# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh02249.fasta.huge -Q ../query/KIAA1883.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1883, 1480 aa vs ./tmplib.25089 library 1986025 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.7574+/-0.0124; mu= -32.3575+/- 0.833 mean_var=863.2831+/-205.328, 0's: 0 Z-trim: 17 B-trim: 13 in 2/38 Lambda= 0.043651 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0641 ( 1326 res) hj03494s1 (1326) 1612 118.2 1.1e-26 KIAA1079 ( 1476 res) hj06972 (1476) 1569 115.5 7.6e-26 >>KIAA0641 ( 1326 res) hj03494s1 (1326 aa) initn: 1158 init1: 795 opt: 1612 Z-score: 571.1 bits: 118.2 E(): 1.1e-26 Smith-Waterman score: 2100; 35.468% identity (54.959% similar) in 1452 aa overlap (89-1459:14-1294) 60 70 80 90 100 110 KIAA18 YAVVLISCSGLLAFIFLLLTCLCCKRGDVGFKEFENPEGEDCSGEYTPPAEETSSSQSLP ..:::: ::.. ... . . :.. :. : KIAA06 HQVKVQGCWGRWRWQEFENAEGDEYAADLAQGSPATAA-QNGP 10 20 30 40 120 130 140 150 160 170 KIAA18 DVYILPLAEVSLPMPAPQPSHS-DMTTPLGLSRQHLSYLQEIGSGWFGKVILGEIFSDYT :::.:::.:::::: : ::..: .. ..:. : ::.::: ::::::.:::. : . KIAA06 DVYVLPLTEVSLPM-AKQPGRSVQLLKSTDVGRHSLLYLKEIGRGWFGKVFLGEVNSGIS 50 60 70 80 90 100 180 190 200 210 220 230 KIAA18 PAQVVVKELRASAGPLEQRKFISEAQPYRSLQHPNVLQCLGLCVETLPFLLIMEFCQLGD ::::::::.:::. :: .:. :.::::.:.: :.::::. :.:. :.::.:::: ::: KIAA06 SAQVVVKELQASASVQEQMQFLEEVQPYRALKHSNLLQCLAQCAEVTPYLLVMEFCPLGD 110 120 130 140 150 160 240 250 260 270 280 290 KIAA18 LKRYLRAQRPPEGLSPELPPRDLRTLQRMGLEIARGLAHLHSHNYVHSDLALRNCLLTSD :: :::. : :...: : ::::::. :.: :. ::: .:.:::::::::::::.: KIAA06 LKGYLRSCRVAESMAP-----DPRTLQRMACEVACGVLHLHRNNFVHSDLALRNCLLTAD 170 180 190 200 210 300 310 320 330 340 350 KIAA18 LTVRIGDYGLAHSNYKEDYYLTPERLWIPLRWAAPELLGELHGTFMVVDQSRESNIWSLG :::.:::::::: .:.:::..: ..::.:::: ::::. :.:....::::.. .:.:::: KIAA06 LTVKIGDYGLAHCKYREDYFVTADQLWVPLRWIAPELVDEVHSNLLVVDQTKSGNVWSLG 220 230 240 250 260 270 360 370 380 390 400 410 KIAA18 VTLWELFEFGAQPYRHLSDEEVLAFVVRQQHVKLARPRLKLPYADYWYDILQSCWRPPAQ ::.:::::.:.::: . ::..:::..::.:..:: .:.:.: .: ::...: :: : : KIAA06 VTIWELFELGTQPYPQHSDQQVLAYTVREQQLKLPKPQLQLTLSDRWYEVMQFCWLQPEQ 280 290 300 310 320 330 420 430 440 450 460 KIAA18 RPSASDLQLQLTYLLS----------ERPPRPPPPPPPPRDGPFPWPWPPAHSAPRPGTL ::.: ...: :.:: . :: : : :: : : .. . KIAA06 RPTAEEVHLLLSYLCAKGATEAEEEFERRWRSLRPGGGGV-GPGPGAAGPMLGGVVELAA 340 350 360 370 380 390 470 480 490 500 510 520 KIAA18 SSPFPLLDGFPG----ADPDDVLTVTESSRGLNLECLWEKARRGAGRGGGAPAWQPASAP .: ::::. : : :: ::::::::.:::::.: :: ::: :: :. ::. KIAA06 ASSFPLLEQFAGDGFHADGDDVLTVTETSRGLNFEYKWE-----AGR--GAEAF-PATLS 400 410 420 430 440 530 540 550 560 570 KIAA18 PAPHANPSNPFYEALSTPSVLPVISARSPSVSSEYYIRLEE------H-----GSPPEPL :. : .. . :.:.::.::.:::..:::.::::: : : : : KIAA06 PGRTARLQELCAPDGAPPGVVPVLSAHSPSLGSEYFIRLEEAAPAAGHDPDCAGCAPSPP 450 460 470 480 490 500 580 590 600 610 KIAA18 FPNDWDPLDPGVPA------PQAPQAPS-EVPQLVSETWA------SPLFPAPRPFPAQ- : : . : : : ..: .:: .. . .:: :. : :. KIAA06 ATADQDDDSDGSTAASLAMEPLLGHGPPVDVPWGRGDHYPRRSLARDPLCPSRSPSPSAG 510 520 530 540 550 560 620 630 640 650 660 670 KIAA18 --SSASGSFLLSGWDPEGRGA-GETLAGDP--AEVLGERGTAPW--VEEEEEEEEGSSPG : : :. . : : .: .. :: . :: :. : . :.: :: :. . KIAA06 PLSLAEGGAEDADW---GVAAFCPAFFEDPLGTSPLGSSGAPPLPLTGEDELEEVGARRA 570 580 590 600 610 620 680 690 700 710 720 730 KIAA18 EDSSSLGGGPSRRGPLPCPLCSREGACSCLPLERGDAVAGWGGHPALGCPHPPEDDSSLR ..:: . . ... : : : : :.. : : : ::: : . KIAA06 ----------AQRGHWRSNVSANNNSGSRCP-ESWDPVSA-GCH-AEGCPSPKQT----- 630 640 650 660 740 750 760 770 780 KIAA18 AERGSLADLPMAPPASAPPEFLDPLMG--AAAPQYPGRGPPPAPPPPPPPPRAPADPAAS : : : . : .::.: ::. : :: : : ::: .. KIAA06 ---------PRASPEPGYPG--EPLLGLQAASAQEPGCCPG-LPHLCSAQGLAPAPCLVT 670 680 690 700 710 790 800 810 820 830 840 KIAA18 PDPPSAVASPGSGLSSPGPKPGDSGYETETPFSPEGAFPGGGAAEEEGVPRPRAPPEPPD : : . . .:: . : .: . :.: .:. .:. . .::.: : :: KIAA06 P---SWTETASSGGDHPQAEP-KLATEAEGTTGPRLPLPSVPSPSQEGAPLPSEEASAPD 720 730 740 750 760 770 850 860 870 880 890 900 KIAA18 PGAPRPPPDPGPLPLPGPREKPTFVVQVSTEQLLMSLREDVTRNLLGEKGATARETGPRK :: :: .: : : .::. .: .: . . . .. .... . KIAA06 --APDALPD-SPTPATGG--------EVSAIKLASALNGSSSSPEV--EAPSSEDEDTAE 780 790 800 810 910 920 930 940 950 960 KIAA18 AGRGPGNREKVPGLN-RDPTVLGNGKQAPSLSLPVNGVTVLENGDQRAPGIEEKAAENGA : : . . ::. : : :. . ::. :. :.. : : .:...: KIAA06 ATSGIFTDTSSDGLQARRPDVVPAFR---SLQKQVGTPDSLDSLD-----IPSSASDGG- 820 830 840 850 860 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA18 LGSPEREEKVLENGELTPPRREEKALENG-ELRSPEAGEKVLVNG--GLTPPKSEDKVSE .:. . : . .::..: . .. :. : :: .. : : . .:: KIAA06 -------YEVFSPSATGPSGGQPRALDSGYDTENYESPEFVLKEAQEGCEPQAFAELASE 870 880 890 900 910 920 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA18 NGGLRFPRNTERPPETG-PWRAPGPWEKTPESWGPAPTIGEPAPETSLERAPAPSAVVSS . : : ::: : ::.: . : ..:: .. . KIAA06 GEG---P-----GPETRLSTSLSGLNEKNPYR--------DSAYFSDLEAEAEATSGPEK 930 940 950 960 1090 1100 1110 1120 1130 1140 KIAA18 RNGGETAPGPLGPAPKNGTLEPGTERRAPETGGAPRAPGAGRLDLGSGGRAPVGTGTAPG . ::. :::: :..: .:. . . ::. .: : : KIAA06 KCGGDRAPGPELGLPSTG--QPSEQ--------VCLRPGV--------------SGEAQG 970 980 990 1000 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA18 GGPGSGVDAKAGWVDNTRPQPPPPP---LPPPPEAQPRRLEPAPPRARPEVAPEGEPGAP .::: : .... :.: : .: ::: : .: ..:: .: :. KIAA06 SGPGE-VLPPLLQLEGSSPEPSTCPSGLVPEPPEPQ------GPAKVRP--GPS--PSCS 1010 1020 