# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00912s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1938.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1938, 1376 aa vs ./tmplib.25089 library 1986129 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4124+/-0.0108; mu= -4.8902+/- 0.734 mean_var=424.3458+/-99.012, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.062261 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1743 ( 1036 res) pj01380s1 (1036) 1727 170.3 1.5e-42 >>KIAA1743 ( 1036 res) pj01380s1 (1036 aa) initn: 2969 init1: 1706 opt: 1727 Z-score: 855.6 bits: 170.3 E(): 1.5e-42 Smith-Waterman score: 3378; 49.739% identity (72.087% similar) in 1150 aa overlap (207-1345:1-1027) 180 190 200 210 220 230 KIAA19 TKSQPKLDRTSSFRQILPRFRSADHDRARLMQSFKESHSHESLLSPSSAAEALELNLDED : .:::.:::::::::::.:::.:...:. 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