDQESEEH : : . . :..: : :. . .:...:. :::.. :::: : ::.. : . .. KIAA11 LSRLTKLSKYVYFFEACRLLQKMIDISLDGFLLTPVQKICKYPLQLAELLKYTHPQHRDF 420 430 440 450 460 470 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA20 YHLTEALKAMEKVASHINEMQKIYEDYGTVFDQLVAEQSGTEKEVTELSMGELLMHSTVS . ::.::..::. ::: .. :. .:... ::. : KIAA11 KDVEAALHAMKNVAQLINERKRRLEN----IDKIAQWQSSIEDWEGEDLLVRSSELIYSG 480 490 500 510 520 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA20 WLNPFLSLGKARKDLELTVFVFKRAVILVYKENCKLKKKLPSNSRPAHNSTDLDPFKFRW KIAA11 ELTRVTQPQAKSQQRMFFLFDHQLIYCKKDLLRRDVLYYKGRLDMDGLEVVDLEDGKDRD 530 540 550 560 570 580 >>KIAA1626 ( 1284 res) fg01925(revised) (1284 aa) initn: 180 init1: 131 opt: 221 Z-score: 165.9 bits: 43.3 E(): 0.0004 Smith-Waterman score: 248; 22.439% identity (58.537% similar) in 410 aa overlap (1045-1435:249-635) 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA20 PPNQSQLLEEFLDNFKKNTANDFSNVPDITTGLKRSQTDGTLDQVSHREKMEQTFRSAEQ : : .. .:: : . :: ... .. KIAA16 RYARTKRDILALRVGGRDMQELKHKYDCKMTQLMKAAKSGTKDGL---EKTRMAV--MRK 220 230 240 250 260 270 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA20 ITALCRS--FNDSQANGM---EGPRENQDPP-PR--PLARHLSDADRLRK-VIQELVDTE .. : :. ..::. . : : . :: :. :. . :: . .:. .. .:..: KIAA16 VSFLHRKDVLGDSEEEDMGLLEVSVSDIKPPAPELGPMPEGLSPQQVVRRHILGSIVQSE 280 290 300 310 320 330 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA20 KSYVKDLSCLFELYLEPLQN--ETFLTQDEMESLFGSLPEMLEFQKVFLETLEDGISASS :::..:. ... : .::.. :. . . .: . :.:. ...: .: . .. KIAA16 GSYVESLKRILQDYRNPLMEMEPKALSARKCQVVFFRVKEILHCHSMFQIALSSRVA--- 340 350 360 370 380 390 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA20 DFNTLETPSQFRKLLFSLGGSFLYYADHFKLYSGFCANHIKVQKVLERAKTDK-AFKAFL .... : ... .. :.. :.. . .:: . : ........: : :: :: KIAA16 EWDSTEKIGDL--FVASFSKSMV-----LDVYSDYVNNFTSAMSIIKKACLTKPAFLEFL 400 410 420 430 440 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA20 DARNPTKQHSSTLESYLIKPVQRVLKYPLLLKELVSLTDQESEEHYHLTEALKAMEKVAS :. . :: . ..::.:: .. :::..... : . .. : :: .: .: KIAA16 KRRQVCSPDRVTLYGLMVKPIQRFPQFILLLQDMLKNTPRGHPDRLSLQLALTELETLAE 450 460 470 480 490 500 1310 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA20 HINEMQKIYEDYGTV--FDQLVAEQSGTEKEVTELSMGELLMHSTVSWLNPFLSLGKARK ..::.... .. . . . . :...:. .: .: .. .::. :.. . . . :. : KIAA16 KLNEQKRLADQVAEIQQLTKSVSDRSSLNKLLTS-GQRQLLLCETLTE-TVYGDRGQLIK 510 520 530 540 550 560 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA20 DLELTVFVFKRAVILVYKENCKLKKKLPSNSRPAHNSTDLDPF--KF--RWLIPISALQV . : ::... .. . : ..: :.: : . ..: :. :. .: . .:: KIAA16 SKERRVFLLNDMLVCA---NINFK---PANHRGQLEISSLVPLGPKYVVKWNTALPQVQV 570 580 590 600 610 1420 1430 1440 1450 1460 1470 KIAA20 -RLGNPAGTENNSIWELIHTKSEIEGRPETIFQLCCSDSESKTNIVKVIRSILRENFRRH ..:. .:: ... . :. KIAA16 VEVGQDGGTYDKDNVLIQHSGAKKASASGQAQNKVYLGPPRLFQELQDLQKDLAVVEQIT 