1030 1040 1050 1210 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA18 DSRAGGDTALSGDGDPPKPERKGPEMPRLFLDLGP-PQGNSEQIKARLSRLSLALPPLTL . . : ..:. . : .:: : :. :: :: .:.. KIAA06 QFFLLTPVPLRSEGN--SSEFQGP--PGLL--SGPAPQ----------KRMG-------- 1060 1070 1080 1270 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA18 TPFPGPGPRRPPWEGADAGAAGGEAGGAGAPGPAEEDGEDEDEDEEEDEEAAAPGAAAGP ::: : : . : : :. : : :::.:: ::..:: . .. : KIAA06 ----GPGTPRAPLRLALPGLP---AALEGRPEEEEEDSEDSDESDEELRCYSVQE----P 1090 1100 1110 1120 1130 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA18 RGPGRARAAPVPVVVSSADADAARPLRGLLKSPRGADEPEDSELERKRKMVSFHGDVTVY .. .: ::::: :....:: ::.::: : .: .::::.: ::: ::::: KIAA06 SEDSEEEAPAVPVVV--AESQSARNLRSLLKMPSLLSETFCEDLERKKKAVSFFDDVTVY 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA18 LFDQETPTNELSVQAPPEGDTDPS----TPPAPPTPPHPATPGDGFPSNDSGF-GGSFEW :::::.:: ::. : .. :. .: .: .: .: .:: :..... ::.: : KIAA06 LFDQESPTRELGEPFPGAKESPPTFLRGSPGSPSAPNRPQQ-ADGSPNGSTAEEGGGFAW 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1440 1450 1460 1470 KIAA18 AEDFPL----------LPP--PGP------PLCFSRFSVSPALETPGPPARAPDARPAGP .:::: : : :.: : ::::.:::: KIAA06 DDDFPLMTAKAAFAMALDPAAPAPAAPTPTPAPFSRFTVSPAPTSRFSITHVSDSDAESK 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1480 KIAA18 VEN KIAA06 RGPEAGAGGESKEA 1320 >>KIAA1079 ( 1476 res) hj06972 (1476 aa) initn: 1588 init1: 668 opt: 1569 Z-score: 555.9 bits: 115.5 E(): 7.6e-26 Smith-Waterman score: 1720; 30.590% identity (53.273% similar) in 1543 aa overlap (20-1465:22-1470) 10 20 30 40 50 KIAA18 VCVTARETRHHLHLPAILDKMPAPGAL------ILLAAVSASGCLASPAHPDGFALGR .::.: :: .::. . :.. :.: : :. KIAA10 RANGRTDGRRLEGRPRSRAVGEMPGPPALRRRLLLLLLVLLIAGSAGAAPLPQTG--AGE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 KIAA18 APLAPPYA---VVLISCSGLLAFIFLLLTCL-CCKRGDVGFKEFENPEGEDCSGEYTPPA :: : . :.: :: :. .: :. .:. ::: .. :::::. . : ..:::: KIAA10 APPAAEVSSSFVILCVCS-LIILIVLIANCVSCCKDPEIDFKEFED--NFDDEIDFTPPA 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 KIAA18 EETSSSQSLPDVYILPLAEVSLPMPAP-QPSHSDMTTPLGLSRQHLSYLQEIGSGWFGKV :.: : :: .:. : . ..::: :. ::: . . . .:. :.:.::::.:::::: KIAA10 EDTPSVQSPAEVFTLSVPNISLPAPSQFQPSVEGLKSQV--ARHSLNYIQEIGNGWFGKV 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 KIAA18 ILGEIFSDYTPAQVVVKELRASAGPLEQRKFISEAQPYRSLQHPNVLQCLGLCVETLPFL .::::.. . :.:.::::.:::.: :: :.....:: :::::.:::.: :::..:.: KIAA10 LLGEIYTGTSVARVIVKELKASANPKEQDTFLKNGEPYYILQHPNILQCVGQCVEAIPYL 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 KIAA18 LIMEFCQLGDLKRYLRA-QRPPEGLSPELPPRDLRTLQRMGLEIARGLAHLHSHNYVHSD :..:::.::::: :::. :. .: : . ::::. :.: ::: .:. ...::: KIAA10 