# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk07733.fasta.huge -Q ../query/KIAA1961.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1961, 943 aa vs ./tmplib.25089 library 1986562 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6150+/-0.0051; mu= 12.3260+/- 0.348 mean_var=101.2236+/-24.150, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.127477 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1450 ( 1139 res) fh12401b (1139) 1608 307.1 8e-84 >>KIAA1450 ( 1139 res) fh12401b (1139 aa) initn: 2023 init1: 843 opt: 1608 Z-score: 1596.7 bits: 307.1 E(): 8e-84 Smith-Waterman score: 2643; 50.265% identity (70.265% similar) in 945 aa overlap (11-943:242-1139) 10 20 30 40 KIAA19 NNTVINGLLGNIVHSNPMDMPGRELNEDRDSGIARSASLS :..::.:.:::.: ::::::::::::::: KIAA14 QDSFEYINQDPNLGKLNTNQNSLGPCRTGSNLAHSTPVDMPSRGQNEDRDSGIARSASLS 220 230 240 250 260 270 50 60 70 80 90 100 KIAA19 SLLITPFPSPNSSLTRSCASSYQRRWRRSQTTSLENGVFPRWSIEESFNLSDESCGPNPG ::::::::::.:: . : ::::::: ::::::::::..:: : .:.:.:..:.:. ::. KIAA14 SLLITPFPSPSSSTSSS--SSYQRRWLRSQTTSLENGIIPRRSTDETFSLAEETCSSNPA 280 290 300 310 320 110 120 130 140 150 160 KIAA19 IVRKKKIAIGVIFSLSKDEDENNKFNEFFFSHFPLFESHMNKLKSAIEQAMKMSRRSADA .::.:::::..:::: . :. . .:..::::::::::::::.::::::.:: :. :.. KIAA14 MVRRKKIAISIIFSLCEKEEAQRNFQDFFFSHFPLFESHMNRLKSAIEKAMISCRKIAES 330 340 350 360 370 380 170 180 190 200 210 KIAA19 SQRSLAY-NRIVDALNEFRTTICNLYTMPRIGEPVWLTMMSGTPEKNHLCYRFMKEFTFL : : : .:...::.::: :: :::..:::.::::::::::: :::.:: ::.::::.: KIAA14 SLRVQFYVSRLMEALGEFRGTIWNLYSVPRIAEPVWLTMMSGTLEKNQLCQRFLKEFTLL 390 400 410 420 430 440 220 230 240 250 260 270 KIAA19 MENASKNQFLPALITAVLTNHLAWVPTVMPNGQPPIKIFLEKHSSQSVDMLAKTHPYNPL .:. .::::. ::.::::: :::::::::: .:::: : ::..::::.::::::::::: KIAA14 IEQINKNQFFAALLTAVLTYHLAWVPTVMPVDHPPIKAFSEKRTSQSVNMLAKTHPYNPL 450 460 470 480 490 500 280 290 300 310 320 330 KIAA19 WAQLGDLYGAIGSPVRLARTVVVGKRQDMVQRLLYFLTYFIRCSELQETHLL---ENGED :::::::::::::::::.:::::::..:.:::.:: ::::.:::::::..: ..:: KIAA14 WAQLGDLYGAIGSPVRLTRTVVVGKQKDLVQRILYVLTYFLRCSELQENQLTWSGNHGEG 510 520 530 540 550 560 340 350 360 370 380 390 KIAA19 EAIVMPGTVITTTLEKGEIEESEYVLVTMHRNKSSLLFKESEEIRTPNCNCKYCSHPL-L . :. :. : :.:::::.::::::..:. ::. .:. : :. .. : . KIAA14 DQ-VLNGSKIITALEKGEVEESEYVVITV-RNEPALV----PPILPPTAAERHNPWPTGF 570 580 590 600 610 620 400 410 420 430 440 450 KIAA19 