# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk07007.fasta.huge -Q ../query/KIAA1955.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1955, 947 aa vs ./tmplib.25089 library 1986558 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.1597+/-0.00503; mu= 21.1086+/- 0.343 mean_var=87.6864+/-20.184, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.136965 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1008 ( 935 res) hh04776s1 ( 935) 964 201.3 4.6e-52 KIAA1769 ( 2114 res) af00171 (2114) 433 96.9 2.8e-20 >>KIAA1008 ( 935 res) hh04776s1 (935 aa) initn: 1195 init1: 378 opt: 964 Z-score: 1026.5 bits: 201.3 E(): 4.6e-52 Smith-Waterman score: 1710; 36.824% identity (64.302% similar) in 888 aa overlap (19-884:109-921) 10 20 30 40 KIAA19 HADSLSSCAASKRQEQCCYLPRERGESMEKWQTRSIYNAAVWYYHHCQ :. .:.::. . . :.: :: :: .: . 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KIAA10 HFTSPIRRYADVIVHRLLAVAIGADCTYP---ELTDKHKLADICKNLNFRHKMAQYAQRA 760 770 780 790 800 750 760 770 780 790 800 KIAA19 STELFQCMYFKDKDPATEERCISDGVIYSIRTNGVLLFIPRFGIKGAAYLKNKDGLVISC :. . ..::.: ..:: . : .: :.....::..:..:......:: KIAA10 SVAFHTQLFFKSKGIVSEE-----AYILFVRKNAIVVLIPKYGLEGTVFFEEKD------ 810 820 830 840 850 810 820 830 840 850 860 KIAA19 GPDSCSEWKPGSLQRFQNKITSTTTDGESVTFHLFDHVTVRISIQASRCHSDTIRLEIIS ::. ....: : :...::.::.: :.: ...: . . ::. .. KIAA10 --------KPNPQLIYDDEIPSLKI--EDTVFHVFDKVKVKIMLDSSNLQHQKIRMSLV- 860 870 880 890 900 870 880 890 900 910 920 KIAA19 NKPYKIPNTELIHQSSPLLKSELVKEVTKSVEEAQLAQEVKVNIIQEEYQEYRQTKGRSL .: .::. . ..: . 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KIAA17 QRVGLERLTAEARHSRLFWVQIVLWRQGFYYPLGIVREVLPEASTWEQGLRILGLEYSLR 720 730 740 750 760 770 330 340 350 360 370 380 KIAA19 VIPFSEAQMCEMPVNTPESPWKVSPEEEQKRKDLRKSHLVFSIDPKGCEDVDDTLSVRTL : : ..: . .. . .:. .:.: : . :.:..::.: ..::.:::: : KIAA17 VPPSDQATITKVLQKYHTELGRVAG----RREDCR-AFLTFTVDPQGACNLDDALSVRDL 780 790 800 810 820 390 400 410 420 430 440 KIAA19 NNGNLELGVHIADVTHFVAPNSYIDIEARTRATTYYLADRR-YDMLPSVLSADLCSLLGG . :..:::.::. :: .. .:.::: .....: :. :::. : :. ::: : KIAA17 GP-RCEVAVHITDVASFVPRDGVLDVEARRQGAAFYAPGREPVPMLPASLCQDVLSLLPG 830 840 850 860 870 880 450 460 470 480 490 500 KIAA19 VDRYAVSIMWELDKASYEIKKVWYGRTIIRSAYKLFYEAAQELLDGNLSVVDDIPEFKDL :: :.:.. ..::: ..:.. .. ....: .: :: :.:.. . .. ..: KIAA17 RDRLAISLFLTMEKASGQLKSLRFAPSVVQSDRQLSYEEAEEVIRQHPGAGRELP----- 890 900 910 920 930 940 510 520 530 540 550 560 KIAA19 DEKSRQAKLEELVWAIGKLTDIARHVRAKRDGCGALELEGVEVCVQLDDKKNIHDLIPKQ .: ... : : .. . :. : . : : : . . . . : .. . KIAA17 ---ARLDSVDACVVAACYFSRLLRRHRLRSD-C-FYEQPDEDGTLGF---RAAHIMVKEY 950 960 970 980 990 570 580 590 600 KIAA19 PLEVHETVAECMILAN--HWVAKKIWESFPH----QALLRQH----P------------- .. .. ::: .. .. . :. :. :. .:: ..: : KIAA17 MIQFNRLVAEFLVGSECTRTVTPLRWQPAPRSQQLKALCEKHGDRVPLSLHLGHHLHGGG 1000 1010 1020 1030 1040 1050 610 620 630 640 650 660 KIAA19 --PPHQEFFSELRECAKAKGFFIDTRSNKTLADSLDNANDPHDPIVNRLLRSMATQAMSN :: .. : : : :.. . ..: : ...: : :.. :.. .:. 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