# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/bg00180.fasta.huge -Q ../query/KIAA1993.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1993, 532 aa vs ./tmplib.25089 library 1986973 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0175+/-0.0062; mu= 10.2417+/- 0.419 mean_var=194.3425+/-49.951, 0's: 0 Z-trim: 74 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.092001 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0414 ( 492 res) hh00161 ( 492) 630 96.1 6.1e-21 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 381 63.3 6.6e-11 KIAA1572 ( 492 res) fh23424 ( 492) 327 55.9 7.8e-09 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 310 53.9 4.5e-08 KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 308 53.5 5.1e-08 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 299 52.4 1.2e-07 KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 297 52.3 1.8e-07 KIAA1190 ( 174 res) hg03443a ( 174) 285 49.7 2.1e-07 KIAA1675 ( 1286 res) ae00102 (1286) 297 52.6 2.1e-07 KIAA0972 ( 702 res) hj06859 ( 702) 293 51.6 2.2e-07 KIAA1339 ( 409 res) fj00071 ( 409) 281 49.7 4.9e-07 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 277 49.2 7.5e-07 KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 279 50.0 9.1e-07 KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 277 49.6 9.9e-07 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 272 48.7 1.3e-06 KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 271 48.6 1.4e-06 KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 267 48.2 2.4e-06 KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 267 48.3 2.6e-06 KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 266 48.1 2.7e-06 KIAA1015 ( 841 res) hk03609(revised) ( 841) 265 48.0 3.2e-06 KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 261 47.1 3.3e-06 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 261 47.3 3.7e-06 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 260 47.2 4.1e-06 KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 258 46.8 4.7e-06 KIAA0760 ( 1224 res) hk04642s1 (1224) 261 47.7 5.6e-06 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 254 46.3 6.6e-06 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 256 46.8 7.1e-06 KIAA0048 ( 627 res) ha01311 ( 627) 254 46.4 7.4e-06 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 252 46.0 7.6e-06 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 253 46.2 7.7e-06 KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 252 46.0 8.2e-06 KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 253 46.4 8.9e-06 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 251 46.0 9.6e-06 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 251 46.2 1.2e-05 KIAA0798 ( 682 res) hk06584 ( 682) 248 45.6 1.3e-05 KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 246 45.5 1.8e-05 KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 246 45.6 1.9e-05 KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 243 44.9 2e-05 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 242 44.7 2.1e-05 KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 242 44.8 2.2e-05 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 241 44.6 2.2e-05 KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 241 44.6 2.3e-05 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 240 44.4 2.3e-05 KIAA0961 ( 530 res) hj05830 ( 530) 239 44.3 2.7e-05 KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 237 44.0 3.1e-05 KIAA1827 ( 469 res) fk01409 ( 469) 236 43.8 3.3e-05 KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 237 44.1 3.4e-05 KIAA1782 ( 545 res) aj00273 ( 545) 234 43.6 4.3e-05 KIAA1979 ( 309 res) fj09511 ( 309) 230 42.7 4.5e-05 KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 232 43.3 4.9e-05 >>KIAA0414 ( 492 res) hh00161 (492 aa) initn: 754 init1: 406 opt: 630 Z-score: 467.8 bits: 96.1 E(): 6.1e-21 Smith-Waterman score: 631; 30.407% identity (57.602% similar) in 467 aa overlap (31-479:26-472) 10 20 30 40 50 60 KIAA19 GDWPGAGGGGGGAAGGRCERGALDRVRFMSVEMDSSSFIQFDVPEYSSTVLSQLNELRLQ .: ..:: . . :..:::.:..::. : : KIAA04 NKFIFGLEFVLIFLSLVAPNKICDEMEPGTNSF-RVEFPDFSSTILQKLNQQRQQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA19 GKLCDIIVHIQGQPFRAHKAVLAASSPYFRDHSALSTMSGLSISVIKNPNVFEQLLSFCY :.:::. . .::. ::::::::::::::: :. :.. . . . :: :::..: : KIAA04 GQLCDVSIVVQGHIFRAHKAVLAASSPYFCDQVLLKNSRRIVLPDVMNPRVFENILLSSY 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA19 TGRMSLQLKDVVSFLTAASFLQMQCVIDKCTQILESIHSKISVGDVDSVTVGAEENPESR :::. . ..::.::::::::: :.::::..::. . . .. . . : KIAA04 TGRLVMPAPEIVSYLTAASFLQMWHVVDKCTEVLEG-NPTVLCQKLNHGSDHQSPSSSSY 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 KIAA19 NGVKDSSFFANPVEISPPYCSQGR---------QPTASSDL-RMETTPSKAL--RSRLQE ::. .: ... . . : .. : . ::.: . : ::.. ..::. 