# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/eg01633.fasta.huge -Q ../query/KIAA2005.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2005, 1587 aa vs ./tmplib.25089 library 1985918 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1481+/-0.00536; mu= 15.8087+/- 0.366 mean_var=101.1524+/-23.606, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 11 in 1/39 Lambda= 0.127522 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2004 ( 1595 res) eg01144 (1595) 5307 988.6 0 >>KIAA2004 ( 1595 res) eg01144 (1595 aa) initn: 4712 init1: 3005 opt: 5307 Z-score: 5273.2 bits: 988.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 6201; 60.262% identity (81.722% similar) in 1603 aa overlap (4-1587:7-1595) 10 20 30 40 50 KIAA20 SFDMSKQVSLPEMIKDWTKEHVKKWVNEDLKINEQYGQILLSEEVTGLVLQELTEKD :.::..::: ::::: :..:. :. ::.... .:: ..:.: ::. : .. 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KIAA20 LVDMGITHGPAIQIEELFKELRKTAIE-DSIQTSKM--GKPSKNAPKDQTVSQKERRETS 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 KIAA20 KEEENSMSSNIDY-DPREIRDIKQEESILMKENVLDEVANAKHKKKGKLKPEQLTCMPYP :..... . : :. .: . . . : : . :.. .:... . .:::. :: KIAA20 KQKQKG-KENPDMANPSAMSTTAKGSKSLKVELIEDKIDYTKERQPSI----DLTCVSYP 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 KIAA20 FDQFHDSHRYIEHYTLQPETGALNLIDPIHEFKALTNTETATEVDIKMKFSNEVFRFASA ::.: . .:: ..:::::: :::::::::::.::: :::: :.:::::::::::::: KIAA20 FDEFSNPYRYKLDFSLQPETGPGNLIDPIHEFKAFTNTATATEEDVKMKFSNEVFRFASA 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 KIAA20 CMNSRTNGTIHFGVKDKPHGEIVGVKIT--SKAAFIDHFNVMIKKYFEESEINEAKKCIR ::::::::::::::::::::.:::.:.: .: :.:.:::.::.::::. ....:::::: KIAA20 CMNSRTNGTIHFGVKDKPHGKIVGIKVTNDTKEALINHFNLMINKYFEDHQVQQAKKCIR 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 KIAA20 EPRFVEVLLQNNTPSDRFVIEVDTIPKHSICNDKYFYIQMQICKDKIWKQNQNLSLFVRE ::::::::: :.: ::::::::: ::. : :. :: :.:: ..:::.:....:::::. 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KIAA20 IFQGWKDLLEARLIKHQDEISSQCISALSLEEINGTILKLKSVTQSSKRLLPSIGLSTVL 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 KIAA20 LEKKKEDVLTALEILCENECTETDIEKDKSKFLEFKKSKEEHFYRGGKVSWWNFYFSSEN : ::.::..:::::.::::: : .::::.:::::: :::: :::::::::::::::::. KIAA20 L-KKEEDIMTALEIICENECEGTLLEKDKNKFLEFKASKEEDFYRGGKVSWWNFYFSSES 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 KIAA20 YSSDFVKRDSYEKLKDLIHCWAESPKPIFAKIINLYHHPGCGGTTLAMHVLWDLKKNFRC ::: :::::.::.:. .:. :.: :: .:::.:::::::::::::::.::.:.:.::: KIAA20 YSSPFVKRDKYERLEAMIQNCADSSKPTSTKIIHLYHHPGCGGTTLAMHILWELRKKFRC 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 KIAA20 AVLKNKTTDFAEIAEQVINLVTYRAKSHQDYIPVLLLVDDFEEQENVYFLQNAIHSVLAE :::::::.::.::.::: .:.:: : ..:.:.::::::::::::.:::.:: .:....:. KIAA20 AVLKNKTVDFSEIGEQVTSLITYGAMNRQEYVPVLLLVDDFEEQDNVYLLQYSIQTAIAK 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 KIAA20 KDLRYEKTLVIILNCMRSRNPDESAKLADSIALNYQLSSKEQRAFGAKLKEIEKQHKNCE : .:::: ::::::::::.::..::.. ::::. ::: :::::: :::::..:::: : KIAA20 KYIRYEKPLVIILNCMRSQNPEKSARIPDSIAVIQQLSPKEQRAFELKLKEIKEQHKNFE 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 KIAA20 NFYSFMIMKSNFDETYIENVVRNILKGQDVDSKEAQLISFLALLSSYVTDSTISVSQCEI .::::::::.::.. :::::::::::::.. .:::.:.::::::.::: :.:::.:::: KIAA20 DFYSFMIMKTNFNKEYIENVVRNILKGQNIFTKEAKLFSFLALLNSYVPDTTISLSQCEK 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 KIAA20 FLGIIYTSTPWEPESLEDKMGTYSTLLIKTEVAEYGRYTGVRIIHPLIALYCLKELERSY :::: .. : :..:::::::::.:::::: : : : :::::: ::: . :.::..:: KIAA20 FLGIGNKKAFWGTEKFEDKMGTYSTILIKTEVIECGNYCGVRIIHSLIAEFSLEELKKSY 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA20 HLDKCQIALNILEENLFYDSGIGRDKFQHDVQTLLLTRQRKVYGDETDTLFSPLMEALQ- ::.: :: :..: ::::.:.:.:..:: .:..::::::.: . :: . :::..:::. KIAA20 HLNKSQIMLDMLTENLFFDTGMGKSKFLQDMHTLLLTRHRDEHEGETGNWFSPFIEALHK 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA20 ---NKDIEKVLSAGSRRFPQNAFICQALARHFYIKEKDFNTALDWARQAKMKAPKNSYIS :. .: :: . .:: :::::::::::::::.:::..::.::.:::. : ::::: KIAA20 DEGNEAVEAVLLESIHRFNPNAFICQALARHFYIKKKDFGNALNWAKQAKIIEPDNSYIS 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA20 DTLGQVYKSEIKWWLDGNKNCRSITVNDLTHLLEAAEKASRAFKESQRQTDSKNYETENW :::::::::.:.::.. : . .:.:.:: ::. ::.:: ::::::.:.....::... KIAA20 DTLGQVYKSKIRWWIEENGGNGNISVDDLIALLDLAEHASSAFKESQQQSEDREYEVKER 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA20 SPQKSQRRYDMYNTACFLGEIEVGLYTIQILQLTPFFHKENELSKKHMVQFLSGKWTIPP ::.:::: :: : . ::::::::::::::: ::: ..:::::..::.:.::. :: KIAA20 LYPKSKRRYDTYNIAGYQGEIEVGLYTIQILQLIPFFDNKNELSKRYMVNFVSGSSDIPG 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA20 DPRNECYLALSKFTSHLKNLQSDLKRCFDFFIDYMVLLKMRYTQKEIAEIMLSKKVSRCF :: :: :::... .: .:. .::. :::: .:.:::: : . :. : .::. : KIAA20 DPNNEYKLALKNYIPYLTKLKFSLKKSFDFFDEYFVLLKPRNNIKQNEEAKTRRKVAGYF 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA20 RKYTELFCHLDPCL----LQSKESQLLQEENCRKKLEALRADRFAGLLEYLNPNYKDA-T .::...:: :. : :: :. :: : ::..: ::.::.:.:::::: . .:: . KIAA20 KKYVDIFCLLEESQNNTGLGSKFSEPLQVERCRRNLVALKADKFSGLLEYLIKSQEDAIS 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA20 TMESIVNEYAFLLQQNSKKPMTNEKQNSILANIILSCLKPNSKLIQPLTTLKKQLREVLQ ::. :::::.:::.: . : ...:: : :::::::::..:.:.:..:. :: ::::::: KIAA20 TMKCIVNEYTFLLEQCTVKIQSKEKLNFILANIILSCIQPTSRLVKPVEKLKDQLREVLQ 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1420 1430 1440 1450 1460 1470 KIAA20 FVGLSHQYPGPYFLACLLFWPENQELDQDSKLIEKYVSSLNRSFRGQYKRMCRSKQASTL .::..:. ::::: ::::::::.::: :. ...:...:. ::.::::.: :.:: . KIAA20 PIGLTYQFSEPYFLASLLFWPENQQLDQHSEQMKEYAQALKNSFKGQYKHMHRTKQPIAY 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1480 1490 1500 1510 1520 1530 KIAA20 FYLGKRKGLNSIVHKAKIEQYFDKAQNTNSLWHSGDVWKKNEVKDLLRRLTGQAEGKLIS :.::: : :. .:::.::.: : :. . ::::.::::::...:..:: :: :.::.. . KIAA20 FFLGKGKRLERLVHKGKIDQCFKKTPDINSLWQSGDVWKEEKVQELLLRLQGRAENNCLY 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA20 VEYGTEEKIKIPVISVYSGPLRSGRNIERVSFYLGFSIEGPLAYDIEVI .::: .::: ::. .. : :::::.::.::::::::: ::::::::.. KIAA20 IEYGINEKITIPITPAFLGQLRSGRSIEKVSFYLGFSIGGPLAYDIEIV 1550 1560 1570 1580 1590 1587 residues in 1 query sequences 1985918 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:25:16 2008 done: Thu Dec 18 15:25:17 2008 Total Scan time: 0.850 Total Display time: 0.150 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]