# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01117.fasta.huge -Q ../query/KIAA1916.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1916, 542 aa vs ./tmplib.25089 library 1986963 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.2685+/-0.00474; mu= 15.9177+/- 0.323 mean_var=73.8368+/-17.872, 0's: 0 Z-trim: 25 B-trim: 135 in 1/39 Lambda= 0.149258 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559) 352 86.1 2e-17 KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618) 295 73.9 1e-13 KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073) 292 73.0 1.2e-13 KIAA1580 ( 640 res) fj04979 ( 640) 277 69.5 8.4e-13 KIAA1469 ( 662 res) fj01881 ( 662) 274 68.9 1.3e-12 KIAA0405 ( 706 res) hg01274 ( 706) 263 66.6 7.2e-12 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 250 64.1 8.1e-11 KIAA1904 ( 821 res) af00058 ( 821) 241 61.9 2.1e-10 KIAA0416 ( 529 res) hh00236 ( 529) 223 57.8 2.3e-09 KIAA1854 ( 572 res) fg02232 ( 572) 217 56.5 6e-09 KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) ( 966) 217 56.8 8.4e-09 KIAA0644 ( 887 res) hj03618 ( 887) 199 52.9 1.2e-07 KIAA1910 ( 760 res) fh21867 ( 760) 193 51.5 2.6e-07 KIAA1531 ( 1206 res) ph00937 (1206) 194 52.0 3e-07 KIAA1497 ( 730 res) hg01608 ( 730) 189 50.6 4.6e-07 KIAA0848 ( 988 res) hk05607 ( 988) 186 50.1 8.7e-07 KIAA1484 ( 700 res) fj06928 ( 700) 172 47.0 5.7e-06 KIAA1437 ( 811 res) hk07206 ( 811) 166 45.7 1.5e-05 KIAA1163 ( 437 res) hj05329 ( 437) 162 44.6 1.9e-05 KIAA1851 ( 523 res) hg04492 ( 523) 153 42.7 8e-05 KIAA0606 ( 1369 res) ph00195 (1369) 144 41.3 0.00057 KIAA0975 ( 1528 res) hj06890 (1528) 135 39.4 0.0023 KIAA0862 ( 584 res) hk06532 ( 584) 127 37.2 0.0042 KIAA0563 ( 1652 res) fh23589 (1652) 131 38.6 0.0045 >>KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559 aa) initn: 465 init1: 232 opt: 352 Z-score: 404.6 bits: 86.1 E(): 2e-17 Smith-Waterman score: 352; 31.148% identity (61.749% similar) in 183 aa overlap (32-212:760-941) 10 20 30 40 50 KIAA19 RGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICV--GSSWVPRIVPGD ::: :.: . . : : .:: .: : KIAA08 FFLKEIPIQDVAIQDFTCDGNEESSCQLSPRCPEQCTCMETVVRCSNKGLRALPRGMPKD 730 740 750 760 770 780 60 70 80 90 100 110 KIAA19 ISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFIEGNKIE .. : : .. .. . : .: : : :. :..::.... . .:... :: :.. :... KIAA08 VTELYLEGNHLTAVP-RELSALRHLTLIDLSNNSISMLTNYTFSNMSHLSTLILSYNRLR 790 800 810 820 830 840 120 130 140 150 160 170 KIAA19 TISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYLWL : .:: :::.: :.: .: :...:. :.:: :: .: : : ..:::. .:: :. 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KIAA08 CIPPLAFQGLRSLRLLSLHGNDISTLQEGIFADVTSLSHLAIGANPLYCDCHLRWLSSWV 910 920 930 940 950 960 180 190 200 210 220 230 KIAA19 KMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKNDV : . . . : :: ... : : . . .:: KIAA08 KTGYKEPGIARCAGPQDMEGKLLLTTPAKKFECQGPPTLAVQAKCDLCLSSPCQNQGTCH 970 980 990 1000 1010 1020 240 250 260 270 280 290 KIAA19 YVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVVVAQLFGGSHI KIAA08 NDPLEVYRCACPSGYKGRDCEVSLDSCSSGPCENGGTCHAQEGEDAPFTCSCPTGFEGPT 1030 1040 1050 1060 1070 1080 >>KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073 aa) initn: 475 init1: 153 opt: 292 Z-score: 336.6 bits: 73.0 E(): 1.2e-13 Smith-Waterman score: 292; 32.828% identity (59.091% similar) in 198 aa overlap (63-256:348-541) 40 50 60 70 80 90 KIAA19 CPATCSCTKESIICVGSSWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSN :.: .. ..: : .: : .:: : : .: KIAA08 