# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ah02167.fasta.huge -Q ../query/KIAA1880.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1880, 642 aa vs ./tmplib.25089 library 1986863 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3568+/-0.00551; mu= 18.7512+/- 0.378 mean_var=105.7534+/-26.936, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 129 in 1/39 Lambda= 0.124717 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0952 ( 539 res) hj05359 ( 539) 321 68.7 1.5e-12 KIAA1129 ( 625 res) hg04330 ( 625) 312 67.2 4.9e-12 KIAA0469 ( 559 res) hg01666 ( 559) 284 62.1 1.5e-10 KIAA1687 ( 728 res) fh26020 ( 728) 259 57.7 4e-09 KIAA1900 ( 582 res) fk07650 ( 582) 256 57.0 5.1e-09 KIAA1309 ( 639 res) fh10381 ( 639) 254 56.7 6.9e-09 KIAA1490 ( 749 res) fj08103 ( 749) 253 56.7 8.6e-09 KIAA1354 ( 632 res) fj01502 ( 632) 233 53.0 9.5e-08 KIAA1378 ( 628 res) fj04831s1 ( 628) 212 49.2 1.3e-06 KIAA0132 ( 637 res) ha01449s1 ( 637) 206 48.1 2.8e-06 KIAA1525 ( 1135 res) fj15588 (1135) 190 45.6 2.8e-05 KIAA0850 ( 644 res) hk05995 ( 644) 184 44.2 4.3e-05 KIAA1921 ( 545 res) fg00938 ( 545) 183 43.9 4.5e-05 KIAA1255 ( 1232 res) hh14633s1 (1232) 156 39.5 0.002 KIAA0878 ( 687 res) hk07361 ( 687) 147 37.5 0.0045 KIAA0717 ( 751 res) fh19258 ( 751) 147 37.6 0.0047 KIAA0997 ( 646 res) hk08613 ( 646) 142 36.6 0.0081 >>KIAA0952 ( 539 res) hj05359 (539 aa) initn: 287 init1: 155 opt: 321 Z-score: 317.3 bits: 68.7 E(): 1.5e-12 Smith-Waterman score: 358; 28.938% identity (59.341% similar) in 273 aa overlap (52-304:123-390) 30 40 50 60 70 KIAA18 NNDYRLFHKMSNSHPLRPFTAVGEIDHVHILSEHIGALLIGEEYGDVTFVVEK----KRF . :. . .. .. ..:: ::: .:. 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KIAA09 QAELALKSEGFCDIDFQTLESILRRETLNAKEIVVFEAALNWAEVECQRQDLALSIENKR 270 280 290 300 310 320 250 260 270 280 290 300 KIAA18 EIMQA----VRLPLMSLTELLNVVRPSGLLSPDAILDAIKVRSESRDMDLNY----RGML ... .:.: :.: .. : . ::.:. . : . . .. .:.. : : KIAA09 KVLGKALYLIRIPTMALDDFANGAAQSGVLTLNETNDIFLWYTAAKKPELQFVSKARKGL 330 340 350 360 370 380 310 320 330 340 350 360 KIAA18 IPEENIATMKYGAQVVKGELKSALLDGDTQNYDLDHGFSRHPIDDDCRSGIEIKLGQPSI .:. KIAA09 VPQRCHRFQSCAYRSNQWRYRGRCDSIQFAVDKRVFIAGFGLYGSSCGSAEYSAKIELKR 390 400 410 420 430 440 >>KIAA1129 ( 625 res) hg04330 (625 aa) initn: 246 init1: 103 opt: 312 Z-score: 307.9 bits: 67.2 E(): 4.9e-12 Smith-Waterman score: 312; 25.329% identity (61.513% similar) in 304 aa overlap (67-358:89-386) 40 50 60 70 80 90 KIAA18 LRPFTAVGEIDHVHILSEHIGALLIGEEYGDVTFVVEKKRFPAHRVILAARCQYFRALLY :: .:.: .. ::::.::: :: :.. 