# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/af00058.fasta.huge -Q ../query/KIAA1904.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1904, 821 aa vs ./tmplib.25089 library 1986684 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5199+/-0.00644; mu= 15.9237+/- 0.439 mean_var=155.5092+/-37.898, 0's: 0 Z-trim: 23 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.102848 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618) 313 59.2 4.1e-09 KIAA1465 ( 785 res) fh13187 ( 785) 309 58.2 4.1e-09 KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559) 302 57.5 1.2e-08 KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073) 290 55.5 3.4e-08 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 276 53.7 1.8e-07 KIAA1910 ( 760 res) fh21867 ( 760) 266 51.8 3.3e-07 KIAA1854 ( 572 res) fg02232 ( 572) 260 50.7 5.3e-07 KIAA1469 ( 662 res) fj01881 ( 662) 258 50.5 7e-07 KIAA0848 ( 988 res) hk05607 ( 988) 260 51.0 7.2e-07 KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) ( 966) 259 50.9 7.9e-07 KIAA0416 ( 529 res) hh00236 ( 529) 249 49.0 1.6e-06 KIAA1580 ( 640 res) fj04979 ( 640) 249 49.1 1.7e-06 KIAA1916 ( 542 res) hg01117 ( 542) 241 47.8 3.6e-06 KIAA0405 ( 706 res) hg01274 ( 706) 203 42.4 0.00021 KIAA1246 ( 832 res) hh00149a ( 832) 201 42.2 0.00028 KIAA1531 ( 1206 res) ph00937 (1206) 201 42.4 0.00035 KIAA1484 ( 700 res) fj06928 ( 700) 167 37.0 0.0084 >>KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618 aa) initn: 552 init1: 288 opt: 313 Z-score: 255.5 bits: 59.2 E(): 4.1e-09 Smith-Waterman score: 341; 26.012% identity (57.803% similar) in 346 aa overlap (50-366:618-959) 20 30 40 50 60 70 KIAA19 AVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINSTVHDLRLNENKLKAVLYSSL-NR ::..: ... .::::.:... . ... .. 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KIAA08 NCNCHLAWLGKWLRKRRIVSGNP---RCQKPFFLKEIPIQDVAIQDFTCDGNEESSCQLS 710 720 730 740 750 250 260 270 280 290 300 KIAA19 GSLPARPVSHPTPYSTDAQREPDENSGFNPDEILSVEPPASSTTDASAGPAIKLHHVTFT KIAA08 PRCPEQCTCMETVVRCSNKGLRALPRGMPKDVTELYLEGNHLTAVPRELSALRHLTLIDL 760 770 780 790 800 810 >>KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073 aa) initn: 329 init1: 228 opt: 290 Z-score: 238.9 bits: 55.5 E(): 3.4e-08 Smith-Waterman score: 290; 31.414% identity (64.921% similar) in 191 aa overlap (37-224:202-392) 10 20 30 40 50 60 KIAA19 LCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINSTVHD--LRLN : . . :. . :: .: . : :.:. 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KIAA18 SCVCTSQSSDNGLNVNCQERKFTNISDLQPKPTSPKKLYLTGNYLQTVYKNDLLEYSSLD 350 360 370 380 390 400 350 360 370 380 390 400 KIAA19 IVTLDKLRAHTEYTFCVTSLRNSRRFNHTCLTFTTRDPVPGDLAPSTSTTTHYIMTILGC .. : . : . :.: . ::. KIAA18 LLHLGNNRIAVIQEGAFTNLTSLRRLYLNGNYLEVLYPSMFDGLQSLQYLYLEYNVIKEI 410 420 430 440 450 460 >>KIAA1469 ( 662 res) fj01881 (662 aa) initn: 188 init1: 188 opt: 258 Z-score: 215.4 bits: 50.5 E(): 7e-07 Smith-Waterman score: 258; 23.615% identity (53.353% similar) in 343 aa overlap (31-368:165-498) 10 20 30 40 50 60 KIAA19 AMLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINSTVHD :..:. : . :.:. ::: . :... KIAA14 DSLSKIPYLEELHLDDNSVSAVSIEEGAFRDSNYLRLLFLSRNH--LSTIPWGLPRTIEE 140 150 160 170 180 190 70 80 90 100 110 KIAA19 LRLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISY--IEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKLSN :::..:..... ::. . .: : : : .. . : .:.. .: :.: :.:. 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