GQNVENISQQE---REDIQNSSKELLGISDECRMISPSDCQEENAVDVKQYRDKLRTCFD . :. .... . : . . . : :. : . : : :.. .. . : : KIAA14 PECPEGTDSRDLGLKPDKEANRRPEQG-SEACS----AGCLGP-ASDAS-WKPQNAFCGD 630 640 650 660 670 460 470 480 490 500 510 KIAA19 AKLETVVCTGSVPVDKCALSESGLESTEETWQSEKLLDSDSHTGKAMRSTGMVVEKKPPD : . . :: . .: . .:.. ... .:: . : :: : :: KIAA14 EKNKEAPQDGSSRLPSCEVLGAGMKMDQQA--VCELLKVEMPTRLPDRS----VAWPCPD 680 690 700 710 720 730 520 530 540 550 560 570 KIAA19 KIVPASFSCEAAQTKVTFLIGDSMSPDSDTELRSQAVVDQITRHHTKPLKEERGAIDQHQ . . . : : :::: ::. ::.:: : : . . ... . : : : : : KIAA14 RHLREKPSLE----KVTFQIGSFASPESDFESRMKKMEERV--KACGPSLEASEAADVAQ 740 750 760 770 780 580 590 600 610 620 630 KIAA19 ETKQTTKDQSGESDTQNMVSEEPCELPC-WNHSDPESMSLFDEYFNDDSIETRTID-DVP . : ..: . .:. : : :. . . . :. : .: . :. KIAA14 DP------QVSRSPFKPGFQENVC---CPQNRLSEGDEGESDKGFAEDRGSRNDMAADIA 790 800 810 820 830 640 650 660 670 680 KIAA19 FKTSTDSKDHCCMLEFSKILCTKNNKQNNEFCKCIE-TVPQDSCKTCFPQQDQRDTLSIL . : . . . . . . : : : . : :. . . KIAA14 GQLSHAADLGTASHGAGGTGGRRLEATRGLYVKAAEGPVLEPVAPRCV-QRGPGLVAGAN 840 850 860 870 880 890 690 700 710 720 730 740 KIAA19 VPHGDKESSDKKIAVGTEWDIPRNESSDSALGDSESEDTGHDMTRQVSSYYGGEQEDWAE .: :: ..:: :: :::::::::::::::..: . : .. .::.. . KIAA14 IPCGD---DNKKANFRTEGDIPRNESSDSALGDSDDEACASAM---LDLGHGGDRTGGSL 900 910 920 930 940 750 760 770 780 790 800 KIAA19 EDEIPFPGSKLIEVSAVQPNIANFGRSLLGGYCSSYVPDFVLQGIGSDERFRQCLMSDLS : :.:.: :. : .. :. :::::::.::: .:.::.::.: ::::...:::..:: KIAA14 EVELPLPRSQSISTQ----NVRNFGRSLLAGYCPTYMPDLVLHGTGSDEKLKQCLVADLV 950 960 970 980 990 1000 810 820 830 840 850 860 KIAA19 HAVQHPVLDEPIAEAVCIIADMDKWTVQVASSQRRVTDN-KLGKEVLVSSLVSNLLHSTL :.:.::::::::::::::::: :::.::::.:::.:::: :::..::::: ::.::.: : KIAA14 HTVHHPVLDEPIAEAVCIIADTDKWSVQVATSQRKVTDNMKLGQDVLVSSQVSSLLQSIL 1010 1020 1030 1040 1050 1060 870 880 890 900 910 920 KIAA19 QLYKHNLSPNFCVMHLEDRLQELYFKSKMLSEYLRGQMRVHVKELGVVLGIESSDLPLLA :::: .: .::.:::::::::.:.:::::::::::. :::::::::::::::.:::::. KIAA14 QLYKLHLPADFCIMHLEDRLQEMYLKSKMLSEYLRGHTRVHVKELGVVLGIESNDLPLLT 1070 1080 1090 1100 1110 1120 930 940 KIAA19 AVASTHSPYVAQILL :.::::::::::::: KIAA14 AIASTHSPYVAQILL 1130 943 residues in 1 query sequences 1986562 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:40 2008 done: Thu Dec 18 15:23:40 2008 Total Scan time: 0.640 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]