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KIAA11 EALIKNNNTCKDFLIEAMKYHLLPLDQRLLIKNPRTKPRTPVSLPKVMIVVGGQAPKAIR 300 310 320 330 340 350 330 340 350 360 370 380 KIAA18 DGDTQNYDLDH--GFSRHPIDDDCRSGIEIKLGQPSIINHIRILLWDRDSRSYSYFIEVS . . ... :. ... : . ::.:. . :. KIAA11 SVECYDFEEDRWDQIAELP-SRRCRAGVVFMAGHVYAVGGFNGSLRVRTVDVYDGVKDQW 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 KIAA18 MDELDWVRVIDHSQYLCRSWQKLYFPARVCRYIRIVGTHNTVNKIFHIVAFECMFTNKTF KIAA11 TSIASMQERRSTLGAAVLNDLLYAVGGFDGSTGLASVEAYSYKTNEWFFVAPMNTRRSSV 420 430 440 450 460 470 >>KIAA0469 ( 559 res) hg01666 (559 aa) initn: 221 init1: 118 opt: 284 Z-score: 281.1 bits: 62.1 E(): 1.5e-10 Smith-Waterman score: 284; 28.862% identity (58.537% similar) in 246 aa overlap (39-276:26-265) 10 20 30 40 50 60 KIAA18 AENQQIRQLKGKKNNDYRLFHKMSNSHPLRPFTAVGEIDHVHILS--EHIGALLIGEEYG :.... : .: :: . .. : ... KIAA04 RAASLRRPRPRRPRQPIEGAMERPAPLAVLPFSDPAHALSLLRGLSQLRAERKFL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA18 DVTFVVEKKR-FPAHRVILAARCQYFRALLYGGMRESQPEAEIPLQDTTAEAFTMLLKYI :::. . : :::::..::: ::::.. : .:::. : .. :. . . . .:: . KIAA04 DVTLEAAGGRDFPAHRAVLAAASPYFRAMFAGQLRESRAE-RVRLHGVPPDMLQLLLDFS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA18 YTGRATLTDEKEEVLLDFLSLAHKYGFPELEDSTSEYLCTILNIQNVCMTF-DVASLYSL ::::.... .. : :: .: . :: .... . .: :.. : :. . : : .: KIAA04 YTGRVAVSGDNAEPLLRAADLLQ---FPAVKEACGAFLQQQLDLAN-CLDMQDFAEAFSC 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA18 PKLTCMCCMFMDRNAQEVLSSEGFLSLSKTALLNIVLRDSFAAPEKDIFLAL-LNWCKHN :. :. :.. : :..: . : . :: . :.. .:... : : : . . KIAA04 SGLASAAQRFILRHVGE-LGAEQLERLPLARLLRYLRDDGLCVPKEEAAYQLALRWVRAD 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 KIAA18 SKENHA---EIMQAVRLPLMSLTELLNVVRPSGLLSPDAILDAIKVRSESRDMDLNYRGM . : ....:::::.. :: :. :.. KIAA04 PPRRAAHWPQLLEAVRLPFVRRFYLLAHVEAEPLVARCPPCLRLLREARDFQAARYDRHD 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 KIAA18 LIPEENIATMKYGAQVVKGELKSALLDGDTQNYDLDHGFSRHPIDDDCRSGIEIKLGQPS KIAA04 RGPCPRMRPRPSTGLAEILVLVGGCDQDCDELVTVDCYNPQTGQWRYLAEFPDHLGGGYS 290 300 310 320 330 340 >>KIAA1687 ( 728 res) fh26020 (728 aa) initn: 147 init1: 85 opt: 259 Z-score: 255.7 bits: 57.7 E(): 4e-09 Smith-Waterman score: 259; 24.161% identity (58.389% similar) in 298 aa overlap (46-335:172-461) 20 30 40 50 60 70 KIAA18 QLKGKKNNDYRLFHKMSNSHPLRPFTAVGEIDHVHILSEHIGALLIGEEYGDVTFVVEKK :.:.. ... : .. :: ... . KIAA16 DDNIEDSTARLDTQHSEDMNATRSEEQFHVINHAEQTLRKMENYLKEKQLCDVLLIAGHL 150 160 170 180 190 200 80 90 100 110 120 130 KIAA18 RFPAHRVILAARCQYFRALLYGGMRESQPEAEIPLQDTTAEAFTMLLKYIYTGRATLTDE :.::::..:.: .:: :.. . . :.. : :. .. . .:.. :..: ::: : KIAA16 RIPAHRLVLSAVSDYFAAMFTNDVLEAKQE-EVRMEGVDPNALNSLVQYAYTGVLQL--- 210 220 230 240 250 140 150 160 170 180 190 KIAA18 