# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf00154.fasta.huge -Q ../query/KIAA1973.ptfa ./tmplib.25089 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA1973, 1176 aa
 vs ./tmplib.25089 library

1986329 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1748+/-0.00633; mu= 18.5035+/- 0.432
 mean_var=148.2792+/-35.834, 0's: 0 Z-trim: 2  B-trim: 136 in 1/39
 Lambda= 0.105326

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA1220  ( 791 res)   fh03489                     ( 791)  192 41.8  0.0005


>>KIAA1220  ( 791 res)   fh03489                          (791 aa)
 initn: 221 init1: 156 opt: 192  Z-score: 164.1  bits: 41.8 E(): 0.0005
Smith-Waterman score: 500;  24.150% identity (56.530% similar) in 559 aa overlap (476-1013:129-634)

         450       460       470       480       490       500     
KIAA19 FEHYVQDAMELVARAVATATMIQPELALIPSTMNCMEVETTNLTSGQYLSRFLANTTFRG
                                     ...::..  :   ..:. .   . .  . :
KIAA12 QISNLYLYDSVLMLANAFHRKLEDRKWHSMASLNCIRKSTKPWNGGRSMLDTIKKGHITG
      100       110       120       130       140       150        

         510       520       530        540       550       560    
KIAA19 LSGSIRVKGSTIVSSENNFFIWNLQH-DPMGKPMWTRLGSWQGGKIVMDYGIWPEQAQR-
       :.: .. . ..  .   .: : .  . . .:: :  .:..:.. :     :.     .: 
KIAA12 LTGVMEFREDS-SNPYVQFEILGTTYSETFGKDM-RKLATWDSEK-----GLNGSLQERP
      160        170       180       190        200            210 

           570       580       590       600       610       620   
KIAA19 HKTHFQHPSKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSTLDSLFSSLH
         ...:    : :.:::..:.:::.. :         ::                     
KIAA12 MGSRLQG---LTLKVVTVLEEPFVMVAE------NILGQ---------------------
                220       230             240                      

           630       640       650       660        670       680  
KIAA19 SSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEKIAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAW-KNGHWTGLVGDLL
             : ..:    :. ::.:. .:. ..: ...: . ::.::   .:  :.:..:.:.
KIAA12 ------PKRYK----GFSIDVLDALAKALGFKYEIYQAPDGRYGHQLHNTSWNGMIGELI
                       250       260       270       280       290 

            690       700       710       720       730       740  
KIAA19 RGTAHMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRDTAAPIGAFMWPLHWTMWLGI
          : .:.....:.  : .:.::.. ... :.:::..  .    : ... :. ...:  :
KIAA12 SKRADLAISAITITPERESVVDFSKRYMDYSVGILIKKPEEKISIFSLFAPFDFAVWACI
             300       310       320       330       340       350 

            750       760       770        780       790       800 
KIAA19 FVALHITAVFLTLYEWKSPFGLTPKGRNR-SKVFSFSSALNICYALLFGRTVAIKPPKCW
        .:. ...:.. . .  .       .. : :   .. ::. : :.  : .  . .  .  
KIAA12 AAAIPVVGVLIFVLNRIQAVRAQSAAQPRPSASATLHSAIWIVYGA-FVQQGGESSVNSM
             360       370       380       390        400       410

             810       820       830       840       850       860 
KIAA19 TGRFLMNLWAIFCMFCLSTYTANLAAVMVGEKIYEELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRES
       . :..:. : .: ..  :.::::::: ..  .. . .  ..:  : .  . . .::::.:
KIAA12 AMRIVMGSWWLFTLIVCSSYTANLAAFLTVSRMDNPIRTFQD--LSKQVE-MSYGTVRDS
              420       430       440       450          460       

                       870       880           890       900       
KIAA19 SAEDYVR----------QSFPEMHEYMRRY----NVPATPDGVEYLKNDPEKLDAFIMDK
       .. .: :          ..: :. . . .     :  ..:.  : ...  .   ::. : 
KIAA12 AVYEYFRAKGTNPLEQDSTFAELWRTISKNGGADNCVSSPS--EGIRKAKKGNYAFLWDV
       470       480       490       500         510       520     

       910       920       930       940       950       960       
KIAA19 ALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTANISELISQYKSHGFMDMLHDK
       :...: .  : ::.. ..:. .. .::::.:  .::    .:. : . .. : .:.:..:
KIAA12 AVVEYAALTDDDCSVTVIGNSISSKGYGIALQHGSPYRDLFSQRILELQDTGDLDVLKQK
         530       540       550       560       570       580     

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KIAA19 WY-RVVPCGKRSFAVTETLQMGIK-H-FSGLFVLLCIGFGLSILTTIGEHIVYRLLLPRI
       :. ..  :   : : ...   ..: : :.:.: .: ::. :. :..  :           
KIAA12 WWPHMGRCDLTSHASAQADGKSLKLHSFAGVFCILAIGLLLACLVAALELWWNSNRCHQE
         590       600       610       620       630       640     

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KIAA19 KNKSKLQYWLHTSQRLHRAINTSFIEEKQQHFKTKRVEKRSNVGPRQLTVWNTSNLSHDN
                                                                   
KIAA12 TPKEDKEVNLEQVHRRMNSLMDEDIAHKQISPASIELSALEMGGLAPTQTLEPTREYQNT
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]