# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ae00146.fasta.nr -Q ../query/KIAA1920.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1920, 445 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7826858 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0770+/-0.000182; mu= 11.5306+/- 0.010 mean_var=70.9484+/-14.213, 0's: 23 Z-trim: 25 B-trim: 3019 in 1/66 Lambda= 0.152266 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119619645|gb|EAW99239.1| chondroitin sulfate pr (2322) 2474 553.1 2.5e-154 gi|74710277|sp|Q6UVK1.1|CSPG4_HUMAN RecName: Full= (2322) 2474 553.1 2.5e-154 gi|1617314|emb|CAA65529.1| melanoma-associated cho (2322) 2472 552.7 3.5e-154 gi|114658239|ref|XP_001144835.1| PREDICTED: melano (2322) 2469 552.0 5.5e-154 gi|109082033|ref|XP_001106160.1| PREDICTED: simila ( 432) 2354 526.2 6e-147 gi|194206442|ref|XP_001493494.2| PREDICTED: chondr (2321) 2315 518.2 8.3e-144 gi|194039704|ref|XP_001927173.1| PREDICTED: chondr (2290) 2266 507.4 1.4e-140 gi|119913814|ref|XP_613126.3| PREDICTED: similar t (2319) 2247 503.2 2.6e-139 gi|17225630|gb|AAL37505.1|AF352400_1 AN2/NG2 prote (2327) 2197 492.3 5.3e-136 gi|78099967|sp|Q8VHY0.2|CSPG4_MOUSE RecName: Full= (2327) 2197 492.3 5.3e-136 gi|148693929|gb|EDL25876.1| chondroitin sulfate pr (2327) 2197 492.3 5.3e-136 gi|560570|gb|AAB31872.1| chondroitin sulfate prote (1612) 2192 491.0 8.5e-136 gi|8469184|sp|Q00657.2|CSPG4_RAT RecName: Full=Cho (2326) 2192 491.2 1.1e-135 gi|149041748|gb|EDL95589.1| chondroitin sulfate pr (1503) 2186 489.7 2e-135 gi|74001019|ref|XP_544783.2| PREDICTED: similar to (2734) 2162 484.6 1.2e-133 gi|118095577|ref|XP_423277.2| PREDICTED: similar t (2239) 1427 323.1 4.3e-85 gi|126316681|ref|XP_001380946.1| PREDICTED: hypoth (1721) 722 168.1 1.5e-38 gi|73954230|ref|XP_546320.2| PREDICTED: similar to (2432) 673 157.5 3.3e-35 gi|194676509|ref|XP_608817.4| PREDICTED: similar t (2520) 651 152.7 9.7e-34 gi|148725338|emb|CAN87781.1| novel protein similar (2369) 650 152.4 1.1e-33 gi|125817010|ref|XP_696176.2| PREDICTED: novel pro (2389) 650 152.4 1.1e-33 gi|47226581|emb|CAG08597.1| unnamed protein produc (1648) 642 150.6 2.7e-33 gi|149059364|gb|EDM10371.1| similar to BC067074 pr (1345) 627 147.2 2.3e-32 gi|189537237|ref|XP_001923457.1| PREDICTED: chondr (2015) 509 121.4 2e-24 gi|72016397|ref|XP_787050.1| PREDICTED: similar to (2348) 506 120.8 3.6e-24 gi|47225922|emb|CAF98402.1| unnamed protein produc (2067) 493 117.9 2.3e-23 gi|66500770|ref|XP_396231.2| PREDICTED: similar to (2180) 475 114.0 3.8e-22 gi|189524119|ref|XP_685748.3| PREDICTED: similar t (1745) 471 113.0 5.8e-22 gi|157014839|gb|EAA12258.4| AGAP008400-PA [Anophel (2322) 445 107.4 3.8e-20 gi|167874178|gb|EDS37561.1| conserved hypothetical (2337) 431 104.3 3.2e-19 gi|108882817|gb|EAT47042.1| conserved hypothetical (2345) 419 101.7 2e-18 gi|47216960|emb|CAG04902.1| unnamed protein produc (1223) 398 96.9 3e-17 gi|156553472|ref|XP_001599803.1| PREDICTED: simila (2387) 399 97.3 4.3e-17 gi|91076120|ref|XP_969680.1| PREDICTED: similar to (2315) 396 96.6 6.6e-17 gi|47197541|emb|CAF88106.1| unnamed protein produc ( 283) 349 85.6 1.7e-14 gi|212509455|gb|EEB12838.1| Chondroitin sulfate pr (2347) 357 88.1 2.5e-14 gi|215508059|gb|EEC17513.1| hypothetical protein I ( 570) 343 84.5 7.1e-14 gi|190615312|gb|EDV30836.1| GF14840 [Drosophila an (2343) 350 86.5 7.3e-14 