# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/eg01144.fasta.huge -Q ../query/KIAA2004.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA2004, 1595 aa vs ./tmplib.25089 library 1985910 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6605+/-0.00536; mu= 12.5247+/- 0.365 mean_var=99.8544+/-24.017, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 89 in 1/39 Lambda= 0.128348 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2005 ( 1587 res) eg01633 (1587) 5307 994.7 0 KIAA1022 ( 1131 res) fg00613 (1131) 161 41.7 0.001 >>KIAA2005 ( 1587 res) eg01633 (1587 aa) initn: 4712 init1: 3005 opt: 5307 Z-score: 5306.6 bits: 994.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 6201; 60.188% identity (81.875% similar) in 1600 aa overlap (7-1595:4-1587) 10 20 30 40 50 KIAA20 SQFGIRMAKQLNLPENTDDWTKEDVNQWL-ESHKIDQKHREILTEQDVNGAVLKWLKKEH :.::..::: ::::: :..:. :. ::.... .:: ..:.: ::. : .. KIAA20 SFDMSKQVSLPEMIKDWTKEHVKKWVNEDLKINEQYGQILLSEEVTGLVLQELTEKD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 KIAA20 LVDMGITHGPAIQIEELFKELRKTAIEDSIQTSKMGKPSKNAPKDQTVSQKERRETSKQK ::.::. :::. :.. ...: . . :.. . :. ... :. .: ::. ..:.:.. KIAA20 LVEMGLPWGPALLIKRSYNKLNSKSPESDNHDP--GQLDNSKPS-KTEHQKNPKHTKKEE 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 KIAA20 QKG-KENPDMANPSAMSTTAKGSKSLKVELIEDKIDYTKERQPSI----DLTCVSYPFDE ... . : :. .: . . . : : . :.. .:... . .:::. ::::. KIAA20 ENSMSSNIDY-DPREIRDIKQEESILMKENVLDEVANAKHKKKGKLKPEQLTCMPYPFDQ 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 KIAA20 FSNPYRYKLDFSLQPETGPGNLIDPIHEFKAFTNTATATEEDVKMKFSNEVFRFASACMN : . .:: ..:::::: :::::::::::.::: :::: :.::::::::::::::::: KIAA20 FHDSHRYIEHYTLQPETGALNLIDPIHEFKALTNTETATEVDIKMKFSNEVFRFASACMN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 KIAA20 SRTNGTIHFGVKDKPHGKIVGIKVTNDTKEALINHFNLMINKYFEDHQVQQAKKCIREPR :::::::::::::::::.:::.:.: .: :.:.:::.::.::::. ....::::::::: KIAA20 SRTNGTIHFGVKDKPHGEIVGVKIT--SKAAFIDHFNVMIKKYFEESEINEAKKCIREPR 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 KIAA20 FVEVLLPNSTLSDRFVIEVDIIPQFSECQYDYFQIKMQNYNNKIWEQSKKFSLFVRDGTS :::::: :.: ::::::::: ::. : :. :: :.:: ..:::.:....:::::.:.: KIAA20 FVEVLLQNNTPSDRFVIEVDTIPKHSICNDKYFYIQMQICKDKIWKQNQNLSLFVREGAS 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 KIAA20 SKDITKNK----VDFRAFKADFKTLAESRKAAEEKFRAKTNKKEREGPKLVKLLTGNQDL :.:: :. :::.:: ..:.:. ::: :::.. :. ::: :: :::::: ::.: KIAA20 SRDILANSKQRDVDFKAFLQNLKSLVASRKEAEEEYGMKAMKKESEGLKLVKLLIGNRDS 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 KIAA20 LDNSYYEQYILVTNKCHPDQTKHLDFLKEIKWFAVLEFDPESNINGVVKAYKESRVANLH ::::::. ::::::::::.: ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::: KIAA20 LDNSYYDWYILVTNKCHPNQIKHLDFLKEIKWFAVLEFDPESMINGVVKAYKESRVANLH 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 KIAA20 FPSVYVEQKTTPNETISTLNLYHQPSWIFCNGRLDLDSEKYKPFDPSSWQRERASDVRKL ::. : .. :. : :::::::.:::::::::: :: :: :::..: :::::::.:::: KIAA20 FPNQYEDKTTNMWEKISTLNLYQQPSWIFCNGRSDLKSETYKPLEPHLWQRERASEVRKL 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 KIAA20 ISFLTHEDIMPRGKFLVVFLLLSSVDDPRDPLIETFCAFYQDLKGMENILCICVHPHIFQ : ::: :.:: ::::::::::::::..: ::::::: :::: ::::::.::: :. ::.: KIAA20 ILFLTDENIMTRGKFLVVFLLLSSVESPGDPLIETFWAFYQALKGMENMLCISVNSHIYQ 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 KIAA20 GWKDLLEARLIKHQDEISSQCISALSLEEINGTILKLKSVTQSSKRLLPSIGLSTVLL-K :::::..:. : .::.... ::.:..: .:.:::::::::.::.:.::. : :.:.: : KIAA20 RWKDLLQTRM-KMEDELTNHSISTLNIELVNSTILKLKSVTRSSRRFLPARGSSSVILEK 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 KIAA20 KEEDIMTALEIICENECEGTLLEKDKNKFLEFKASKEEDFYRGGKVSWWNFYFSSESYSS :.::..:::::.::::: : .::::.:::::: :::: :::::::::::::::::.::: KIAA20 KKEDVLTALEILCENECTETDIEKDKSKFLEFKKSKEEHFYRGGKVSWWNFYFSSENYSS 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 KIAA20 PFVKRDKYERLEAMIQNCADSSKPTSTKIIHLYHHPGCGGTTLAMHILWELRKKFRCAVL :::::.::.:. .:. :.: :: .:::.:::::::::::::::.::.:.:.:::::: KIAA20 DFVKRDSYEKLKDLIHCWAESPKPIFAKIINLYHHPGCGGTTLAMHVLWDLKKNFRCAVL 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 820 KIAA20 KNKTVDFSEIGEQVTSLITYGAMNRQEYVPVLLLVDDFEEQDNVYLLQYSIQTAIAKKYI ::::.::.::.::: .:.:: : ..:.:.::::::::::::.:::.:: .:....:.: . 