# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/eg01144.fasta.nr -Q ../query/KIAA2004.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2004, 1595 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7827042 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1759+/-0.000183; mu= 15.0875+/- 0.010 mean_var=77.9745+/-15.258, 0's: 29 Z-trim: 31 B-trim: 0 in 0/65 Lambda= 0.145244 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|71153739|sp|Q5K651.1|SAMD9_HUMAN RecName: Full= (1589) 10517 2214.7 0 gi|114614486|ref|XP_001167273.1| PREDICTED: steril (1589) 10468 2204.4 0 gi|109067518|ref|XP_001090497.1| PREDICTED: simila (1658) 10040 2114.8 0 gi|194666175|ref|XP_592017.4| PREDICTED: sterile a (1581) 8424 1776.1 0 gi|109471717|ref|XP_575365.2| PREDICTED: similar t (1593) 8112 1710.8 0 gi|193784997|dbj|BAG54150.1| unnamed protein produ (1020) 6708 1416.4 0 gi|109067508|ref|XP_001099842.1| PREDICTED: simila (1585) 6227 1315.8 0 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UEF1 splice variant 2 [ ( 70) 202 52.2 0.00017 >>gi|71153739|sp|Q5K651.1|SAMD9_HUMAN RecName: Full=Ster (1589 aa) initn: 10517 init1: 10517 opt: 10517 Z-score: 11899.8 bits: 2214.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 10517; 100.000% identity (100.000% similar) in 1589 aa overlap (7-1595:1-1589) 10 20 30 40 50 60 KIAA20 SQFGIRMAKQLNLPENTDDWTKEDVNQWLESHKIDQKHREILTEQDVNGAVLKWLKKEHL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|711 MAKQLNLPENTDDWTKEDVNQWLESHKIDQKHREILTEQDVNGAVLKWLKKEHL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA20 VDMGITHGPAIQIEELFKELRKTAIEDSIQTSKMGKPSKNAPKDQTVSQKERRETSKQKQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|711 VDMGITHGPAIQIEELFKELRKTAIEDSIQTSKMGKPSKNAPKDQTVSQKERRETSKQKQ 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA20 KGKENPDMANPSAMSTTAKGSKSLKVELIEDKIDYTKERQPSIDLTCVSYPFDEFSNPYR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|711 KGKENPDMANPSAMSTTAKGSKSLKVELIEDKIDYTKERQPSIDLTCVSYPFDEFSNPYR 120 130 140 150 160 170 190 200 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