# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/aj00563.fasta.nr -Q ../query/KIAA1862.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1862, 1070 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7805004 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5660+/-0.000211; mu= 9.1880+/- 0.012 mean_var=156.3171+/-29.613, 0's: 32 Z-trim: 85 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.102582 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|116292168|ref|NP_115923.2| KRAB A domain contai (1030) 7383 1105.4 0 gi|148744398|gb|AAI42723.1| KRBA1 protein [Homo sa (1029) 7370 1103.5 0 gi|21619939|gb|AAH33229.1| KRBA1 protein [Homo sap ( 669) 3224 489.7 2.1e-135 gi|194666576|ref|XP_590551.4| PREDICTED: similar t (1286) 1575 246.0 9.5e-62 gi|148666109|gb|EDK98525.1| RIKEN cDNA A930040G15, (1033) 1272 201.1 2.6e-48 gi|7670352|dbj|BAA95028.1| unnamed protein product (1032) 1195 189.7 7e-45 gi|81892094|sp|Q6NXZ1.1|KRBA1_MOUSE RecName: Full= (1043) 1167 185.5 1.2e-43 gi|148666107|gb|EDK98523.1| RIKEN cDNA A930040G15, (1084) 1165 185.2 1.6e-43 gi|148666108|gb|EDK98524.1| RIKEN cDNA A930040G15, (1085) 1165 185.2 1.6e-43 gi|149033474|gb|EDL88275.1| rCG52489 [Rattus norve (1036) 1084 173.2 6.2e-40 gi|220976661|gb|EED94988.1| predicted protein [Tha (1964) 446 79.1 2.5e-11 gi|41400384|gb|AAS07044.1| plus agglutinin [Chlamy (3409) 441 78.6 6.1e-11 gi|209585698|gb|ACI64383.1| predicted protein [Tha (3283) 438 78.2 8.1e-11 gi|163965366|ref|NP_001106674.1| nascent polypepti (2078) 433 77.2 9.9e-11 gi|57472005|gb|AAW51128.1| minus agglutinin [Chlam (4027) 431 77.2 1.9e-10 gi|62666698|ref|XP_343779.2| PREDICTED: similar to (1691) 422 75.5 2.7e-10 gi|190651431|gb|EDV48686.1| GG16758 [Drosophila er (2704) 412 74.2 1e-09 gi|169213638|ref|XP_001719334.1| PREDICTED: hypoth (1152) 403 72.5 1.4e-09 gi|194182206|gb|EDW95817.1| osa [Drosophila yakuba (2686) 400 72.5 3.5e-09 gi|169213710|ref|XP_001719305.1| PREDICTED: simila (1148) 388 70.3 6.7e-09 gi|18157524|dbj|BAB83839.1| COL11A2 [Oryzias latip (1827) 390 70.8 7.5e-09 gi|73986999|ref|XP_542078.2| PREDICTED: similar to (1760) 387 70.3 9.9e-09 gi|62086220|dbj|BAD91585.1| procollagen alpha 3(V) (1748) 384 69.9 1.3e-08 gi|62122588|dbj|BAD93256.1| COL11A2 [Oryzias latip (1827) 384 69.9 1.4e-08 gi|52350622|gb|AAH82788.1| Col4a5 protein [Mus mus (1691) 381 69.4 1.8e-08 gi|189521702|ref|XP_001921618.1| PREDICTED: collag (1684) 379 69.1 2.2e-08 gi|124481619|gb|AAI33084.1| Zgc:158335 protein [Da (1736) 376 68.7 3e-08 gi|50502|emb|CAA29946.1| unnamed protein product [ (1154) 372 67.9 3.5e-08 gi|149744966|ref|XP_001490469.1| PREDICTED: simila (1685) 374 68.4 3.7e-08 gi|149744963|ref|XP_001490514.1| PREDICTED: simila (1688) 374 68.4 3.7e-08 gi|149744960|ref|XP_001490495.1| PREDICTED: simila (1691) 374 68.4 3.7e-08 gi|109131884|ref|XP_001098546.1| PREDICTED: simila (1691) 372 68.1 4.5e-08 gi|10179322|dbj|BAB13673.1| type IV collagen alpha (1691) 372 68.1 4.5e-08 gi|1314210|gb|AAA99480.1| alpha-5 type IV collagen (1604) 371 67.9 4.8e-08 gi|28923412|gb|EAA32597.1| hypothetical protein NC (1200) 369 67.5 4.9e-08 gi|119623090|gb|EAX02685.1| collagen, type IV, alp (1268) 366 67.1 6.9e-08 gi|119623091|gb|EAX02686.1| collagen, type IV, alp (1283) 366 67.1 6.9e-08 gi|27461187|gb|AAL83712.1| type IV collagen alpha (1684) 366 67.2 8.3e-08 gi|461675|sp|P29400.2|CO4A5_HUMAN RecName: Full=Co (1685) 366 67.2 8.3e-08 gi|15890088|ref|NP_203700.1| type IV collagen alph (1688) 366 67.2 8.3e-08 gi|119623089|gb|EAX02684.1| collagen, type IV, alp (1690) 366 67.2 8.3e-08 gi|7676171|gb|AAF66217.2| type IV collagen alpha 5 (1691) 366 67.2 8.3e-08 gi|62512176|sp|Q28247.2|CO4A5_CANFA RecName: Full= (1691) 365 67.1 9.2e-08 gi|193913360|gb|EDW12227.1| GI17572 [Drosophila mo ( 771) 350 64.5 2.5e-07 gi|159105049|gb|EDP43935.1| hypothetical protein M (1701) 351 65.0 3.9e-07 gi|62822121|gb|AAY14670.1| unknown [Homo sapiens] (1324) 349 64.6 4e-07 gi|119591251|gb|EAW70845.1| collagen, type IV, alp (1687) 349 64.7 4.8e-07 gi|145559456|sp|P53420.2|CO4A4_HUMAN RecName: Full (1690) 349 64.7 4.8e-07 gi|574806|emb|CAA56943.1| type IV collagen alpha 4 (1690) 349 64.7 4.8e-07 gi|116256356|ref|NP_000083.3| alpha 4 type IV coll (1690) 349 64.7 4.8e-07 >>gi|116292168|ref|NP_115923.2| KRAB A domain containing (1030 aa) initn: 7383 init1: 7383 opt: 7383 Z-score: 5911.4 bits: 1105.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 7383; 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