620 630 640 650 660 670 >>KIAA0793 ( 1055 res) hk05692 (1055 aa) initn: 214 init1: 107 opt: 214 Z-score: 161.9 bits: 42.3 E(): 0.00067 Smith-Waterman score: 221; 23.592% identity (54.225% similar) in 284 aa overlap (1041-1312:471-739) 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA20 SLLPPPNQSQLLEEFLDNFKKNTANDFSNVPDITTGLKRSQTDGTLDQVSHREKMEQTFR : ..: . . .. . .: .. . KIAA07 PAAERRSGAVAGGPDTPSAQPLGPPALQPGPGLSTKSPQPSPSSRKSPLSLSPAFQVPLG 450 460 470 480 490 500 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA20 SAEQITA--LCRSFNDSQANGM--EGPRENQDPPPRPLARHLSDADRLRKVIQELVDTEK ::: .. : ..:. . :: : ::... : ::. ...:.. ::. KIAA07 PAEQGSSPLLSPVLSDAGGAGMDCEEPRHKRVP-----------ADEAYFIVKEILATER 510 520 530 540 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA20 SYVKDLSCLFELYLEPLQNETFLTQDEMESLFGSLPEMLEFQKVFLETLEDGISASSDFN .:.::: . . . .: . : ::... . ::.. ::. .:. .. . KIAA07 TYLKDLEVITVWFRSAVVKEDAMPATLMTLLFSNIDPIYEFHRGFLREVEQRLALWEGPS 550 560 570 580 590 600 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA20 TLETPSQFRKLLFSLGGSFLYYADHFKLYSGFCANHIKVQKVLERA-KTDKAFKAFLDAR .: .. ... : .: ..: .... : .: ::.: : : ..: KIAA07 KAHTKGSHQRI----GDILLRNMRQLKEFTSYFQRHDEVLTELEKATKRCKKLEAVYKEF 610 620 630 640 650 660 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA20 NPTKQHSSTLESYLIKPVQRVLKYPLLLKELVSLTDQESEEHYHLTEALKAMEKVAS--- . : :...:.::.::.:.: :::..: . . ... .::::. .:.. KIAA07 ELQKVCYLPLNTFLLKPIQRLLHYRLLLRRLCGHYSPGHHDYADCHDALKAITEVTTTLQ 670 680 690 700 710 720 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA20 HI----NEMQKIYEDYGTVFDQLVAEQSGTEKEVTELSMGELLMHSTVSWLNPFLSLGKA :: ...::. : KIAA07 HILIRLENLQKLTELQRDLVGIENLIAPGREFIREGCLHKLTKKGLQQRMFFLFSDMLLY 730 740 750 760 770 780 >>KIAA0382 ( 1443 res) ef00443 (1443 aa) initn: 157 init1: 69 opt: 214 Z-score: 160.2 bits: 42.5 E(): 0.00083 Smith-Waterman score: 220; 23.596% identity (55.281% similar) in 445 aa overlap (1056-1466:617-1046) 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA20 LDNFKKNTANDFSNVPDITTGLKRSQTDGTLDQVSHREKMEQTFRSAEQITAL-CRSFND :::: .:. .. : .:. : :.: : KIAA03 KQVGETSAPGDTLDGTPRTLNTVFDFPPPPLDQV--QEEECEVERVTEHGTPKPFRKF-D 590 600 610 620 630 640 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA20 SQANGMEGPRENQ-------DPP------PRPLARHLSDADRLRK-VIQELVDTEKSYVK : : : ...: ::: : . :. . :. ::.:: ::...:. KIAA03 SVAFGESQSEDEQFENDLETDPPNWQQLVSREVLLGLKPCEIKRQEVINELFYTERAHVR 650 660 670 680 690 700 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA20 DLSCLFELYLEPLQNETFLTQDEMESLFGSLPEMLEFQKVFLETLEDGISASSDFNTLET :. : ... . .. : .:. .:....:..: ..:... :.. ..: : . KIAA03 TLKVLDQVFYQRVSREGILSPSELRKIFSNLEDILQLHI----GLNEQMKAVRKRNETSV 710 720 730 740 750 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA20 PSQF-RKLLFSLGGSFLYYADHFKLYSGFCANH-IKVQKVLERAKTDKAFKAFL-DARNP .:. . :: ..: : . ::.:. . .. . : : :. :..:. ::.. KIAA03 IDQIGEDLLTWFSGPGEEKLKH--AAATFCSNQPFALEMIKSRQKKDSRFQTFVQDAESN 760 770 780 790 800 810 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA20 TKQHSSTLESYLIKPVQRVLKYPLLLKELVSLTDQESEEHY------HLTEALKAMEKVA . :.. . .::. :::::: .... :. .:.. : . :. ..... KIAA03 PLCRRLQLKDIIPTQMQRLTKYPLLLDNIAKYTEWPTEREKVKKAADHCRQILNYVNQAV 820 830 840 850 860 870 1310 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA20 SHINEMQKIYEDYGTVFDQLVAEQSGTEKEVTELSMGELLMHSTVSWLNPFLSLGKARKD .. .. :.. ::: .: . : .: :: .: .. . .:.. . : KIAA03 KEAENKQRL-EDYQRRLDTSSLKLS-EYPNVEELRNLDLTKRKMIHE-GPLVWKVNRDKT 880 890 900 910 920 930 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA20 LELTVFVFKRAVILVYKENCKLKKKLPSNSRPAHNSTDLDPFKFRWLIPISALQVR---L ..: ..... ..:. :.. .: : .:. ...: . : .: .:.. :: KIAA03 IDLYTLLLEDILVLLQKQDDRLV--LRCHSKILASTAD-SKHTFSPVIKLSTVLVRQVAT 940 950 960 970 980 990 1420 1430 1440 1450 1460 1470 KIAA20 GNPA-----GTENNS-IWELI-HTKSEIEGRPETIFQLCCSDSESKTNIVKVIRSILREN : : ..:.. :.::. .: :: . : .. : .:..:. . . .: KIAA03 DNKALFVISMSDNGAQIYELVAQTVSEKTVWQDLICRMAASVKEQSTKPIPLPQSTPGEG 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1480 1490 1500 1510 1520 1530 KIAA20 FRRHIKCELPLEKTCKDRLVPLKNRVPVSAKLASSRSLKVLKNSSSNEWTGETGKGTLLD KIAA03 DNDEEDPSKLKEEQHGISVTGLQSPDRDLGLESTLISSKPQSHSLSTSGKSEVRDLFVAE 1060 1070 1080 1090 1100 1110 >>KIAA0720 ( 1091 res) hk01741s1 (1091 aa) initn: 164 init1: 77 opt: 204 Z-score: 154.6 bits: 41.0 E(): 0.0017 Smith-Waterman score: 210; 23.214% identity (52.041% similar) in 392 aa overlap (1027-1382:325-704) 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA20 TSWSDSDLFSRDQKSLLPPPNQSQLLEEFLDNFKKNTANDFSNVPDITTGLKRSQTDGTL :..:. .:. ::. ...: . : . 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KIAA07 MEEEGCMEYMRGLLRDNDLFRAYITWAEKHPQCQRLK-LSDMLAKPHQRLTKYPLLLKSV 530 540 550 560 570 580 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA20 VSLTDQESEEHYHLTEALKAMEKVASHIN-------EMQKIYEDYGTVFDQLVAEQSGTE . :. : . . .. . ..:. :.: : :.. . . :.:.:. : KIAA07 LRKTE-EPRAKEAVVAMIGSVERFIHHVNACMRQRQERQRLAAVVSRIDAYEVVESSSDE 590 600 610 620 630 640 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA20 -----KEVTELSMGELLMHSTVSWLNPFLSLGKAR----KDLELTVFVFKRAVILVYKEN :: .:.. . .. .: :. : :: .. :. : . .:. . KIAA07 VDKLLKEFLHLDLTAPIPGASPEETRQLLLEGSLRMKEGKDSKMDVYCFLFTDLLLVTKA 650 660 670 680 690 700 1390 1400 1410 1420 1430 1440 KIAA20 CKLKKKLPSNSRPAHNSTDLDPFKFRWLIPISALQVRLGNPAGTENNSIWELIHTKSEIE : KIAA07 VKKAERTRVIRPPLLVDKIVCRELRDPGSFLLIYLNEFHSAVGAYTFQASGQALCRGWVD 710 720 730 740 750 760 1715 residues in 1 query sequences 1985790 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:25:41 2008 done: Thu Dec 18 15:25:42 2008 Total Scan time: 0.920 Total Display time: 0.520 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]