# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ah02284.fasta.nr -Q ../query/KIAA1881.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1881, 1348 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7817596 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8756+/-0.000194; mu= 3.6777+/- 0.011 mean_var=112.3482+/-22.165, 0's: 36 Z-trim: 79 B-trim: 83 in 2/64 Lambda= 0.121002 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119589620|gb|EAW69214.1| hCG1646516 [Homo sapie (1346) 8227 1448.5 0 gi|109122987|ref|XP_001082322.1| PREDICTED: simila (1337) 6017 1062.7 0 gi|73987118|ref|XP_854446.1| PREDICTED: similar to (1339) 5780 1021.3 0 gi|157041252|ref|NP_065593.2| plasma membrane asso (1403) 4933 873.5 0 gi|148691770|gb|EDL23717.1| plasma membrane associ (1403) 4921 871.4 0 gi|194668812|ref|XP_588231.3| PREDICTED: similar t (1364) 4616 818.1 0 gi|126323216|ref|XP_001374778.1| PREDICTED: simila (1922) 4263 756.6 3.5e-215 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gi|83725227|gb|EAP72377.1| Collagen alpha 2(I) cha (1111) 672 129.6 1.1e-26 gi|49332930|gb|AAT63576.1| collagen-like protein [ (1055) 670 129.2 1.4e-26 gi|116651316|gb|ABK11956.1| Haemagluttinin domain (2778) 675 130.3 1.7e-26 gi|177840721|gb|ACB74973.1| cell wall surface anch (1628) 668 129.0 2.5e-26 gi|193806311|sp|Q7Z5P9.2|MUC19_HUMAN RecName: Full (6254) 674 130.4 3.8e-26 gi|52212878|emb|CAH38912.1| putative membrane-anch (1530) 663 128.1 4.4e-26 gi|52347101|gb|AAU39735.1| hypothetical protein BL (1292) 659 127.4 6.2e-26 gi|115284609|gb|ABI90125.1| Haemagluttinin domain (2493) 663 128.2 6.6e-26 gi|194013512|gb|EDW23077.1| collagen triple helix ( 917) 648 125.4 1.8e-25 gi|126230635|gb|ABN94048.1| haemagglutinin family (1916) 652 126.2 2e-25 gi|77965037|gb|ABB06418.1| YadA/Haemagluttinin lik (1854) 651 126.1 2.2e-25 gi|221119606|ref|XP_002166197.1| PREDICTED: simila (3408) 652 126.4 3.3e-25 gi|184210295|gb|EDU07338.1| haemagglutinin [Burkho (1504) 646 125.1 3.4e-25 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160 170 180 KIAA18 MGAVNLAKGTVQTGVETSKAVLTGTKDAVSTGLTGAVNVARGSIQTGVDTSKTVLTGTKD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 MGAVNLAKGTVQTGVETSKAVLTGTKDAVSTGLTGAVNVARGSIQTGVDTSKTVLTGTKD 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA18 TVCSGVTSAMNVAKGTIQTGVDTSKTVLTGTKDTVCSGVTGAMNVAKGTIQTGVDTSKTV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 TVCSGVTSAMNVAKGTIQTGVDTSKTVLTGTKDTVCSGVTGAMNVAKGTIQTGVDTSKTV 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 KIAA18 LTGTKDTVCSGVTGAMNVAKGTIQTGVDTTKTVLTGTKNTVCSGVTGAVNLAKEAIQGGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 LTGTKDTVCSGVTGAMNVAKGTIQTGVDTTKTVLTGTKNTVCSGVTGAVNLAKEAIQGGL 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 KIAA18 DTTKSMVMGTKDTMSTGLTGAANVAKGAMQTGLNTTQNIATGTKDTVCSGVTGAMNLARG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 DTTKSMVMGTKDTMSTGLTGAANVAKGAMQTGLNTTQNIATGTKDTVCSGVTGAMNLARG 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 KIAA18 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1340 KIAA18 VHQAWQGLEQLLEGLQHNPPLSWLVGPFALPAGGQ ::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 VHQAWQGLEQLLEGLQHNPPLSWLVGPFALPAGGQ 1320 1330 1340 >>gi|109122987|ref|XP_001082322.1| PREDICTED: similar to (1337 aa) initn: 6000 init1: 6000 opt: 6017 Z-score: 5676.5 bits: 1062.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 6364; 79.104% identity (87.910% similar) in 1340 aa overlap (1-1340:4-1244) 10 20 30 40 50 KIAA18 GAKDLVCSKMSRAKDAVSSGVASVVDVAKGVVQGGLDTTRSALTGTKEAVSSGVTGA ::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::::::::::::::.:::::::: gi|109 MASGAKDLVCSKMSRAKDAVSSGMASVVDAAKGVVQGGLDTTRSALTGTKEVVSSGVTGA 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA18 MDMAKGAVQGGLDTSKAVLTGTKDTVSTGLTGAVNVAKGTVQAGVDTTKTVLTGTKDTVT .::::::.:::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::: gi|109 VDMAKGAAQGGLDTSKAVLTGTKDTVSAGLTGAVNVAKGTVQAGVDTTKTVLTGTKDTVT 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 KIAA18 TGVMGAVNLAKGTVQTGVETSKAVLTGTKDAVSTGLTGAVNVARGSIQTGVDTSKTVLTG ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::: gi|109 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