# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh11215.fasta.huge -Q ../query/KIAA1944.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1944, 657 aa vs ./tmplib.25089 library 1986848 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8223+/-0.00549; mu= 11.4862+/- 0.374 mean_var=107.2826+/-24.726, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.123825 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1906 ( 593 res) ah00281 ( 593) 1421 264.6 1.8e-71 >>KIAA1906 ( 593 res) ah00281 (593 aa) initn: 1560 init1: 905 opt: 1421 Z-score: 1374.9 bits: 264.6 E(): 1.8e-71 Smith-Waterman score: 2072; 52.545% identity (80.460% similar) in 609 aa overlap (51-657:1-593) 30 40 50 60 70 80 KIAA19 MQRDESSPFPPLFSLTSSQVSDRCDYVFVNGKEMKGKVNVVVNFTYQHLSSPLEMTVWVP :::::.::...::::.::..: .:.:::.: KIAA19 GKEMKSKVDTIVNFTHQHFTSQFEVTVWAP 10 20 30 90 100 110 120 130 140 KIAA19 RLPLQIEVSDTELNQIKGWRVPIVSSRRPAGDSEEEEDDERRGRGCTLQYQHAMVRVLTQ :::::::.:::::.::::::.:....:::. .:..:.:.:..::::.:::::: :::::: KIAA19 RLPLQIEISDTELSQIKGWRIPVAANRRPTRESDDEDDEEKKGRGCSLQYQHATVRVLTQ 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 KIAA19 FVAEAAGPG-GHLAHLLGSDWQVDITELINDFMQVEEPRIAKLQGGQILMGQELGMTTIQ ::::. : :.:...:: ::: :::.:...::.::::.::.:: :. : :.: :.::.: KIAA19 FVAES--PDLGQLTYMLGPDWQFDITDLVTEFMKVEEPKIAQLQDGRTLAGREPGITTVQ 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 KIAA19 ILSPLSDTILAEKTITVLDEKVTITDLGVQLVTGLSLSLQLSPGSNRAIFATAVAQELLQ .::::::.::::::. :::..:::..::::::.:.::::: ...::: .::.: ..:: KIAA19 VLSPLSDSILAEKTVIVLDDRVTIAELGVQLVAGMSLSLQPHRADKRAIVSTAAALDVLQ 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 KIAA19 RPKQEAAISCWVQFSDGSVTPLDIYDGKDFSLMATSLDEKVVSIHQDPKFKWPIIAAETE :.::: .: :. ::::::::::::: ::.:. ..:::: :::.. . . ::::..:: : KIAA19 SPQQEAIVSSWILFSDGSVTPLDIYDPKDYSVTVSSLDEMVVSVQANLESKWPIVVAEGE 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 KIAA19 GQGTLVKVEMVISESCQKSKRKSVLAVGTANIKVKFGQNDANPNTSDSRHTGAGVHMENN ::: :.:.::.::: :::.::::::::: .:.:::: .. . . ... : . ..... KIAA19 GQGPLIKLEMMISEPCQKTKRKSVLAVGKGNVKVKFEPSSDEHQGGSNDIEGINREYKDH 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 430 KIAA19 VSDRRPKKPSQEWGSQEGQYYGSSSMGLMEGRG-TTTDRSILQKKKGQESLLDDNSHLQT .:. .. .:: . :: .. .. .: :. . .:: .: .. :...:: ... KIAA19 LSNSIEREGNQERAVQE-WFHRGTPVGQEESTNKSTTPQSPME---GKNKLLKSGG---- 330 340 350 360 370 380 440 450 460 470 480 490 KIAA19 IPSDLTSFPAQVDLPRSNGEMDGNDLMQASKGLSDLEIGMYALLGVFCLAILVFLINCVT :. .::::.: : : . .:: .:.::.:::::::::: ::::::::::::::. KIAA19 -PDAFTSFPTQGKSPDPN---NPSDLTVTSRGLTDLEIGMYALLCVFCLAILVFLINCVA 390 400 410 420 430 500 510 520 530 540 550 KIAA19 FALKYRHKQVPFEEQEGMSHSHDWVGLSNRTELLENHINFASSQDEQITAIDRGMDFEES :: :::::. :: .. :::::: :.:..::::: .... ..: : ::::..::: KIAA19 FAWKYRHKRFAVSEQGNIPHSHDWVWLGNEVELLENPVDITLPSEECTTMIDRGLQFEER 440 450 460 470 480 490 560 570 580 590 600 610 KIAA19 KYLLSTNSQKSINGQLFKPLGPIIIDGKDQKSEPPTSPTSKRKRVKFTTFTAVSSDDEYP ..::. .:::....::..: . :. :.:: .: ::::::::..:.. .: : KIAA19 NFLLNGSSQKTFHSQLLRPSD--YVYEKEIKNEPMNSSGPKRKRVKFTSYTTILPEDGGP 500 510 520 530 540 550 620 630 640 650 KIAA19 TRNSIVMSSEDDIKWVCQDLDPGDCKELHNYMERLHENV :::...:.:.:::::::. :: .....::: :.... KIAA19 YTNSILFDSDDNIKWVCQDMGLGDSQDFRDYMESLQDQM 560 570 580 590 657 residues in 1 query sequences 1986848 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:03 2008 done: Thu Dec 18 15:23:03 2008 Total Scan time: 0.520 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]