# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh18284mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1977.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1977, 606 aa vs ./tmplib.25089 library 1986899 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6470+/-0.00698; mu= 7.7883+/- 0.477 mean_var=170.1987+/-42.475, 0's: 0 Z-trim: 26 B-trim: 238 in 2/38 Lambda= 0.098310 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089) 319 57.7 5.7e-09 KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486) 308 56.6 2.9e-08 KIAA1250 ( 1777 res) pf01137 (1777) 297 54.8 6.8e-08 KIAA1636 ( 1864 res) ff02660 (1864) 295 54.6 8.6e-08 KIAA1728 ( 1644 res) pg00239 (1644) 281 52.5 3.1e-07 KIAA1785 ( 617 res) fh12727 ( 617) 255 48.4 2.1e-06 KIAA0379 ( 1059 res) hh00505s1 (1059) 252 48.2 4.1e-06 KIAA0957 ( 693 res) hj05670 ( 693) 248 47.4 4.6e-06 KIAA1876 ( 803 res) pf01162s1 ( 803) 237 45.9 1.5e-05 KIAA1074 ( 1715 res) hj06637 (1715) 231 45.5 4.4e-05 KIAA0946 ( 667 res) hj04787 ( 667) 219 43.3 7.7e-05 KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124) 214 42.8 0.00018 KIAA0229 ( 1180 res) ha02570 (1180) 214 42.9 0.00018 KIAA1146 ( 271 res) hg00368 ( 271) 188 38.4 0.0009 KIAA0172 ( 1366 res) ha02512s1 (1366) 187 39.1 0.0029 KIAA2015 ( 996 res) fk09763 ( 996) 184 38.5 0.0031 KIAA0396 ( 627 res) hg00180s1 ( 627) 180 37.7 0.0034 KIAA1334 ( 989 res) fh15842 ( 989) 181 38.1 0.0042 KIAA1758 ( 1662 res) fh20539(revised) (1662) 178 37.9 0.0079 >>KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089 aa) initn: 1048 init1: 221 opt: 319 Z-score: 252.9 bits: 57.7 E(): 5.7e-09 Smith-Waterman score: 335; 35.928% identity (65.868% similar) in 167 aa overlap (5-171:394-559) 10 20 30 KIAA19 HILRLFRRELDLNKKNGGGWTPLMYASYIGHDTI :. : .... . : :::. :.: :: . 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KIAA17 QYLVEEGAAIDQTDK-NGRTPLDLAAFYGDAETVLYLVEKGAVIEHVDHSGM--RPLDRA 980 990 1000 1010 1020 1030 170 180 190 200 210 KIAA19 YGHMK---IVALMDTYSPSLPKSLYRSPEKYEDLSSSDESCPAPQRQRPCRKKGVSIHEG : . .:::. KIAA17 IGCRNTSVVVALLRKGAKLGNAAWAMATSKPDILIILLQKLMEEGNVMYKKGKMKEAAQR 1040 1050 1060 1070 1080 1090 >>KIAA1785 ( 617 res) fh12727 (617 aa) initn: 240 init1: 184 opt: 255 Z-score: 206.8 bits: 48.4 E(): 2.1e-06 Smith-Waterman score: 255; 32.704% identity (63.522% similar) in 159 aa overlap (19-177:83-239) 10 20 30 40 KIAA19 HILRLFRRELDLNKKNGGGWTPLMYASYIGHDTIVHLLLEAGVSVNVP : :: :: :: .:. ::. :.::: KIAA17 HLDMVEFLLEQCSASIEVGGSVNFDGETIEGAPPLWAASAAGHLKVVQSLLNHGASVNNT 60 70 80 90 100 110 50 60 70 80 90 100 KIAA19 TPEGQTPLMLASSCGNESIAYFLLQQGAELEMKDIQGWTALFHCTSAGHQHMVRFLLDSG : ..::: : :. :. .:... :.::... .: : :. ::......::..: KIAA17 TLTNSTPLRAACFDGHLEIVKYLVEHKADLEVSNRHGHTCLMISCYKGHKEIAQYLLEKG 120 130 140 150 160 170 110 120 130 140 150 160 KIAA19 ANANVREPICGFTPLMEAAAAGHEIIVQYFLNHGVKVDARDHSGATARMLAKQYGHMKIV :..: :. . : : : . : .: :....: . .:.. .: : : . :. :: .:: KIAA17 ADVN-RKSVKGNTALHDCAESGSLDIMKMLLMYCAKME-KDGYGMTPLLSASVTGHTNIV 180 190 200 210 220 230 170 180 190 200 210 220 KIAA19 ALMDTYSPSLPKSLYRSPEKYEDLSSSDESCPAPQRQRPCRKKGVSIHEGPRALARITGI .. .. . KIAA17 DFLTHHAQTSKTERINALELLGATFVDKKRDLLGALKYWKKAMNMRYSDRTNIISKPVPQ 240 250 260 270 280 290 >>KIAA0379 ( 1059 res) hh00505s1 (1059 aa) initn: 293 init1: 221 opt: 252 Z-score: 201.7 bits: 48.2 E(): 4.1e-06 Smith-Waterman score: 261; 29.834% identity (60.773% similar) in 181 aa overlap (12-189:271-450) 10 20 30 40 KIAA19 HILRLFRRELDLNKKNGGGWTPLMYASYIGHDTI-VHLLLE .:.:: :.::: .:. : .. ..::. KIAA03 PNAYGNTPLHVACYNGQDVVVNELIDCGAIVNQKNEKGFTPLHFAAASTHGALCLELLVG 250 260 270 280 290 300 50 60 70 80 90 100 KIAA19 AGVSVNVPTPEGQTPLMLASSCGNESIAYFLLQQGAELEMKDIQGWTALFHCTSAGHQHM :..::. . .:.::: ... : : . ..:.:: .. .: .: : : . ::. . KIAA03 NGADVNMKSKDGKTPLHMTALHGRFSRSQTIIQSGAVIDCEDKNGNTPLHIAARYGHELL 310 320 330 340 350 360 110 120 130 140 150 160 KIAA19 VRFLLDSGANANVREPICGFTPLMEAAAAGHEIIVQYFLNHGVKVDARDHSGATARMLAK . :. :::.. ... : :. :: :: .: . .:. : .:. : : : : KIAA03 INTLITSGADT-AKRGIHGMFPLHLAALSGFSDCCRKLLSSGFDIDTPDDFGRTCLHAAA 370 380 390 400 410 170 180 190 200 210 KIAA19 QYGHMKIVALMDTYSPSLPKS--LYRSPEKYEDLSSSDESCPAPQRQRPCRKKGVSIHEG :... . :. . . .. :. . ::: .: KIAA03 AGGNLECLNLLLNTGADFNKKDKFGRSPLHYAAANCNYQCLFALVGSGASVNDLDERGCT 420 430 440 450 460 470 220 230 240 250 260 270 KIAA19 PRALARITGIGLGGRAPRPRYEQAPPRGYVTFNSSGENPLEEEGLCCRDVTSPINERDVE KIAA03 PLHYAATSDTDGKCLEYLLRNDANPGIRDKQGYNAVHYSAAYGHRLCLQLIASETPLDVL 480 490 500 510 520 530 >>KIAA0957 ( 693 res) hj05670 (693 aa) initn: 321 init1: 178 opt: 248 Z-score: 200.8 bits: 47.4 E(): 4.6e-06 Smith-Waterman score: 258; 21.844% identity (50.701% similar) in 499 aa overlap (19-508:43-488) 10 20 30 40 KIAA19 HILRLFRRELDLNKKNGGGWTPLMYASYIGHDTIVHLLLEAGVSVNVP : ::: :. :: .:..::.:: ...: KIAA09 ERLLVAAYKGQTENVVQLINKGARVAVTKHGRTPLHLAANKGHLPVVQILLKAGCDLDVQ 