# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ah00281.fasta.huge -Q ../query/KIAA1906.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1906, 593 aa vs ./tmplib.25089 library 1986912 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9224+/-0.00514; mu= 15.1400+/- 0.351 mean_var=96.8274+/-22.836, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 9 in 1/39 Lambda= 0.130339 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1944 ( 657 res) fh11215 ( 657) 1421 277.8 1.9e-75 >>KIAA1944 ( 657 res) fh11215 (657 aa) initn: 1560 init1: 905 opt: 1421 Z-score: 1446.3 bits: 277.8 E(): 1.9e-75 Smith-Waterman score: 2072; 52.709% identity (80.296% similar) in 609 aa overlap (1-593:51-657) 10 20 30 KIAA19 GKEMKSKVDTIVNFTHQHFTSQFEVTVWAP :::::.::...::::.::..: .:.:::.: KIAA19 MQRDESSPFPPLFSLTSSQVSDRCDYVFVNGKEMKGKVNVVVNFTYQHLSSPLEMTVWVP 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 KIAA19 RLPLQIEISDTELSQIKGWRIPVAANRRPTRESDDEDDEEKKGRGCSLQYQHATVRVLTQ :::::::.:::::.::::::.:....:::. .:..:.:.:..::::.:::::: :::::: KIAA19 RLPLQIEVSDTELNQIKGWRVPIVSSRRPAGDSEEEEDDERRGRGCTLQYQHAMVRVLTQ 90 100 110 120 130 140 100 110 120 130 140 KIAA19 FVAES--PDLGQLTYMLGPDWQFDITDLVTEFMKVEEPKIAQLQDGRTLAGREPGITTVQ ::::. : :.:...:: ::: :::.:...::.::::.::.:: :. : :.: :.::.: KIAA19 FVAEAAGPG-GHLAHLLGSDWQVDITELINDFMQVEEPRIAKLQGGQILMGQELGMTTIQ 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 200 KIAA19 VLSPLSDSILAEKTVIVLDDRVTIAELGVQLVAGMSLSLQPHRADKRAIVSTAAALDVLQ .::::::.::::::. :::..:::..::::::.:.::::: ...::: .::.: ..:: KIAA19 ILSPLSDTILAEKTITVLDEKVTITDLGVQLVTGLSLSLQLSPGSNRAIFATAVAQELLQ 200 210 220 230 240 250 210 220 230 240 250 260 KIAA19 SPQQEAIVSSWILFSDGSVTPLDIYDPKDYSVTVSSLDEMVVSVQANLESKWPIVVAEGE :.::: .: :. ::::::::::::: ::.:. ..:::: :::.. . . ::::..:: : KIAA19 RPKQEAAISCWVQFSDGSVTPLDIYDGKDFSLMATSLDEKVVSIHQDPKFKWPIIAAETE 260 270 280 290 300 310 270 280 290 300 310 320 KIAA19 GQGPLIKLEMMISEPCQKTKRKSVLAVGKGNVKVKFEPSSDEHQGGSNDIEGINREYKDH ::: :.:.::.::: :::.::::::::: .:.:::: .. . . ... : . ..... KIAA19 GQGTLVKVEMVISESCQKSKRKSVLAVGTANIKVKFGQNDANPNTSDSRHTGAGVHMENN 320 330 340 350 360 370 330 340 350 360 370 380 KIAA19 LSNSIEREGNQERAVQEWFHRGTP-VGQEESTNKSTTPQSPME---GKNKLLKSGG---- .:. .. .:: . :: . :. .: :. . .:: .: .. :...:: ... KIAA19 VSDRRPKKPSQEWGSQEGQYYGSSSMGLMEGRG-TTTDRSILQKKKGQESLLDDNSHLQT 380 390 400 410 420 430 390 400 410 420 430 KIAA19 -PDAFTSFPTQGKSPDPN---NPSDLTVTSRGLTDLEIGMYALLCVFCLAILVFLINCVA :. .::::.: : : . .:: .:.::.:::::::::: ::::::::::::::. KIAA19 IPSDLTSFPAQVDLPRSNGEMDGNDLMQASKGLSDLEIGMYALLGVFCLAILVFLINCVT 440 450 460 470 480 490 440 450 460 470 480 490 KIAA19 FAWKYRHKRFAVSEQGNIPHSHDWVWLGNEVELLENPVDITLPSEECTTMIDRGLQFEER :: :::::. :: .. :::::: :.:..::::: .... ..: : ::::..::: KIAA19 FALKYRHKQVPFEEQEGMSHSHDWVGLSNRTELLENHINFASSQDEQITAIDRGMDFEES 500 510 520 530 540 550 500 510 520 530 540 550 KIAA19 NFLLNGSSQKTFHSQLLRPSDYVY--EKEIKNEPMNSSGPKRKRVKFTSYTTILPEDGGP ..::. .:::....::..: . :. :.:: .: ::::::::..:.. .: : KIAA19 KYLLSTNSQKSINGQLFKPLGPIIIDGKDQKSEPPTSPTSKRKRVKFTTFTAVSSDDEYP 560 570 580 590 600 610 560 570 580 590 KIAA19 YTNSILFDSDDNIKWVCQDMGLGDSQDFRDYMESLQDQM :::...:.:.:::::::. :: .....::: :.... KIAA19 TRNSIVMSSEDDIKWVCQDLDPGDCKELHNYMERLHENV 620 630 640 650 593 residues in 1 query sequences 1986912 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:37 2008 done: Thu Dec 18 15:21:37 2008 Total Scan time: 0.500 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]