# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ff02026.fasta.nr -Q ../query/KIAA2006.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2006, 1367 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7826598 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5739+/-0.000185; mu= 13.1234+/- 0.010 mean_var=82.5789+/-15.918, 0's: 34 Z-trim: 39 B-trim: 22 in 1/64 Lambda= 0.141137 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|34535234|dbj|BAC87251.1| unnamed protein produc (1636) 8524 1746.5 0 gi|119606839|gb|EAW86433.1| hCG2042943 [Homo sapie (2590) 8524 1746.6 0 gi|74747424|sp|Q5VWN6.1|CJ018_HUMAN RecName: Full= (2430) 8513 1744.4 0 gi|55664103|emb|CAH72617.1| chromosome 10 open rea (1274) 8370 1715.1 0 gi|114629261|ref|XP_507637.2| PREDICTED: similar t (2715) 8357 1712.6 0 gi|211827801|gb|AAH01759.2| C10orf18 protein [Homo ( 769) 5105 1050.1 0 gi|47939138|gb|AAH71976.1| C10orf18 protein [Homo ( 752) 4946 1017.7 0 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:::::.:::. : ::.. .:.:. :::.:.:.::: . gi|739 LQKEIPNVPCSSSPPANSVIAEALSLVKSSNCSLPREEMKLSQEFFLQTQNLFGISSEEI 1280 1290 1300 1310 1320 1330 140 150 160 170 180 190 KIAA20 LELTQVE-VDSSSASTTLGRQCSLNCISSGCHTSGDSLELRKNHKNGPNTENMNLEAFDS .: .::: : :.:::.: : . : ::: : . . .: : : .: ..:: :::.:.: gi|739 IEPSQVEEVVSASASATSGGNYSHNCIPSVGNKAESSSE-PVNDGSGLKSENRNLESFNS 1340 1350 1360 1370 1380 1390 200 210 220 230 240 250 KIAA20 VFIKQTSLSVSREV-SLELSEEDSDIDLALTISPPTSPREEMPAGEIEQFEEAPFSNLEL .: ::::::.:.: ::: ::::::::: : :::::: :::::: :.: .:::.::::: gi|739 AFTKQTSLSMSKEDGSLESSEEDSDIDLILRISPPTSTREEMPAEELEPQREAPLSNLEL 1400 1410 1420 1430 1440 1450 260 270 280 290 300 310 KIAA20 QDVAEEIGEPEEVALTESREVSSADNVSVYPSVSEEPVENKERKGDNLQPVTLILSKENC ::..::: .::::.: :.::..::. .:.::.: :. .: ..: gi|739 QDMTEEIIRPEEVTLLENREATSANYISTYPAVPEKSLE------------------KTC 1460 1470 1480 1490 320 330 340 350 360 KIAA20 TLEIAEEINVTSDFPFDSVIEEVSPASSPEPPVPVK-----ETRPYQAVTPCILKLHGTQ .::::::.:::::::: :.::::::::::.: :. .:.: .::. : :.: ::: 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