# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ff10210.fasta.huge -Q ../query/KIAA1909.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1909, 1287 aa vs ./tmplib.25089 library 1986218 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8434+/-0.00752; mu= 6.5743+/- 0.511 mean_var=247.8402+/-59.089, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 9 in 1/39 Lambda= 0.081468 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1755 ( 1110 res) fg04230(revised) (1110) 607 85.4 5.8e-17 KIAA0362 ( 1108 res) hh00083 (1108) 490 71.6 7.9e-13 KIAA0861 ( 982 res) hk06521 ( 982) 327 52.4 4.3e-07 KIAA1639 ( 2584 res) af14886 (2584) 229 41.4 0.0023 >>KIAA1755 ( 1110 res) fg04230(revised) (1110 aa) initn: 632 init1: 511 opt: 607 Z-score: 396.5 bits: 85.4 E(): 5.8e-17 Smith-Waterman score: 652; 31.238% identity (57.905% similar) in 525 aa overlap (1-490:243-762) 10 20 KIAA19 GDPTCVQPRRWFRESYMEALRNPM----PL :. .:..:. .. : ..: . : KIAA17 GALEEIAGTKETPLFQKILPLSEANEGPSLGNRACTNPESSEERPYNLGFRRKVNLKAPT 220 230 240 250 260 270 30 40 50 60 70 KIAA19 GSSEEALGDLACSSLTGASRDLGTGAVASGTQEETS----GPRGDPQQTPSLE---KERH .::. . : : : ..: :. .:: .. :: :.:.. .:. .. 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KIAA08 KELEKCAENPELLAHCFLKRKEDLQIYFKYHKNLPRARAIWQECQDCAYFGVCQRQLDHN 560 570 580 590 600 610 950 960 970 980 990 KIAA19 MDLASYLLRPVQRVAKYALLLQDLLK-------EASCG-LAQGQELGELRAAEVVVCFQL . : .:: : ::. :: .::. :: : . : :. . . : :. . . .: KIAA08 LPLFKYLKGPSQRLIKYQMLLKGLLDFESPEDMEIDPGELGGSAKDGPKRTKDSAFSTEL 620 630 640 650 660 670 1000 1010 1020 1030 KIAA19 RHG----NDL-----LAMD--AIRGCDVNLKEQGQLRCRDEFIV-CCGRKKY-------- ... .:: ::.: :. : .. . :.: . : : . .: KIAA08 QQALAVIEDLIKSCELAVDLAAVTECPDDIGKLGKLLLHGPFSVWTIHKDRYKMKDLIRF 680 690 700 710 720 730 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA19 ---LRHVFLFEDLILFSKTQKVEGSHDV---YLYKQSFKTAEIGMTENVGDSGLRFEIWF :...::: :.: : . :.. . : .:...: ... . : .::: KIAA08 KPSQRQIYLFERGIVFCKIRMEPGDQGLSPHYSFKKAMKLMTLSIRQLGRGSHRKFEIAS 740 750 760 770 780 790 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA19 RRRQKSQDTYILQASSAEVKSAWTDVIGRILWRQA--LKSR---ELRIQEMASMGIGNQP : .. . :::::.: :... : . :...: .: .:.. ..... . : :. : KIAA08 R---NGLEKYILQAASKEIRDCWFSEISKLLMEQQNNIKDQGNPQFEMSTSKGSGAGSGP 800 810 820 830 840 850 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA19 FMDVKPRDRTP--DCAVISDGAPKCAVMSDRVPDSI--VKGTESQMRGSTAVSSSDHAAP .. : : : : . : :. :.. .:.:.. . :.:.: :. KIAA08 WIKNMERATTSKEDPASSTGGIKGCSSREFSSMDTFEDCEGAEDMEKESSALS---LAGL 860 870 880 890 900 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA19 FKRPHSTISDSSTSSSSSQSSSILGSLGLLVSSSPAHPGLWSPAHSPWSSDIRACVEEDE :. ::.: . ::.:. KIAA08 FQ------SDDSHETCSSKSAFLERGESSQGEKEERDEEETATRSTEEERAGASTGRLAP 910 920 930 940 950 960 >>KIAA1639 ( 2584 res) af14886 (2584 aa) initn: 135 init1: 78 opt: 229 Z-score: 152.1 bits: 41.4 E(): 0.0023 Smith-Waterman score: 370; 24.568% identity (54.319% similar) in 521 aa overlap (781-1264:263-755) 760 770 780 790 800 KIAA19 PDSGPRDSCQPDHTSVFSKGLEVTSTVATEKKLPLWQHARSPPVTQSRSLSSPS-GLHPA :. : : :: . : :: : : KIAA16 QDAITLREGQYVEVLDAAHPLRWLVRTKPTKSSPSRQGWVSPAYLDRRLKLSPEWGAAEA 240 250 260 270 280 290 810 820 830 840 850 860 KIAA19 EEDGRQQVG----SSRLRHIMAEMIATEREYIRCLGYVIDNYFPEMERMD-LPQGLRGKH : . :. ..:: .. :....:. ... : .. .... ..:: .: .. :.. 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KIAA16 VSTAIQEFYKKYAEEALLAGDPSQPPPPPLQHYLEQPVERVQRYQALLKELIRNKA---R 420 430 440 450 460 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA19 QGQELGELRAAEVVVCFQLRHGNDLLAMDAIRGCDVNLKEQGQLRCRDEFIVCCGR---- . :. . :. : .:: ..... : .. ... .:. :. . .::: : KIAA16 NRQNCALLEQAYAVVSALPQRAENKLHVSLMENYPGTLQALGEPIRQGHFIVWEGAPGAR 470 480 490 500 510 520 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA19 ---KKYLRHVFLFEDLILFSKTQKVEGSHDV-YLYKQSFKTAEIGMTENVGDSGLRFEIW : . ::::::.. ... : .. . : :.... .: . : ....: . ::.: KIAA16 MPWKGHNRHVFLFRNHLVICKPRRDSRTDTVSYVFRNMMKLSSIDLNDQVEGDDRAFEVW 530 540 550 560 570 580 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA19 FRRRQKSQDTYILQASSAEVKSAWTDVIGRILWRQALKSRELRIQEMASMGIGNQPFMDV ..:. : :.::: .: .::.:. : : : :: . : : KIAA16 -QEREDSVRKYLLQARTAIIKSSWVKEICGIQQRLALP-------------VWRPP--DF 590 600 610 620 630 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA19 KPRDRTPDCAVISDGAPKCAVMSDRVPDSIVKGTESQMRGSTAVSSSDHAAPFKRPHST- . .. ::.. . : : .: .. : .. . ::. . : .. : .. 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