# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh00385.fasta.huge -Q ../query/KIAA1989.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1989, 1097 aa vs ./tmplib.25089 library 1986408 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2962+/-0.00737; mu= -0.5125+/- 0.497 mean_var=220.0311+/-52.854, 0's: 0 Z-trim: 18 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.086463 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0811 ( 1123 res) hj04806 (1123) 654 95.4 4.7e-20 KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559) 379 61.3 1.3e-09 KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618) 360 58.9 6.6e-09 KIAA1781 ( 974 res) fg06971(revised) ( 974) 279 48.6 5.1e-06 KIAA0279 ( 2854 res) ff05612 (2854) 285 49.8 6.5e-06 KIAA1237 ( 1268 res) fh09696s1 (1268) 208 39.9 0.0028 KIAA0812 ( 1364 res) hg01044 (1364) 207 39.8 0.0033 KIAA0868 ( 1339 res) hk06919 (1339) 206 39.6 0.0035 KIAA0743 ( 1205 res) hk04080 (1205) 199 38.7 0.006 KIAA0578 ( 1542 res) bf00990 (1542) 200 38.9 0.0065 >>KIAA0811 ( 1123 res) hj04806 (1123 aa) initn: 905 init1: 261 opt: 654 Z-score: 452.0 bits: 95.4 E(): 4.7e-20 Smith-Waterman score: 848; 27.482% identity (50.242% similar) in 826 aa overlap (3-817:335-943) 10 20 30 KIAA19 EEFVLDPHGILRSAVVFQHTESLEYVLCVQAK : . : : : .: ... . : : .::. 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KIAA08 LAPGKT---VAGLLETQALTQCCLHSDYCSQNTCLNGGKCSWTHGAGYVCKCPPQFSGKH 700 710 720 730 740 750 570 580 590 600 610 620 KIAA19 CESEITACFPNPCRNGGSC--DPIGNTFICNCKAGLTGVTCEEDINECEREECENGGSCV ::. : :: .::.: .: : . ::: :: :: . : . .: KIAA08 CEQGRENCTFAPCLEGGTCILSPKGAS--CNCPHPYTGDRCEMEARGCSEGHC------- 760 770 780 790 800 630 640 650 660 670 680 KIAA19 NVFGSFLCNCTPGYVGQYCGLRPVVVPNIQAGHSYVGKEELIGIAVVLFVIFILVVLFIV .:.:.:: : :..::. :.:.. :.: .: .. KIAA08 -----------------------LVTPEIQRGD--WGQQELLIITVAVAFIIISTVGLLF 810 820 830 840 690 700 710 720 730 740 KIAA19 FRKKVFRKNYSRNNITLVQDPATAALLNKSNGIPFRNLRGSGDGRNVYQEVGPPQVPVRP . :. :.. ... .:: :: .: :. . . : . . : KIAA08 Y----CRRCKSHKPVAM-EDPD---LLARSVGVDTQAM---------------PAIELNP 850 860 870 750 760 770 780 790 800 KIAA19 MAYTPCFQSDSRSNLDKIVDGLGGEHQEMTTFHPESPRILTARRGVVVCSVAPNLP-AVS .. . : .::.. . .. .:..:: :.: .. ::::: : :: :. KIAA08 LSASSC------NNLNQPEPSKASVPNELVTFGPNS------KQRPVVCSVPPRLPPAAV 880 890 900 910 920 810 820 830 840 850 860 KIAA19 PCRSDCDSIRKNGWDAGTENKGVDDPGEVTCFAGSNKGSNSEVQSLSSFQSDSGDDNASI : .:: . . : :.. 