KEEVLLDFLSLAHKYGFPELEDSTSEYLCTILNIQNVCMTF-DVASLYSLPKLTCMCCMF ::... ..:. : . .. : :..: :. .: :. . . .. . .: . . KIAA16 KEDTIESLLAAACLLQLTQVIDVCSNFLIKQLHPSN-CLGIRSFGDAQGCTELLNVAHKY 260 270 280 290 300 310 200 210 220 230 240 250 KIAA18 MDRNAQEVLSSEGFLSLSKTALLNIVLRDSFAAP-EKDIFLALLNWCKHNSKENHAEI-- .. ::.... :: : . . ... :.. .: :. :: ::..: :. .. ..:. KIAA16 TMEHFIEVIKNQEFLLLPANEISKLLCSDDINVPDEETIFHALMQWVGHDVQNRQGELGM 320 330 340 350 360 370 260 270 280 290 300 KIAA18 -MQAVRLPLMSLTELLNVVRPSGLLSPDAILDAIKVRSESRDMDL--NYRGMLI-PEENI .. .::::. .:: .. :.... : :. :. :. . : . :.:. :. . KIAA16 LLSYIRLPLLP-PQLLADLETSSMFTGD--LECQKLLMEAMKYHLLPERRSMMQSPRTKP 380 390 400 410 420 430 310 320 330 340 350 360 KIAA18 ATMKYGAQVVKGELKSALLDGDTQNYDLDHGFSRHPIDDDCRSGIEIKLGQPSIINHIRI :: . : . . ..::: KIAA16 RKSTVGALYAVGGMDAMKGTTTIEKYDLRTNSWLHIGTMNGRRLQFGVAVIDNKLYVVGG 440 450 460 470 480 490 >>KIAA1900 ( 582 res) fk07650 (582 aa) initn: 202 init1: 110 opt: 256 Z-score: 253.7 bits: 57.0 E(): 5.1e-09 Smith-Waterman score: 256; 29.126% identity (60.680% similar) in 206 aa overlap (67-268:5-206) 40 50 60 70 80 90 KIAA18 LRPFTAVGEIDHVHILSEHIGALLIGEEYGDVTFVVEKKRFPAHRVILAARCQYFRALLY :.:...:...: ::...::: .::::.. KIAA19 GILCDITLIAEEQKFHAHKAVLAACSDYFRAMFS 10 20 30 100 110 120 130 140 150 KIAA18 GGMRESQPEAEIPLQDTTAEAFTMLLKYIYTGRATLTDEKEEVLLDFLSLAHKYGFPELE : :: . :. :. .:. .. . :.. :::. : . :. : :. . . . :: KIAA19 LCMVESGAD-EVNLHGVTSLGLKQALEFAYTGQILL---EPGVIQDVLAAGSHLQLLELL 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 210 KIAA18 DSTSEYLCTILNIQNVCMTFDVASLYSLPKLTCMCCMFMDRNAQEVLSS--EGFLSLSKT . :.:: :: : . .:.:..: : :. .. .:.:.: : :.: KIAA19 NLCSHYLIQELNSFNYLDLYRLADLFNLTLLEKAVIDFLVKHLSELLKSRPEEVLTLPYC 100 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 KIAA18 ALLNIVLRDSFAA-PEKDIFLALLNWCKHNSKENHA-EIMQAVRLPLMSLTELLNVVRPS : ... : ... :..:. . : .:: . .. :..: .:. ::.. : .: KIAA19 LLQEVLKSDRLTSLSEEQIWQLAVRWLEHNCHYQYMDELLQYIRFGLMDVDTLHTVALSH 160 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 KIAA18 GLLSPDAILDAIKVRSESRDMDLNYRGMLIPEENIATMKYGAQVVKGELKSALLDGDTQN KIAA19 PLVQASETATALVNEALEYHQSIYAQPVWQTRRTKPRFQSDTLYIIGGKKREVCKVKELR 220 230 240 250 260 270 >>KIAA1309 ( 639 res) fh10381 (639 aa) initn: 142 init1: 106 opt: 254 Z-score: 251.4 bits: 56.7 E(): 6.9e-09 Smith-Waterman score: 254; 24.453% identity (53.650% similar) in 274 aa overlap (10-278:23-289) 10 20 30 40 KIAA18 AQESKPWFAENQQIRQLKGKKNNDYRLFHKMSNSHPLRPFTAVGEID :.:... : .. . :.. : : ::. KIAA13 IVQVLISPSFLCKKTFRSLVEEEDQHMKLSLGGSEMGLSSHLQSSKAGPTRIFTSN---T 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 KIAA18 HVHILSEHIGALLIGEEYGDVTFVV--EKKRFPAHRVILAARCQYFRALLYGGMRESQPE : .. . . : . :::.. ::.:::..:. .::.:.. :::.: : KIAA13 HSSVVLQGFDQLRLEGLLCDVTLMPGDTDDAFPVHRVMMASASDYFKAMFTGGMKE-QDL 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 KIAA18 AEIPLQDTTAEAFTMLLKYIYTGRATLTDEKEEVLLDFLSLAHKYGFPELEDSTSEYLCT : :. .. .. .. .:::.. .:. .. : : : : . . : . .: . KIAA13 MCIKLHGVSKVGLRKIIDFIYTAKLSLNMDN---LQDTLEAASFLQILPVLDFCKVFLIS 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 KIAA18 ILNIQNVCMTFDVASLYSLPKLTCMCCMFMDRNAQEVLSSEGFLSLSKTALLNIVLRDSF ....: . .:. :.: .. . :. .: .::. ::.: : .. .:. KIAA13 GVTLDNCVEVGRIANTYNLTEVDKYVNSFVLKNFPALLSTGEFLKLPFERLAFVLSSNSL 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 KIAA18 A-APEKDIFLALLNWCKHNSKENH--AEIMQAVRLPLMSLTELLNVVRPSGLLSPDAILD : ..: : : . . . :..:. .:.:::. ::.: :. .. : KIAA13 KHCTELELFKATCRWLRLEEPRMDFAAKLMKNIRFPLMTPQELINYVQTVDFMRTDNTCV 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 KIAA18 AIKVRSESRDMDLNYRGMLIPEENIATMKYGAQVVKGELKSALLDGDTQNYDLDHGFSRH KIAA13 NLLLEASNYQMMPYMQPVMQSDRTAIRSDTTHLVTLGGVLRQQLVVSKELRMYDEKAHEW 300 310 320 330 340 350 >>KIAA1490 ( 749 res) fj08103 (749 aa) initn: 156 init1: 88 opt: 253 Z-score: 249.7 bits: 56.7 E(): 8.6e-09 Smith-Waterman score: 253; 26.104% identity (59.036% similar) in 249 aa overlap (46-285:193-436) 20 30 40 50 60 70 KIAA18 QLKGKKNNDYRLFHKMSNSHPLRPFTAVGEIDHVHILSEHIGALLIGEEYGDVTFVVEKK . :.. ... . : .. :: ..: .. KIAA14 GCGHRLSSTGHSMTPQSDLDSSSSEEFYQAVHHAEQTFRKMESYLKQQQLCDVILIVGNR 170 180 190 200 210 220 80 90 100 110 120 130 KIAA18 RFPAHRVILAARCQYFRALLYGGMRESQPEAEIPLQDTTAEAFTMLLKYIYTGRATLTDE ..::::..:.. .:: :.. . . :.. : :: .. .:. :... ::: : KIAA14 KIPAHRLVLSSVSDYFAAMFTSDVCEAKQE-EIKMEGIDPNALWDLVQFAYTGCLEL--- 230 240 250 260 270 140 150 160 170 180 190 KIAA18 KEEVLLDFLSLAHKYGFPELEDSTSEYLCTILNIQNVCMTFDV-ASLYSLPKLTCMCCMF ::... ..:. : .:.. . ..: .:. .: :. . . :. . .: . . KIAA14 KEDTIENLLAAACLLQLPQVVEVCCHFLMKLLHPSN-CLGIRAFADAQGCIELMKVAHSY 280 290 300 310 320 330 200 210 220 230 240 250 KIAA18 MDRNAQEVLSSEGFLSLSKTALLNIVLRDSFAAP-EKDIFLALLNWCKHN--SKENHAEI .: .::. .. :: : : ... :. .: :. :: ::. : :.. :. : . 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KIAA13 KVSLGNGEMGVSAHLQPCKAGTTRFFTSNTHSSVVLQGFDQLRIEGLLCDVTLVPGDGDE 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 KIAA18 RFPAHRVILAARCQYFRALLYGGMRESQPEAEIPLQDTTAEAFTMLLKYIYTGRATLTDE ::.::...:. .::.:.. :::.: : : :. .. .. .. .:::.. .:. . KIAA13 IFPVHRAMMASASDYFKAMFTGGMKE-QDLMCIKLHGVNKVGLKKIIDFIYTAKLSLNMD 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 KIAA18 KEEVLLDFLSLAHKYGFPELEDSTSEYLCTILNIQNVCMTFDVASLYSLPKLTCMCCMFM . : : : : . . : . .: . ....: . .:. :.: .. . :. 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