20 30 40 50 60 70 50 60 70 80 90 100 KIAA19 TPEGQTPLMLASSCGNESIAYFLLQQGAELEMKDIQGWTALFHCTSAGHQHMVRFLLDSG :: : :. :: : :...: :. .: .: ::: . . : .. ...:. .: KIAA09 DDGDQTALHRATVVGNTEIIAALIHEGCALDRQDKDGNTALHEASWHGFSQSAKLLVKAG 80 90 100 110 120 130 110 120 130 140 150 160 KIAA19 ANANVREPICGFTPLMEAAAAGHEIIVQYFLNHGVKVDARDHSGATARMLAKQYGHMKIV ::. ... : : : : .: .. .: : ..: ....: : .: .:.:..:. KIAA09 ANVLAKNKA-GNTALHLACQNSHSQSTRVLLLAGSRADLKNNAGDTCLHVAARYNHLSII 140 150 160 170 180 190 170 180 190 200 210 220 KIAA19 ALMDTYSPSLPKSLYRSPEKYEDLSSSDESCPAPQRQRPCRKKGVSIHEGPRALARITGI :. : :. :: . ... . : .... . . .. : : : . KIAA09 RLLLTAFCSV-------HEKNQAGDTALHVAAALNHKKVAK---ILLEAG----ADTTIV 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 KIAA19 GLGGRAP--RPRYEQAPPRGYVTFNSSGENPLEEEGLCCRDVTSPINERDVESSSSSSSR . .:..: ::.. : : : . . .. :. :: .. .: KIAA09 NNAGQTPLETARYHNNP---------------EVALLLTKAPQGSVSAGDTPSSEQAVAR 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 KIAA19 EEHAFCANLGPVQSSSSSEGLARAQGLSSEASVESNEDSDHACKSSARKQAKSYMKTKNP .:.: :. ... : . . : . . .:. . .:... : .: KIAA09 KEEAREEFLSASPEPRAKDDRRRKSRPKVSAFSDPTPPADQQPGHQKNLHAHNHPKKRNR 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 KIAA19 ---DSQWPPRA--ATDREGFLAESSPQTQRAPYSGPQDLAALLEQIGCLKYLQVFEEQDV .: ::. : . . .. ....:: .: . : .. .:.: KIAA09 HRCSSPPPPHEFRAYQLYTLYRGKDGKVMQAPINGCR----------CEPLINKLENQ-- 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 KIAA19 DLRIFLTLTESDLKEIGITLFGPKRKMTSAIARWHSSARPPGDALELAYADRLEAEMQEL :. ..:: : . . ::.. ... ..... .:. ...:: :: : KIAA09 --------LEATVEEIKAELGSVQDKMNTKLGQMENKTQHQMRVLDKLMVERLSAERTEC 400 410 420 430 440 470 480 490 500 510 KIAA19 A--IQLHKRCEEVEATRGQVCQEQELRAVVESCLLEQDRAREDLQARLRETWALARDAAL .: :. :. :. . :. .::.. :.:. . .. :.. : KIAA09 LNRLQQHSDTEKHEGEKRQISLVDELKTW---CMLKIQNLEQKLSGDSRACRAKSTPSTC 450 460 470 480 490 520 530 540 550 560 570 KIAA19 VLDQLRACQAELSSRVRQDQPPGAATLGLAVPPADSKGWQASLQAMSLPELSGALEDRVR KIAA09 ESSTGVDQLVVTAGPAAASDSSPPVVRPKEKALNSTATQRLQQELSSSDCTGSRLRNVKV 500 510 520 530 540 550 >>KIAA1876 ( 803 res) pf01162s1 (803 aa) initn: 260 init1: 234 opt: 237 Z-score: 191.6 bits: 45.9 E(): 1.5e-05 Smith-Waterman score: 237; 30.534% identity (66.412% similar) in 131 aa overlap (21-150:394-523) 10 20 30 40 50 KIAA19 HILRLFRRELDLNKKNGGGWTPLMYASYIGHDTIVHLLLEAGVSVNVPTP .:: :. :: : :.:..::..... . 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