LVFEFCDLGDLKAYLRSEQEHMRGDSQTM------LLQRMACEVAAGLAAMHKLHFLHSD 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 KIAA18 LALRNCLLTSDLTVRIGDYGLAHSNYKEDYYLTPERLWIPLRWAAPELLGELHGTFMVVD ::::::.:::::.:..::::.. : ::::: : .. .::::.::::. .. ....: KIAA10 LALRNCFLTSDLNVKVGDYGIGFSRYKEDYIETDDKKVFPLRWTAPELVTSFQDRLLTAD 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 KIAA18 QSRESNIWSLGVTLWELFEFGAQPYRHLSDEEVLAFVVRQQHVKLARPRLKLPYADYWYD :.. ::::::::::::::. .:::: .::. .:: :.:.. .:: .:.:. ::.: ::. KIAA10 QTKYSNIWSLGVTLWELFDNAAQPYSNLSNLDVLNQVIRERDTKLPKPQLEQPYSDRWYE 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 KIAA18 ILQSCWRPPAQRPSASDLQLQLTYLLSERPPRPPPPPPPPRDGPFPWPWPPAHSAPRPGT .:: :: : .::.: :.. :::: : : : .. : .. KIAA10 VLQFCWLSPEKRPAAEDVHRLLTYL------RLQSQRDSEVDFEQQWNALKPNTNSRDSS 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 KIAA18 LSSPFPLLDGFP----GADPDDVLTVTESSRGLNLECLWEKAR--------RGAGRGGGA .. ::.:: : : . ..::::::.:.::..: .:: :. :: : . KIAA10 NNAAFPILDHFARDRLGREMEEVLTVTETSQGLSFEYVWEAAKHDHFDERSRGHLDEGLS 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 KIAA18 ------PA--WQPASAPPAPHANPSNPFYEALSTPSVLPVISARSPSVSSEYYIRLEEH- :. .. . . :.: . .. : .:.:.::..:.. ::.:.:::.:::. KIAA10 YTSIFYPVEVFESSLSDPGPGKQDDSGQDVPLRVPGVVPVFDAHNLSVGSDYYIQLEEKS 530 540 550 560 570 580 570 580 590 600 610 620 KIAA18 GSP-----PEPLFPNDWDPLDPGVPAPQAPQAPSEVPQLVSETWASPLFPAPRPFPAQSS :: : :. .: : .: .:. : . . :. .. : : .:: KIAA10 GSNLELDYPPALLTTDMD--NPERTGPELSQLTALRSVELEESSTDEDFFQSSTDPKDSS 590 600 610 620 630 630 640 650 660 670 680 KIAA18 ASGSFLLSGWDPEGRGAGETLAGDPAEVLGERGTAPWVEEEEEEEEGSSPGEDSSSLGGG :.. ... ::. . : .: : . . : . . .:. :::: . KIAA10 LPGDLHVTS-GPESPFNNIFNDVDKSEDLPSHQKIFDLMELNGVQADFKPATLSSSLDNP 640 650 660 670 680 690 690 700 710 720 730 KIAA18 PSRRGPLPCPLCSREGACSCLPLERGDAVAGWGGHPALGCPHPPEDDSSLRAE---RGSL . . . :: .: . . :. . :. :. . .::: KIAA10 KESVITGHFEKEKPRKIFDSEPLCLSDNLMHQDNFDPLNVQELSENFLFLQEKNLLKGSL 700 710 720 730 740 750 740 750 760 770 780 790 KIAA18 ADLPMAPPASAPPEFLDPLMGAAAPQYPGRGPPPAPPPPPPPPRAPADPAASPDPPSAVA .. : .. :. . . : : .. : : : KIAA10 SS----------KEHINDLQ----TELKNAGFTEA--------MLETSCRNSLDTELQFA 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 KIAA18 SPGSGLSSPGPKPGDSGYETETPFSPEGAFPGGGAAEEEGVPRPRAPPEPPDPGAPRPPP :.: . . .: .:.. .. . . .. : :: : . : : :: KIAA10 ENKPGMSLLQENVSTKGDDTDVMLTGDTLSTSLQSSPEVQVP-PTSFETEETP--RRVPP 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 KIAA18 DPGPLPLPGPREKPTFVVQVSTEQLLMSLREDVTRNLLGEKGATAR-ETGPRKAGRGPGN : :: : . . : : . : ... :.. . .. :: .. .. .::. KIAA10 D--SLPTQGETQPTCLDVIVPEDCLHQDISPDAVTVPVEILSTDARTHSLDNRSQDSPGE 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 