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KIAA04 NICAKRFMWRDSFHRHVTSCTKSYEAAKAEQNTTEAN 460 470 480 490 >>KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 (702 aa) initn: 1288 init1: 243 opt: 381 Z-score: 287.7 bits: 63.3 E(): 6.6e-11 Smith-Waterman score: 407; 25.702% identity (55.724% similar) in 463 aa overlap (46-480:24-459) 20 30 40 50 60 70 KIAA19 GRCERGALDRVRFMSVEMDSSSFIQFDVPEYSSTVLSQLNELRLQGKLCDIIVHIQGQPF .:.:::..... : .: :::: . ... : KIAA04 WLLKKMAETSPEPSGQLVVHSDAHSDTVLASFEDQRKKGFLCDITLIVENVHF 10 20 30 40 50 80 90 100 110 120 130 KIAA19 RAHKAVLAASSPYFRDHSALSTMSGLSISVIKN--PNVFEQLLSFCYTGRMSLQLKDVVS :::::.::::: :: : : :: .... ..: :: : ::: . . :.. . KIAA04 RAHKALLAASSEYFSMMFAEEGEIGQSIYMLEGMVADTFGILLEFIYTGYLHASEKSTEQ 60 70 80 90 100 110 140 150 160 170 180 190 KIAA19 FLTAASFLQMQCVIDKCTQILESIHSKISVGDVDSVTVGAEENPESRNGVKDSSFFANPV .:..:.::.. .. :. ... ::. . .... . . :...: KIAA04 ILATAQFLKVYDLVKAYTD-FQNNHSSPKPTTLNTAGAPVVVIPNKKN------------ 120 130 140 150 160 200 210 220 230 240 KIAA19 EISPPYCSQGRQPTASSDLRMETTPSKA-----LR---SRLQEEGHSDRGSSGSVSEYEI .:: ..:: : . :. : . : :: : .... .:.:: ..: KIAA04 --DPPKRKRGR-PKKVNTLQEEKSELAAEEEIQLRVNNSVQNRQNFVVKGDSGVLNE--- 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 KIAA19 QIEG-DHEQGDLLVRESQITEVKVKMEKSDRPSCSDSSSLGDDGYHTEMVDGEQVVAVN- :: . ..:... . :. :. :. ... :. :... . . .. . .. . KIAA04 QIAAKEKEESEPTCEPSREEEMPVEKDENYDPKTEDGQASQSRYSKRRIWRSVKLKDYKL 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 KIAA19 VGS---YGSVLQHAYSYSQAASQPTNVSEAFGSL----------SNSSPSRSMLSCFRGG ::. .::. .. . . . : . :.. . : .. ..: . : KIAA04 VGDQEDHGSA-KRICGRRKRPGGPEARCKDCGKVFKYNHFLAIHQRSHTGERPFKCNECG 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 KIAA19 RA-RQKRALSVH--LHSDLQGLVQGSDSEAMMNNPGYESSPRERSARGHWYPYNERLICI .. ::..:.:: .:. . . :.:. .. . .:.. . . : KIAA04 KGFAQKHSLQVHTRMHTGERPYTCTVCSKALTTKHSLLEHMSLHSGQ-------KSFTCD 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 460 KIAA19 YCGKSFNQKGSLDRHMRLHMGITPFVCKFCGKKYTRKDQLEYHIRGHTDDKPFRCEICGK ::: :.:. .: :.:.: : . :: : .:. .::. :.: :: .::: :::::: KIAA04 QCGKYFSQNRQLKSHYRVHTGHSLPECKDCHRKFMDVSQLKKHLRTHTGEKPFTCEICGK 390 400 410 420 430 440 470 480 490 500 510 520 KIAA19 CFPFQGTLNQHLRKNHPGVAEVRSRIESPERTDVYVEQKLENDASASEMGLDSRMEIHTV : ...:. :.: KIAA04 SFTAKSSLQTHIRIHRGEKPYSCGICGKSFSDSSAKRRHCILHTGKKPFSCPECNLQFAR 450 460 470 480 490 500 >>KIAA1572 ( 492 res) fh23424 (492 aa) initn: 752 init1: 309 opt: 327 Z-score: 250.5 bits: 55.9 E(): 7.8e-09 Smith-Waterman score: 524; 26.915% identity (56.455% similar) in 457 aa overlap (28-483:47-428) 10 20 30 40 50 KIAA19 GDWPGAGGGGGGAAGGRCERGALDRVRFMSVEM-DSSSFIQFDVPEYSSTVLSQLNE : :..: . :....: .:....:...:. KIAA15 YDNTDLFLEGRSSFLNCLSFLKFNLFTFLFFRSAKMSERSDLLHFKFENYGDSMLQKMNK 20 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 KIAA19 LRLQGKLCDIIVHIQGQPFRAHKAVLAASSPYFRDHSALSTMSGLSISVIKNPNVFEQLL :: ..:.::. : :. ..:: :.::.::..::. :. ..::.... .: .::: KIAA15 LREENKFCDVTVLIDDIEVQGHKIVFAAGSPFLRDQFLLNDSREVKISILQSSEVGRQLL 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 KIAA19 SFCYTGRMSLQLKDVVSFLTAASFLQMQCVIDKCTQILESIHSKISVGDVDSVTVGAEEN ::.: . . ..:..:::::::::. ....::: : .. . . : . KIAA15 LSCYSGVLEFPEMELVNYLTAASFLQMSHIVERCTQALWKFIKPKQPMDSKEGCEPQSAS 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 KIAA19 PESRNGVKDSSFFANPVEISPPYCSQGRQPTASSDLRMETTPSKALRSRLQEEGHSDRGS :.:.. :. ..: . :: : . :. .: . :: . . .. . : KIAA15 PQSKEQQGDAR--GSPKQDSP--CIH---PSEDS-MDMEDSDIQIVKVE----------S 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 KIAA19 SGSVSEYEIQIEGDHEQGDLLVRESQITEVKVKMEKSDRPSCSDSSSLGDDGYHTEMVDG :.::: ... ..:.... : . :..:. :: .. .... . KIAA15 IGDVSE----VRSKKDQNQFISSEPTALH-------SSEPQ----HSLINSTVENRVSEI 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 KIAA19 EQVVAVNVGSYGSVLQHAYSYSQAASQPTNVSEAFGSLSNSSPSRSMLSCFRGGRARQKR :: . . ..: ::. . . ...:: :. .:: . 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