# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj11193.fasta.huge -Q ../query/KIAA1930.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1930, 664 aa vs ./tmplib.25089 library 1986841 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.1118+/-0.00891; mu= -23.6566+/- 0.596 mean_var=613.8675+/-147.262, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.051765 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0386 ( 1085 res) hj00015 (1085) 537 55.3 3.3e-08 >>KIAA0386 ( 1085 res) hj00015 (1085 aa) initn: 769 init1: 249 opt: 537 Z-score: 239.3 bits: 55.3 E(): 3.3e-08 Smith-Waterman score: 767; 28.807% identity (57.613% similar) in 729 aa overlap (13-664:373-1085) 10 20 30 KIAA19 CHYHYPQCSKPPHSHYYRLHPKPI----ISTLTTTGPTLNII :: . :::.: .:.:.. :. KIAA03 SSGAGNKAAALQRRMSMYSQGTPETPTFKDHSFFRWLHPSPDKPRRLSVLSALQDTFFAK 350 360 370 380 390 400 40 50 60 70 80 90 KIAA19 GPVQTTTSPTHTM-PSPTHTTASPTHTSTSPTHTPTSPTHKTSMSPPTTTSPTPSGMGLV . . : .. ::: . .. . .. . .: .: . : :.: KIAA03 LHRSRSFSDLPSLRPSPKAVLELYSNLPDDIFENGKAAEEKMPLS--LSFSDLPNG---- 410 420 430 440 450 100 110 120 130 140 150 KIAA19 QTATSPTHPTTSPTHPTTSPILINVSPSTSLELATLSSPSKHSDPTLPGT--DSLPCSPP . : . .: : ::.. .:.: :...:. ..:..:.: .. : : .. .:: . KIAA03 DCALT-SHSTGSPSN-STNP-EITITPAE-FNLSSLASQNEGMDDTSSASSRNSLGEGQE 460 470 480 490 500 510 160 170 180 190 200 KIAA19 VSNSYTQADPMAPRTPHPSPAHSSRKPLTSPAP-------DPSESTVQS------LSPTP .. . :: :: : .:... :. .. . : .:. .: :.:. KIAA03 PKSHLKEEDPEEPRKPASAPSEACRRQSSGAGAEHLFLENDVAEALLQESEEASELKPVE 520 530 540 550 560 570 210 220 230 240 KIAA19 SPPTPAPQHSDLCLAM-AVQTPVPT-------AAGGSG-------DRSLEEALGALMAAL . . ..: . ....:. : ..:: . : :::.:...:. :: KIAA03 LDTSEGNITKQLVKRLTSAEVPMATDRLLSEGSVGGESEGCRSFLDGSLEDAFNGLLLAL 580 590 600 610 620 630 250 260 270 280 290 300 KIAA19 DDYRGQFPELQGLEQEVTRLESLLM-RQGLTRSRASSLSITVEHALESFSFLNE---DED . .. :. :.: :.::: :...: . ...:::.::::.::: :::::.::: ::. KIAA03 EPHKEQYKEFQDLNQEVMNLDDILKCKPAVSRSRSSSLSLTVESALESFDFLNTSDFDEE 640 650 660 670 680 690 310 320 330 KIAA19 EDND----VPG--DRPPSS------------PEA-G------AEDS-IDSP---SARPLS ::.: : : : :. ::: : .::. . . : ::. KIAA03 EDGDEVCNVGGGADSVFSDTETEKHSYRSVHPEARGHLSEALTEDTGVGTSVAGSPLPLT 700 710 720 730 740 750 340 350 360 370 380 390 KIAA19 TGCPALDAALVRHLYHCSRLLLKL--GTFGPLRCQEAWALERLLREARVLEAVCEFSRRW :: .:: ..:::: .:..:. .. .. :. . ::.: :. .:.: . : . KIAA03 TGNESLDITIVRHLQYCTQLVQQIVFSSKTPFVARS--LLEKLSRQIQVMEKLAAVSDEN 760 770 780 790 800 810 400 410 420 430 440 450 KIAA19 EIPASSAQEVVQFSASRPGFLTFWDQCTERLSCFLCPVERVLLTFCNQYGARLSLRQPGL ::. :.. .. ..:.:: .: .. . :..::. . ... .. . ::: KIAA03 IGNISSVVEAIPEFHKKLSLLSFWTKCCSPVGVYHSPADRVMKQLEASFARTVNKEYPGL 820 830 840 850 860 870 460 470 480 490 500 510 KIAA19 AEAVCVKFLEDALGQKLPRRPQPGPGEQLTVFQFWSFVETLDSPTMEAYVTETAEEVLLV :. : .. . : : : . .: .::::..:. . .:.:... :..: .: KIAA03 ADPVFRTLVSQILDQAEPLLSSSLSSEVVTVFQYYSYFTSHGVSDLESYLSQLARQVSMV 880 890 900 910 920 930 520 530 540 550 560 570 KIAA19 RNLNSDDQAVVLKALR-LAPEGRL-RRDGLRALSSLLVHGNNKVMAAVSTQLRSLSLGPT ..:.: . .:... ::: . : ... ::.:. ::.. .:.: ::. : . : . KIAA03 QTLQSLRDEKLLQTMSDLAPSNLLAQQEVLRTLALLLTREDNEVSEAVTLYLAAASKNQH 940 950 960 970 980 990 580 590 600 610 620 630 KIAA19 FRERALLCFLDQLEDEDVQTRVAGCLALGCIKAPEGIEPLVYLCQTDTEAVREAARQSLQ :::.::: . . : ..: . :.:::: ..: :.:. :: :::.::: .:..: ..: KIAA03 FREKALLYYCEALTKTNLQLQKAACLALKILEATESIKMLVTLCQSDTEEIRNVASETLL 1000 1010 1020 1030 1040 1050 640 650 660 KIAA19 QCGEEGQSAHRRLEESLDALPR----IFG-PGSMASTAF . ::.:. :. :.:: .:: . : :. ..::: KIAA03 SLGEDGRLAY----EQLDKFPRDCVKVGGRHGTEVATAF 1060 1070 1080 664 residues in 1 query sequences 1986841 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:22:31 2008 done: Thu Dec 18 15:22:31 2008 Total Scan time: 0.540 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]