# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ah04470.fasta.huge -Q ../query/KIAA1941.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1941, 1233 aa vs ./tmplib.25089 library 1986272 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6896+/-0.00578; mu= 8.0264+/- 0.393 mean_var=126.7249+/-29.467, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 4 in 1/39 Lambda= 0.113931 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0397 ( 1016 res) fj00010 (1016) 1326 230.1 1.4e-60 KIAA0608 ( 775 res) hh00889b ( 775) 200 44.9 5.8e-05 KIAA1055 ( 868 res) hh09512 ( 868) 192 43.7 0.00016 KIAA1322 ( 702 res) fh13826 ( 702) 177 41.1 0.00074 >>KIAA0397 ( 1016 res) fj00010 (1016 aa) initn: 3182 init1: 1298 opt: 1326 Z-score: 1179.6 bits: 230.1 E(): 1.4e-60 Smith-Waterman score: 3468; 50.549% identity (67.426% similar) in 1185 aa overlap (64-1233:29-1016) 40 50 60 70 80 90 KIAA19 CGEQCSPFGAPIPRSPWSPWTSSPPVTFAFQVKQIMEEAVTRKFVHEDSSHIISFCAAVE .::::::::::::::::::::::..:.::: KIAA03 GPLGAASCHTMGSAEDAVKEKLLWNVKKEVKQIMEEAVTRKFVHEDSSHIIALCGAVE 10 20 30 40 50 100 110 120 130 140 150 KIAA19 ACVLHGLRRRAAGFLRSNKIAALFMKVGKNFPPAEDLSRKVQDLEQLIESARNQIQGLQE ::.:: :::::::::::.:.:::: ::::. : : .. .:::.:.: :. :. :: KIAA03 ACLLHQLRRRAAGFLRSDKMAALFTKVGKTCPVAGEICHKVQELQQQAEG-RKPSGVSQE 60 70 80 90 100 110 160 170 180 190 200 KIAA19 NVRKLP----KLPNLSPLAIKHLWIRTALFEKVLDKIVHYLVENSSKYYEKEALLMDPVD .:. : : ::: :.::.:.::::.::::::.:.::.:: :::::::::: ::: KIAA03 ALRRQGSASGKAPALSPQALKHVWVRTALIEKVLDKVVQYLAENCSKYYEKEALLADPVF 120 130 140 150 160 170 210 220 230 240 250 260 KIAA19 GPILASLLVGPCALEYTKMKTADHFWTDPSADELVQRHRIHSSHVRQDSPTKRPALCIQK ::::::::::::::::::.:::::.:::::::::::::::.. .:::::.::::: :.: KIAA03 GPILASLLVGPCALEYTKLKTADHYWTDPSADELVQRHRIRGPPTRQDSPAKRPALGIRK 180 190 200 210 220 230 270 280 290 300 310 320 KIAA19 RHSSGSMDDRPSLSARDYVESLHQNSRATLLYGKNNVLVQPRDDMEAVPGYLSLHQTADV :::::: KIAA03 RHSSGSA----------------------------------------------------- 240 330 340 350 360 370 380 KIAA19 MTLKSALFEKVLDKIVHYLVENSSKYYEKEALLMDPVDGPILASLLVGPCALEYTKMKTA KIAA03 ------------------------------------------------------------ 390 400 410 420 430 440 KIAA19 DHFWTDPSADELVQRHRIHSSHVRQDSPTKRPALCIQKRHSSGSMDDRPSLSARDYVESL : :.: : : ::. :::: KIAA03 -------SEDRL--------------------AAC-----------------ARECVESL 250 260 450 460 470 480 490 500 KIAA19 HQNSRATLLYGKNNVLVQPRDDMEAVPGYLSLHQTADVMTLKWTPNQLMNGSVGDLDYEK :::::. ::::::.:::::..:::::::::::::.:. .::::::::::::..:: . :: KIAA03 HQNSRTRLLYGKNHVLVQPKEDMEAVPGYLSLHQSAESLTLKWTPNQLMNGTLGDSELEK 270 280 290 300 310 320 510 520 530 540 550 560 KIAA19 SVYWDYAMTIRLEEIVYLHCHQQVDSGGTVVLVSQDGIQRPPFRFPKGGHLLQFLSCLEN :::::::... . ..: .::::: ::::.::::::::::::..::.:::::.::::::: KIAA03 SVYWDYALVVPFSQVVCIHCHQQ-KSGGTLVLVSQDGIQRPPLHFPQGGHLLSFLSCLEN 330 340 350 360 370 570 580 590 600 610 620 KIAA19 GLLPHGQLDPPLWSQRGKGKVFPKLRKRSPQGSAESTSSDKDDDEATDYVFRIIYPGMQS ::::.:::.::::.:.::::::::::::: :.. . .:::::::::::: . 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KIAA06 YRPDVGYVQGM-SFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHS-MMLKYFATF 590 600 610 620 630 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA19 RSLIQILDSELFELMHQNGDYTHFYFCYRWFLLDFKRELVYDDVFLVWETIWAAKHVSSA . ... :.:: : .. . : . :.. ... : : . ::... .. KIAA06 EVFFEENLSKLF-LHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVF----CRDGE 640 650 660 670 680 690 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA19 HYVLFIALALVEVYRDIILENNMDFTDIIKFFNEMAERHNTKQVLKLARDLVYKVQTLIE .... .:.....:.::.:. ::: : .:.... : ...... KIAA06 EFLFRTGLGILRLYEDILLQ--MDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKW 700 710 720 730 740 750 KIAA19 NK KIAA06 TQVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS 760 770 >>KIAA1055 ( 868 res) hh09512 (868 aa) initn: 134 init1: 93 opt: 192 Z-score: 173.2 bits: 43.7 E(): 0.00016 Smith-Waterman score: 192; 25.131% identity (60.209% similar) in 191 aa overlap (1023-1203:663-845) 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA19 TTSANEVSPVSSSGVTYSPELLDLYTVNLHRIEKDVQRC---DRNYWYFTPANLEKLRNI .:: :. : ...: : ...::::. 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