gi|194176677|gb|EDW90288.1| GE12728 [Drosophila ya (2355) 337 83.7 5.3e-13 gi|190657566|gb|EDV54779.1| GG21705 [Drosophila er (3006) 337 83.7 6.4e-13 gi|194191803|gb|EDX05379.1| GD21830 [Drosophila si (2174) 335 83.2 6.8e-13 gi|198432769|ref|XP_002120318.1| PREDICTED: simila (2518) 335 83.3 7.6e-13 gi|194134113|gb|EDW55629.1| GM17085 [Drosophila se (2355) 333 82.8 9.8e-13 gi|126566032|gb|ABO20847.1| Kon-tiki [Drosophila m (2381) 327 81.5 2.5e-12 gi|22946753|gb|AAF53672.2| kon-tiki [Drosophila me (2355) 326 81.3 2.8e-12 gi|198138283|gb|EAL33645.2| GA10211 [Drosophila ps (2402) 326 81.3 2.9e-12 gi|194106770|gb|EDW28813.1| GL18745 [Drosophila pe (2404) 326 81.3 2.9e-12 gi|193912682|gb|EDW11549.1| GI17201 [Drosophila mo (2366) 305 76.6 7e-11 gi|193906253|gb|EDW05120.1| GH23866 [Drosophila gr (1361) 301 75.6 8.4e-11 gi|158595061|gb|EDP33636.1| hypothetical protein B (1979) 301 75.7 1.1e-10 >>gi|119619645|gb|EAW99239.1| chondroitin sulfate proteo (2322 aa) initn: 2347 init1: 2347 opt: 2474 Z-score: 2926.8 bits: 553.1 E(): 2.5e-154 Smith-Waterman score: 2474; 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85.650% identity (92.601% similar) in 446 aa overlap (1-445:492-937) 10 20 30 KIAA19 KMFTLLDVVNCKARFIHDGPEDTSDQLVLE :::::::::: :::::::: :::::::::: gi|114 ELRKSQVLFSVTRGARHGELELDIPGAQARKMFTLLDVVNRKARFIHDGSEDTSDQLVLE 470 480 490 500 510 520 40 50 60 70 80 90 KIAA19 VSVMAWLPMPSCLRRGQTDLLPIQVNPVNDPPHIIFPHGSLMVILEHTQKPLGPEVLQAY ::: : . :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: gi|114 VSVTARVSMPSCLRRGQTYLLPIQVNPVNDPPHIIFPHGSLMVILEHTQKPLGPEVFQAY 530 540 550 560 570 580 100 110 120 130 140 150 KIAA19 DLDSACEGLAFQLLGTPSGLPVDHRDQPGEPVTEFSCWELEAGSLVYVHCGGPTQDLTFR : :::::::.::.::: :::::..:::::::.::::: ::::::::::: :::.:::::: gi|114 DPDSACEGLTFQVLGTSSGLPVERRDQPGEPATEFSCRELEAGSLVYVHRGGPAQDLTFR 590 600 610 620 630 640 160 170 180 190 200 210 KIAA19 VSNGLQASPPAMLKVVAVQLAIQIHRSTGLHLAQGSAMPILPTNLLVETSAVGQDVTVLF ::.:::::::: :::::.. ::::::::::.:::::::::::.:: :::.::::::.::: gi|114 VSDGLQASPPATLKVVAIRPAIQIHRSTGLRLAQGSAMPILPANLSVETNAVGQDVSVLF 650 660 670 680 690 700 220 230 240 250 260 270 KIAA19 HVTGGLPFRELQKQGAGGVEDAEWWVTQAFHQQDVEQGHVRYRSTDPQHYTEDTVENLDL .:::.: : ::::::::::: ::::.::::::.:::::.::: ::::::.. :::::: : gi|114 RVTGALQFGELQKQGAGGVEGAEWWATQAFHQRDVEQGRVRYLSTDPQHHAYDTVENLAL 710 720 730 740 750 760 280 290 300 310 320 330 KIAA19 QVQVSWEILSNLSFLVTIQRATVWMLQLEPLHTQNTQQEALTTAHLEATLEEAGPSPPTF .:::. :::::::: :::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 EVQVGQEILSNLSFPVTIQRATVWMLRLEPLHTQNTQQEALTTAHLEATLEEAGPSPPTF 770 780 790 800 810 820 340 350 360 370 380 390 KIAA19 HCEVVQAPRKGNFQLQGTMLSDGQGFTQDDVQAAEVTYGAMARASVAVEDTFCFHVTAPP : ::::::::::.::::: :::::::::::.::..::::: :::: :::::: :.::::: gi|114 HYEVVQAPRKGNLQLQGTRLSDGQGFTQDDIQAGRVTYGATARASEAVEDTFHFRVTAPP 830 840 850 860 870 880 400 410 420 430 440 KIAA19 YFSPLCTFSIHIGGDPDMPVLTNVL-VVPEGGGCVLSADQLFVKSLNSARYLYEVM ::::: :: :::::::: ::::::: :::::: :::::.::::::::: :::::: gi|114 YFSPLYTFPIHIGGDPDAPVLTNVLLVVPEGGEGVLSADHLFVKSLNSASYLYEVMERPR 890 900 910 920 930 940 gi|114 HGRLAWRGTQDKTTVVTSFTNEDLLRGRLVYQHDDSETTEDDIPFVATRQGESSGDMAWE 950 960 970 980 990 1000 >>gi|109082033|ref|XP_001106160.1| PREDICTED: similar to (432 aa) initn: 2377 init1: 1289 opt: 2354 Z-score: 2794.4 bits: 526.2 E(): 6e-147 Smith-Waterman score: 2354; 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