CQRLSELDLSYNQLTRLDESAFVGLSLLERLNLGDNRVTHIADGVFRFLSNLQTLDLRNN 320 330 340 350 360 370 100 110 120 130 140 KIAA19 SFT-IIRD--DAFAGLFHLEYLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDV .. :.: .::::: : :...::.:..:...:: ::..: ::.: :: : .. ... KIAA08 EISWAIEDASEAFAGLTSLTKLILQGNQIKSITKKAFIGLESLEHLDLNNNAIMSIQENA 380 390 400 410 420 430 150 160 170 180 190 200 KIAA19 FSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYLWLKMTNSTVS-DVLCIGPPEYQEKKLNDVTSF ::. : :: : ... :::. ::: :: .: : .: : : ... .: KIAA08 FSQTH-LKELILNTSSLLCDCHLKWLLQWLVDNNFQHSVNVSCAHPEWLAGQSILNVDLK 440 450 460 470 480 490 210 220 230 240 250 260 KIAA19 DYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDN :. : ::. : . .. .. . : . . : : .. : : KIAA08 DFVCD--DFLKPQIRTHPE-TIIALRGMNVTLTCTAVSSSDSPMSTVWRKDSEILYDVDT 500 510 520 530 540 550 270 280 290 300 310 320 KIAA19 ITGQSIVGCKAILIDDQVFVVVAQLFGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIEL KIAA08 ENFVRYWQQAGEALEYTSILHLFNVNFTDEGKYQCIVTNHFGSNYSQKAKLTVNEMPSFL 560 570 580 590 600 610 >>KIAA1580 ( 640 res) fj04979 (640 aa) initn: 488 init1: 229 opt: 277 Z-score: 321.7 bits: 69.5 E(): 8.4e-13 Smith-Waterman score: 277; 31.410% identity (67.308% similar) in 156 aa overlap (59-212:198-351) 30 40 50 60 70 80 KIAA19 RLARCPATCSCTKESIICVGSSWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLL .. :.:. .. :: . .. : .:. : KIAA15 FNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPN--LTPLIKLDELD 170 180 190 200 210 220 90 100 110 120 130 140 KIAA19 LNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRD :..: .. :: .: ::.::. :.. ..:..: :::: .:..:....::.:.. ::.: KIAA15 LSGNHLSAIRPGSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHD 230 240 250 260 270 280 150 160 170 180 190 200 KIAA19 VFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYLWLK-MTNS-TVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVT .:. : : .. :. : ..:.: :: :.: :. : :. . : ::. . . .... KIAA15 LFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELD 290 300 310 320 330 340 210 220 230 240 250 260 KIAA19 SFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSY . . : KIAA15 QNYFTCYAPVIVEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVRIAV 350 360 370 380 390 400 >>KIAA1469 ( 662 res) fj01881 (662 aa) initn: 326 init1: 195 opt: 274 Z-score: 318.1 bits: 68.9 E(): 1.3e-12 Smith-Waterman score: 274; 29.000% identity (60.000% similar) in 200 aa overlap (75-270:231-425) 50 60 70 80 90 100 KIAA19 ICVGSSWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAG :..: .: .: : : ::.: . . : KIAA14 STISSPSLQGLTSLKRLVLDGNLLNNHGLGDKVFFNLVNLTELSLVRNSLTAAPVN-LPG 210 220 230 240 250 110 120 130 140 150 160 KIAA19 LFHLEYLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGN .:. :... :.:. . ::: ::.: .:...::... ::. .:.:::.. .: ::.: KIAA14 T-NLRKLYLQDNHINRVPPNAFSYLRQLYRLDMSNNNLSNLPQGIFDDLDNITQLILRNN 260 270 280 290 300 310 170 180 190 200 210 220 KIAA19 KFECDCKAKWLYLWLKM--TNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQT . : :: ::. ::. .. .: ..: .: . . ..:... ..: . .: .: KIAA14 PWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQAPEKVRGMAIKDLNAELFDCKDSGIV--ST 320 330 340 350 360 370 230 240 250 260 270 280 KIAA19 LPYQSVSVDTFNSKNDVYVA--IAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAI . .. .: . . : ::...: : :: . : .:: KIAA14 IQITTAIPNTVYPAQGQWPAPVTKQPDIKN-PKLTKDHQTTGSPSRKTITITVKSVTSDT 380 390 400 410 420 430 290 300 310 320 330 340 KIAA19 LIDDQVFVVVAQLFGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIA KIAA14 IHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFGSITETIVTGERSEYLVTALEPDSPYKVCMVPM 440 450 460 470 480 490 >>KIAA0405 ( 706 res) hg01274 (706 aa) initn: 308 init1: 213 opt: 263 Z-score: 305.0 bits: 66.6 E(): 7.2e-12 Smith-Waterman score: 263; 30.508% identity (58.192% similar) in 177 aa overlap (73-247:267-438) 50 60 70 80 90 100 KIAA19 SIICVGSSWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAF : . :::: .:. . . ::.. : . KIAA04 RIAVISDMAFQNLTSLERLIVDGNLLTNKGIAEGTFSHLTKLKEFSIVRNSLSHPPPD-L 240 250 260 270 280 290 110 120 130 140 150 160 KIAA19 AGLFHLEYLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLR : :: :... :.:. : .:: .:: : .:...::... : . ::..:..: .: : KIAA04 PGT-HLIRLYLQDNQINHIPLTAFSNLRKLERLDISNNQLRMLTQGVFDNLSNLKQLTAR 300 310 320 330 340 350 170 180 190 200 210 220 KIAA19 GNKFECDCKAKWLYLWLKMTNST--VSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVH .: . :::. ::. :::. :. : .: :: . . . ... : :: . KIAA04 NNPWFCDCSIKWVTEWLKYIPSSLNVRGFMCQGPEQVRGMAVRELNMNLLSCPTTTPGLP 360 370 380 390 400 410 230 240 250 260 270 280 KIAA19 QTLPYQSVSVDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAI : :.. : . . ..: .:: KIAA04 LFTPAPSTASPTTQPPT---LSIPNPSRSYTPPTPTTSKLPTIPDWDGRERVTPPISERI 420 430 440 450 460 470 >>KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496 aa) initn: 210 init1: 184 opt: 250 Z-score: 286.1 bits: 64.1 E(): 8.1e-11 Smith-Waterman score: 281; 29.752% identity (54.959% similar) in 242 aa overlap (1-212:21-260) 10 20 30 KIAA19 RRGGCGALGLL-LLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSC : : : :: :.:. : . :: . : ::. : : KIAA02 SRPWWLRASERPSAPSAMAKRSRGPGRRCLLALVLFCAWGTLAVVAQ-KPGAGCPSRCLC 10 20 30 40 50 40 50 60 70 80 90 KIAA19 TKESIICVGS--SWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTII . .. :. :: ..: . : :.: . . ::. : .: .:. ::::.:.. : KIAA02 FRTTVRCMHLLLEAVPAVAP-QTSILDLRFNRIREIQPGAFRRLRNLNTLLLNNNQIKRI 60 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 KIAA19 RDDAFAGLFHLEYLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRD--------- . :: : .:.::.. :.:..:.:.::.:: .: .: : :.:..: : KIAA02 PSGAFEDLENLKYLYLYKNEIQSIDRQAFKGLASLEQLYLHFNQIETLDPDSFQHLPKLE 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 KIAA19 ---------------VFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYLWLKM---TNSTVSDVL .:. :.:. .: : .: ..:::. :: :: .... . .. KIAA02 RLFLHNNRITHLVPGTFNHLESMKRLRLDSNTLHCDCEILWLADLLKTYAESGNAQAAAI 180 190 200 210 220 230 200 210 220 230 240 250 KIAA19 CIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKNDVYVAIAQPSMEN : : . : ... .: . .: KIAA02 CEYPRRIQGRSVATITPEELNCERPRITSEPQDADVTSGNTVYFTCRAEGNPKPEIIWLR 240 250 260 270 280 290 >>KIAA1904 ( 821 res) af00058 (821 aa) initn: 195 init1: 195 opt: 241 Z-score: 278.6 bits: 61.9 E(): 2.1e-10 Smith-Waterman score: 241; 29.371% identity (66.434% similar) in 143 aa overlap (58-197:80-222) 30 40 50 60 70 80 KIAA19 RRLARCPATCSCTKESIICVGSSWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLL :....:.:... .: :.: : :::.: KIAA19 IPQHINSTVHDLRLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVL 50 60 70 80 90 100 90 100 110 120 130 140 KIAA19 LLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPR :. :... . . . :. .:..::.. : ::... .:: .: ..:..:... : KIAA19 QLGYNKLSNLTEGMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDG 110 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 KIAA19 DVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYLWLKMTNSTVSD---VLCIGPPEYQEKKLND .:..: ::. .: :: :.:.: . :: . :..... . : .: :. 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