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KIAA08 G-KCVATGTSYMCKCAEGYGGDLCDNKNDSANACSAFKCHHGQCHISDQGEPYCLCQPGF 1420 1430 1440 1450 1460 1470 640 650 660 670 680 690 KIAA19 VGQYCGLRPVVVPNIQAGHSYVGKEELIGIAVVLFVIFILVVLFIVFRKKVFRKNYSRNN :..: KIAA08 SGEHCQQENPCLGQVVREVIRRQKGYASCATASKVPIMECRGGCGPQCCQPTRSKRRKYV 1480 1490 1500 1510 1520 1530 >>KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618 aa) initn: 572 init1: 208 opt: 360 Z-score: 251.7 bits: 58.9 E(): 6.6e-09 Smith-Waterman score: 501; 26.733% identity (55.693% similar) in 404 aa overlap (250-641:1163-1537) 220 230 240 250 260 270 KIAA19 FYKPAYLIQKLSNARRHLENIMRISAILEKNCS--GLDCQEQHCEQGLS-LDSHALMTYS ::: ::....:..: . .: . .:: KIAA08 PDLNPCQHEAQCVGTPDGPRCECMPGYAGDNCSENQDDCRDHRCQNGAQCMD--EVNSYS 1140 1150 1160 1170 1180 1190 280 290 300 310 320 330 KIAA19 TARISFVCPRFYRNVRCTCNGGLCPGSNDPCVEKPCPGDMQCVGYEASRRPFLCQCPPGK .: . : . : : :. ..:: : . .:: . . :: .::: :: KIAA08 C-----LCAEGYSGQLCEIPPHL-PAPKSPCEGTECQNGANCV--DQGNRP-VCQCLPGF 1200 1210 1220 1230 1240 340 350 360 370 380 390 KIAA19 LG-ECSGHTSLSFAG-NSYIKYRLSENSKEEDFKLALRLRTLQSNGIIMYTRANPCIILK : :: :..:. ..:... .: . . ..:.. : ..:::..:. : : .. KIAA08 GGPECEKLLSVNFVDRDTYLQFTDLQNWPRAN--ITLQVSTAEDNGILLYNGDNDHIAVE 1250 1260 1270 1280 1290 400 410 420 430 440 450 KIAA19 IVDGKLWFQLDCGSGPGILGISGRAVNDGSWHSVFLELNRNFTSLSLDDSYVERRRAPLY . .:.. . : :: :. :....:::..:.: : ....::.: . KIAA08 LYQGHVRVSYDPGSYPSSAIYSAETINDGQFHTVELVAFDQMVNLSIDGGSPMTMDNFGK 1300 1310 1320 1330 1340 1350 460 470 480 490 500 510 KIAA19 FQTLSTESSIYFGALVQADNIRSLTDTRVTQVL--SGFQGCLDSVILNNNELPLQNKRSS ::..:. .: :.. : .. :. :.: .::.::. .. .::. ::. KIAA08 HYTLNSEAPLYVGGMPVDVNSAAF---RLWQILNGTGFHGCIRNLYINNE---LQD---- 1360 1370 1380 1390 1400 520 530 540 550 560 570 KIAA19 FAEVVGLTELKLGCVLYPDACKRSPCQHGGSCTGLPSGGYQCTCLSQFTGRNCESEITA- :.. :..: : : . :.. : :: : . : .: : . ..: .:.. . KIAA08 FTK----TQMKPGVVPGCEPCRKLYCLHG-ICQPNATPGPMCHCEAGWVGLHCDQPADGP 1410 1420 1430 1440 1450 1460 580 590 600 610 620 KIAA19 CFPNPCRNGGSCDPIGN-TFICNCKAGLTGVTCEED---INECEREECENGGSCVNVFGS : . : .: .: :. .. :.:. : .:. :.. . :. .: .: .. . KIAA08 CHGHKCVHG-QCVPLDALSYSCQCQDGYSGALCNQAGALAEPCRGLQCLHGHCQASGTKG 1470 1480 1490 1500 1510 1520 630 640 650 660 670 680 KIAA19 FLCNCTPGYVGQYCGLRPVVVPNIQAGHSYVGKEELIGIAVVLFVIFILVVLFIVFRKKV : : ::. :. : KIAA08 AHCVCDPGFSGELCEQESECRGDPVRDFHQVQRGYAICQTTRPLSWVECRGSCPGQGCCQ 1530 1540 1550 1560 1570 1580 >>KIAA1781 ( 974 res) fg06971(revised) (974 aa) initn: 174 init1: 73 opt: 279 Z-score: 199.9 bits: 48.6 E(): 5.1e-06 Smith-Waterman score: 279; 38.583% identity (53.543% similar) in 127 aa overlap (530-641:70-188) 500 510 520 530 540 550 KIAA19 NNNELPLQNKRSSFAEVVGLTELKLGCVLYPDACKRSPCQHGGSCTGLPSGGYQCTCLSQ : .: ::.:. :. : : :.: . 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KIAA02 GLAVARVTATDPDEGTNAQIMYQIVEGNIPEVFQLDIFSGELTALVDLDYEDRPEYVLVI 870 880 890 900 910 920 30 40 50 60 70 80 KIAA19 QAKDSGKPQQVSHTYIRVRVIEESTHKPTAIPLEI----FIVTMEDDFPGGVIGKIHATD :: .. : ::.. ..::..... . :. .:: .... ..::::.::.. : : KIAA02 QA--TSAPL-VSRATVHVRLLDRNDNPPVLGNFEILFNNYVTNRSSSFPGGAIGRVPAHD 930 940 950 960 970 980 90 100 110 120 130 140 KIAA19 QDMYDVLTFAL-KSEQKSLFKVNSHDGKIIALGGLDSGK---YVLNVSVSDGRFQVPIDV :. : ::... .... :: .:. :.. .::... ...: :::: .: . KIAA02 PDISDSLTYSFERGNELSLVLLNASTGELKLSRALDNNRPLEAIMSVLVSDGVHSVTAQC 990 1000 1010 1020 1030 1040 150 160 170 180 190 KIAA19 VVHVEQLVHEMLQNTVTIRFENVSPEDFVGLHMHGFRRTLRNAVLTQKQDSLRIISIQ-- ...: .. ::: ...:.:.:..::: :.. . : ... :.:. : . ....: KIAA02 ALRVTIITDEMLTHSITLRLEDMSPERFLSPLLGLFIQAV-AATLATPPDHVVVFNVQRD 1050 1060 1070 1080 1090 1100 200 210 220 230 240 250 KIAA19 -PVAGTNQLDMLFAVEMHSSEFYKPAYLIQKLSNARRHLENIMRISAILEKNCSGLD--- . : . :.. ..: . . : .: .. . : .:. . ..:: . .: KIAA02 TDAPGGHILNVSLSVGQPPGPGGGPPFLPSEDLQERLYLNRSL-LTAISAQRVLPFDDNI 1110 1120 1130 1140 1150 1160 260 270 280 290 300 KIAA19 CQEQHCEQG------LSLDSHA-LMTYSTARISFVCPRFYRNVRCTC----NGGLCPGSN : .. ::. : .:: : ... :.. . . : ..:: : .: : KIAA02 CLREPCENYMRCVSVLRFDSSAPFIASSSVLFRPIHP--VGGLRCRCPPGFTGDYCETEV 1170 1180 1190 1200 1210 1220 310 320 KIAA19 DPCVEKPC-P--------GDMQCV---GY-----EASRR-----P--------------- : : .:: : : . :. :: :.: : : KIAA02 DLCYSRPCGPHGRCRSREGGYTCLCRDGYTGEHCEVSARSGRCTPGVCKNGGTCVNLLVG 1230 1240 1250 1260 1270 1280 330 340 350 360 370 380 KIAA19 -FLCQCPPGKLGE--CSGHTSLSFAGNSYIKYRLSENSKEEDFKLALRLRTLQSNGIIMY : :.:: : . . :. :. :: ..:.: .: . .. : ::: . : . .:...: KIAA02 GFKCDCPSGDFEKPYCQV-TTRSFPAHSFITFRGLR--QRFHFTLALSFATKERDGLLLY 1290 1300 1310 1320 1330 390 400 410 420 430 KIAA19 T-RANP---CIILKIVDGKLWFQLDCGSGPGILG--ISGRAVNDGSWHSVFLEL-NRNFT . : : . :.... .. . .. : . .. . : .:.::.::.: :. :. . KIAA02 NGRFNEKHDFVALEVIQEQVQLTFSAGESTTTVSPFVPG-GVSDGQWHTVQLKYYNKPLL 1340 1350 1360 1370 1380 1390 440 450 460 470 480 KIAA19 SLS-LDDSYVERRRAPLYFQTLSTESSIYFGALV----------QADNIRSLTDTRVTQV . . : .. :.. : . . .: .. ::... :. . .:: : . KIAA02 GQTGLPQGPSEQKVAVVTVDGCDTGVALRFGSVLGNYSCAAQGTQGGSKKSL-DLTGPLL 1400 1410 1420 1430 1440 1450 490 500 510 520 530 KIAA19 LSG-------FQGCLDSVILNNNELPLQNKRSSFAEVVGLTELKLGCVLYPDACKRSPCQ :.: : . . . .: ..... ..:. .. . :: ..: . :. KIAA02 LGGVPDLPESFPVRMRQFVGCMRNLQVDSRHIDMADFIANNGTVPGCPAKKNVCDSNTCH 1460 1470 1480 1490 1500 1510 540 550 560 570 580 590 KIAA19 HGGSCTGLPSGGYQCTCLSQFTGRNCESEITACFPNPCRNGGSCDPIGNTFICNCKAGLT .::.:.. .. ..: : : :..: .:.. :: . :: KIAA02 NGGTCVNQWDA-FSCECPLGFGGKSCAQEMA----NPQHFLGSSLVAWHGLSLPISQPWH 1520 1530 1540 1550 1560 1570 600 610 620 630 640 650 KIAA19 GVTCEEDINECEREECENGGSCVNVFGSFLCNCTPGYVGQYCGLRPVVVPNIQAGHSYVG KIAA02 LSLMFRTRQADGVLLQAITRGRSTITLQLREGHVMLSVEGTGLQASSLRLEPGRANDGDW 1580 1590 1600 1610 1620 1630 >>KIAA1237 ( 1268 res) fh09696s1 (1268 aa) initn: 206 init1: 159 opt: 208 Z-score: 150.6 bits: 39.9 E(): 0.0028 Smith-Waterman score: 208; 33.824% identity (66.176% similar) in 68 aa overlap (531-597:874-941) 510 520 530 540 550 KIAA19 NNELPLQNKRSSFAEVVGLTELKLGCVLYPDACKRSPCQHGGSCTGL-PSGGYQCTCLSQ ..: .:: :.: :.. : ::.: : . 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