# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk02692.fasta.huge -Q ../query/KIAA1890.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1890, 1048 aa vs ./tmplib.25089 library 1986457 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.2720+/-0.00488; mu= 20.7160+/- 0.333 mean_var=84.4206+/-19.446, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 11 in 1/39 Lambda= 0.139589 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1894 ( 2977 res) ff08107 (2977) 3570 730.3 9.2e-211 KIAA0927 ( 1001 res) hg03734 (1001) 980 208.1 4.9e-54 KIAA0932 ( 1078 res) hh04016s1 (1078) 354 82.1 4.6e-16 KIAA1884 ( 946 res) fh04567 ( 946) 279 66.9 1.5e-11 KIAA0817 ( 2785 res) hg01392s2 (2785) 190 49.6 7.1e-06 >>KIAA1894 ( 2977 res) ff08107 (2977 aa) initn: 5774 init1: 3570 opt: 3570 Z-score: 3875.7 bits: 730.3 E(): 9.2e-211 Smith-Waterman score: 4968; 64.183% identity (84.718% similar) in 1047 aa overlap (1-1047:442-1418) 10 20 30 KIAA18 GKGVQMIFHTFHLESSHDYLLITEDGSFSE :::::. :::::::. ::::::::.:::.. 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KIAA09 TYNVTVYTGYGVELQVKSVNLSDGELLSIR-GVDG---PTLTVLANQTLLVEGQVIRSPT 370 380 390 400 410 230 240 250 260 270 280 KIAA18 NHLWLEFNTNGSDTDQGFQLTYTSFDLVKCEDPGIPNYGYRIRDEGHFTDTVVLYSCNPG : . . : : .: ::: : .: ...:. : :. : . : . :. . :. : KIAA09 NTISVYFRTFQDDGLGTFQLHYQAF-MLSCNFPRRPDSGDVTVMDLH-SGGVAHFHCHLG 420 430 440 450 460 470 290 300 310 320 330 340 KIAA18 YAMHGSNTLTCLSGDRRVWDKPLPSCIAECGGQIHAATSGRILSPGYPAPYDNNLHCTWI : ..:.. :::..... :.. : : : ::: .: :: ::.:::.:: ... : : KIAA09 YELQGAKMLTCINASKPHWSSQEPICSAPCGGAVHNATIGRVLSPSYPENTNGSQFCIWT 480 490 500 510 520 530 350 360 370 380 390 KIAA18 IEADPGKTISLHFIVFDTEMAHDI--LKVWDGPVDSDILLKE-WSGSALP-EDIHSTFNS ::: :. . ::: . . :: . : .: .... :: . . ..: : . : :. KIAA09 IEAPEGQKLHLHF---ERLLLHDKDRMTVHSGQTNKSALLYDSLQTESVPFEGLLSEGNT 540 550 560 570 580 590 400 410 420 430 440 450 KIAA18 LTLQFDSDFFISKSGFSIQFSTSIAATCNDPGMPQNG--TRYGDSREAGDTVTFQCDPGY . ..: :: . : :.:.: . . : .: . ::: : . . : : : ::::. KIAA09 IRIEFTSDQARAASTFNIRFEAFEKGHCYEPYI-QNGNFTTSDPTYNIGTIVEFTCDPGH 600 610 620 630 640 650 460 470 480 490 500 510 KIAA18 QL-QGQAKITCVQLNNRFFWQPDPPTCIAACGGNLTGPAGVILSPNYPQPYPPGKECDWR .: :: : : :... . . :. : : : :::.:.. :::.::::.:.:: :..: :. KIAA09 SLEQGPAIIECINVRDPY-WNDTEPLCRAMCGGELSAVAGVVLSPNWPEPYVEGEDCIWK 660 670 680 690 700 520 530 540 550 560 570 KIAA18 VKVNPDFVIALIFKSFNMEPSYDFLHIYEGEDSNSPLIGSYQGSQAPERIESSGNSLFLA ..:. . : : .. .:. : :.: ::.:.. ..:.: :...:... :: .: . KIAA09 IHVGEEKRIFLDIQFLNLSNS-DILTIYDGDEVMPHILGQYLGNSGPQKLYSSTPDLTIQ 710 720 730 740 750 760 580 590 600 610 620 KIAA18 FRSDASVGL-----SGFAIEFKEKPR-EACFDPGNIMNGTRVGTDFKL--GSTITYQCDS :.:: . :: .:: ... : : ..: : .:.:: .. . .: :. :::::: KIAA09 FHSDPA-GLIFGKGQGFIMNYIEVSRNDSCSDLPEIQNGWKTTSHTELVRGARITYQCDP 770 780 790 800 810 820 630 640 650 660 670 680 KIAA18 GYKILDPSSITCVIGADGKPSWDQVLPSCNAPCGGQYTGSEGVVLSPNYPHNYTAGQICL :: :. ...:: . ::.. : : . : . .:. :.: . :: KIAA09 GYDIVGSDTLTC----QWDLSWSSDPPFC------EKTEESLACDNPGLPEN--GYQILY 830 840 850 860 870 690 700 710 720 730 740 KIAA18 YSITVPKEFVVFGQFAYFQTALNDLAELFDGTHAQARLLSSLSGSHSGETLPLATSNQIL . .: : ..: . :. KIAA09 KRLYLPGESLTFMCYEGFELMGEVTIRCILGQPSHWNGPLPVCKVAEAAAETSLEGGNMA 880 890 900 910 920 930 >>KIAA0932 ( 1078 res) hh04016s1 (1078 aa) initn: 477 init1: 191 opt: 354 Z-score: 380.3 bits: 82.1 E(): 4.6e-16 Smith-Waterman score: 773; 25.296% identity (50.709% similar) in 846 aa overlap (122-945:397-1067) 100 110 120 130 140 150 KIAA18 RIGFHFGVGDSLTFSCFLGYRLEGATKLTCLGGGRRVWSAPLPRCVAECGASVKGNEGTL :. : . . : .: : :: ... . :.. KIAA09 NTFSRGVFLDTILPRQDDNGVRPTIGQRVRLSQGDIAQARKLYKCPA-CGETLQDTTGNF 370 380 390 400 410 420 160 170 180 190 200 KIAA18 LSPNFPSNYDNNHECIYKIETEAGKGIHLRTRSFQLFEG-----DTLKVYDGKDSSSRPL .:.::..: . .:...: . :. : : :..::.. : ..: :: .. : KIAA09 SAPGFPNGYPSYSHCVWRISVTPGEKIVLNFTSMDLFKSRLCWYDYVEVRDGYWRKAPLL 430 440 450 460 470 480 210 220 230 240 250 260 KIAA18 GTFTKNELLGLILNSTSNHLWLEFNTNGSDTDQGFQLTYTSFDLVKCEDPGIPNYGYRIR : : ... : ::...::.:: .... .:: ..... 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KIAA09 GSGPLEEIYSAGDSLMIRFRTDDTINKKGFHARYTSTKFQDALHMKK 1040 1050 1060 1070 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA18 NDVLSFQCEPGYTLQGRSHISCMPGTVRRWNYPSPLCIATCGGTLSTLGGVILSPGFPGS >>KIAA1884 ( 946 res) fh04567 (946 aa) initn: 368 init1: 154 opt: 279 Z-score: 299.2 bits: 66.9 E(): 1.5e-11 Smith-Waterman score: 432; 22.968% identity (47.355% similar) in 775 aa overlap (94-835:3-645) 70 80 90 100 110 120 KIAA18 ISYEGFNITFSEYDLEPCDDPGVPAFSRRIGFHFGVGDSLTFSCFLGYRLEGATKLT--C : .. :: . .:: ::.:..... : : KIAA18 VFGKEYTVGTKAMYSCSEGYHLQAGAEATAEC 10 20 30 130 140 150 160 170 KIAA18 LGGGRRVWS---APLPRCV-AECGASVKGNEGTLLSPNFPSNYDNNHECIYKIETEAGKG : : .:: .: :.:: . : :. : : .: :. 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