KIAA18 REKVPGLNRDPTVLGNGKQAPSLSLPVNGVTVLENGDQRAPGIEEKAAENGALGSPEREE :.. :... .::.. : .:. : .. : :.. ...: : :. KIAA10 SEETLRLTESDSVLADDILASRVSV---GSSLPELGQE----LHNK---------PFSED 920 930 940 950 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA18 KVLENGELTPPRREEKALENGELRSPEAGEKVLVNGGLTPPKSEDKVSENGGLRFPRNTE . :: :: :: : . .. . ..::. : :..:... :. .. KIAA10 H-------HSHRRLEKNLEAVETLNQLNSKDAAKEAGLVSALSSDSTSQDSLLEDSLSAP 960 970 980 990 1000 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA18 RPPETGPWRAPGPWEKTPESWGPAPTIGEPAPETSLE-RAPAPSAVVSSRNGGETAPGPL : ..: :.. . ..: .:. . :: :. . .. :. : KIAA10 FPASEPSLETPDSLESVDVHEALLDSLGSHTPQKLVPPDKPADSGYET--ENLESPEWTL 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA18 GPAPKNGTL--EPGTERRAPETGGAPRAPGAGRLDLGSGGRAP-VGTGTAPGGGPGSGVD :::. :: ::.: . ..: : : : :.: :. : : .:. :: : KIAA10 HPAPE-GTADSEPATTGDGGHSGLPPN-PVIVISDAGDGHRGTEVTPETFTAGSQGSYRD 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA18 AKAGWVDNTRPQPPPPPLPPPPEAQPRRLEPAPPRARPE-VAPEGEPGAPDS-----RAG . : . :: . : : ..: : . . :: : :: :.: :: .. KIAA10 S-AYFSDN--DSEPEKRSEEVPGTSPSALVLVQEQPLPEPVLPEQSPAAQDSCLEARKSQ 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1210 1220 1230 1240 KIAA18 GD----TALSGDGD-----PPKPERKG-PEM----------PRLFLDLGPPQGNSEQIKA : .:: ...: :.: . : :.. : :. .:.. . . KIAA10 PDESCLSALHNSSDLELRATPEPAQTGVPQQVHPTEDEASSPWSVLNAELSSGDDFETQD 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA18 R---------------LSRLSLALPPLTLTPFPGPGPRRPPWEGADAGAAGGEAGGAGAP :. . :: . :: ..: :: : : ..: KIAA10 DRPCTLASTGTNTNELLAYTNSALDKSLSSHSEGPKLKEPDIEGKYLGKLG--VSGML-- 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA18 GPAEEDGEDEDEDEEE----DEEAAAPGAAAGPRGPGRARAAPVPVVVSSADADAARPLR ::: : ::..:. ::. : . . :::...:. :. : :: KIAA10 -DLSEDGMDADEEDENSDDSDEDLRAFNLHSLSSESEDETEHPVPIILSNEDG---RHLR 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA18 GLLKSPRGADEPED--SELERKRKMVSFHGDVTVYLFDQETPTNELSVQAPPEGDT-DPS .::: : .:. :. . ....: :.: :::::::::::::.::. : :.. :. KIAA10 SLLK-PTAANAPDPLPEDWKKEKKAVTFFDDVTVYLFDQETPTKELG---PCGGEACGPD 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA18 -TPPAPPT-PPHPATPGDGFPSNDSGFGGSFEWAEDFPLLPPPGPPLCFSRF-SVSPALE . ::: . :. . .. :.: ::.::: .:: : : : . : .:.: KIAA10 LSGPAPASGSPYLSRCINSESSTDEE-GGGFEWDDDFS--PDPFMSKTTSNLLSSKPSLP 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 KIAA18 TPGPPARAPDARPAGPVEN . : KIAA10 STLPAFPSHT 1470 1480 residues in 1 query sequences 1986025 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:20:40 2008 done: Thu Dec 18 15:20:42 2008 Total Scan time: 0.880 Total Display time: 0.240 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]