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KIAA20 KCQIALNILEENLFYDSGIGRDKFQHDVQTLLLTRQRKVYGDETDTLFSPLMEALQ---- 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA20 NEAVEAVLLESIHRFNPNAFICQALARHFYIKKKDFGNALNWAKQAKIIEPDNSYISDTL :. .: :: . .:: :::::::::::::::.:::..::.::.:::. : :::::::: KIAA20 NKDIEKVLSAGSRRFPQNAFICQALARHFYIKEKDFNTALDWARQAKMKAPKNSYISDTL 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA20 GQVYKSKIRWWIEENGGNGNISVDDLIALLDLAEHASSAFKESQQQSEDREYEVKERLYP ::::::.:.::.. : . .:.:.:: ::. ::.:: ::::::.:.....::... KIAA20 GQVYKSEIKWWLDGNKNCRSITVNDLTHLLEAAEKASRAFKESQRQTDSKNYETENWSPQ 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA20 KSKRRYDTYNIAGYQGEIEVGLYTIQILQLIPFFDNKNELSKRYMVNFVSGSSDIPGDPN ::.:::: :: : . ::::::::::::::: ::: ..:::::..::.:.::. :: :: KIAA20 KSQRRYDMYNTACFLGEIEVGLYTIQILQLTPFFHKENELSKKHMVQFLSGKWTIPPDPR 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA20 NEYKLALKNYIPYLTKLKFSLKKSFDFFDEYFVLLKPRNNIKQNEEAKTRRKVAGYFKKY :: :::... .: .:. .::. :::: .:.:::: : . :. : .::. :.:: KIAA20 NECYLALSKFTSHLKNLQSDLKRCFDFFIDYMVLLKMRYTQKEIAEIMLSKKVSRCFRKY 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA20 VDIFCLLEESQNNTGLGSKFSEPLQVERCRRNLVALKADKFSGLLEYLIKSQEDAISTMK ...:: :. : :: :. :: : ::..: ::.::.:.:::::: . .:: .::. KIAA20 TELFCHLDPCL----LQSKESQLLQEENCRKKLEALRADRFAGLLEYLNPNYKDA-TTME 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 KIAA20 CIVNEYTFLLEQCTVKIQSKEKLNFILANIILSCIQPTSRLVKPVEKLKDQLREVLQPIG :::::.:::.: . : ...:: : :::::::::..:.:.:..:. :: ::::::: .: KIAA20 SIVNEYAFLLQQNSKKPMTNEKQNSILANIILSCLKPNSKLIQPLTTLKKQLREVLQFVG 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 KIAA20 LTYQFSEPYFLASLLFWPENQQLDQHSEQMKEYAQALKNSFKGQYKHMHRTKQPIAYFFL :..:. ::::: ::::::::.::: :. ...:...:. ::.::::.: :.:: . :.: KIAA20 LSHQYPGPYFLACLLFWPENQELDQDSKLIEKYVSSLNRSFRGQYKRMCRSKQASTLFYL 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 KIAA20 GKGKRLERLVHKGKIDQCFKKTPDINSLWQSGDVWKEEKVQELLLRLQGRAENNCLYIEY :: : :. .:::.::.: : :. . ::::.::::::...:..:: :: :.::.. . .:: KIAA20 GKRKGLNSIVHKAKIEQYFDKAQNTNSLWHSGDVWKKNEVKDLLRRLTGQAEGKLISVEY 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 KIAA20 GINEKITIPITPAFLGQLRSGRSIEKVSFYLGFSIGGPLAYDIEIV : .::: ::. .. : :::::.::.::::::::: ::::::::.. KIAA20 GTEEKIKIPVISVYSGPLRSGRNIERVSFYLGFSIEGPLAYDIEVI 1550 1560 1570 1580 >>KIAA1022 ( 1131 res) fg00613 (1131 aa) initn: 86 init1: 71 opt: 161 Z-score: 158.8 bits: 41.7 E(): 0.001 Smith-Waterman score: 161; 40.323% identity (75.806% similar) in 62 aa overlap (20-80:1068-1128) 10 20 30 40 KIAA20 SQFGIRMAKQLNLPENTDDWTKEDVNQWLESHKIDQKHREILTEQDVNG ::: :: .:::: .. . :.: . .....: KIAA10 NPAGRSRSPSPSILQQPISNKPFTTKPVHLWTKPDVADWLESLNLGE-HKEAFMDNEIDG 1040 1050 1060 1070 1080 1090 50 60 70 80 90 100 KIAA20 AVLKWLKKEHLVDMGITH-GPAIQIEELFKELRKTAIEDSIQTSKMGKPSKNAPKDQTVS . : :.:: :.:.:.:. : ..::. .:.: KIAA10 SHLPNLQKEDLIDLGVTRVGHRMNIERALKQLLDR 1100 1110 1120 1130 110 120 130 140 150 160 KIAA20 QKERRETSKQKQKGKENPDMANPSAMSTTAKGSKSLKVELIEDKIDYTKERQPSIDLTCV 1595 residues in 1 query sequences 1985910 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:25:13 2008 done: Thu Dec 18 15:25:14 2008 Total Scan time: 0.850 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]