# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk03350.fasta.huge -Q ../query/KIAA1857.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1857, 549 aa vs ./tmplib.25089 library 1986956 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.0622+/-0.00545; mu= 20.0361+/- 0.373 mean_var=98.7229+/-22.580, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.129082 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0976 ( 386 res) hj06950 ( 386) 1491 288.0 9e-79 KIAA1907 ( 1737 res) ah00504 (1737) 470 98.8 3.4e-21 KIAA0818 ( 375 res) hj00220 ( 375) 258 58.3 1.2e-09 KIAA1780 ( 1192 res) pf01012 (1192) 216 51.3 4.8e-07 KIAA1781 ( 974 res) fg06971(revised) ( 974) 205 49.1 1.8e-06 KIAA0533 ( 1645 res) hg03784 (1645) 203 49.1 3.1e-06 KIAA0534 ( 1028 res) hg03820s1 (1028) 188 46.0 1.7e-05 KIAA1127 ( 2144 res) bf00005 (2144) 183 45.5 4.7e-05 KIAA0149 ( 830 res) ha01221 ( 830) 174 43.2 9.1e-05 KIAA0812 ( 1364 res) hg01044 (1364) 176 43.9 9.1e-05 KIAA0246 ( 2589 res) ef02679 (2589) 167 42.7 0.00041 KIAA0817 ( 2785 res) hg01392s2 (2785) 158 41.1 0.0014 KIAA2036 ( 1322 res) pf06513 (1322) 152 39.4 0.002 KIAA1776 ( 2816 res) fh11044s3 (2816) 147 39.0 0.0056 KIAA1455 ( 2450 res) ef02451 (2450) 146 38.7 0.0059 >>KIAA0976 ( 386 res) hj06950 (386 aa) initn: 1486 init1: 871 opt: 1491 Z-score: 1506.1 bits: 288.0 E(): 9e-79 Smith-Waterman score: 1491; 57.478% identity (83.578% similar) in 341 aa overlap (32-371:46-385) 10 20 30 40 50 60 KIAA18 RRCLSRASLGRASADCAAMLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPK ::. : ::.::. . :.:: .:...::::. 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KIAA17 GDGCQLPCTCQNGADCHSITGGCTCAPGFMGEVCAVSCAAGTYGPNCSSICSCNNGGT-- 330 340 350 360 370 380 440 450 460 470 480 490 KIAA18 DRCNET-GFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGTCLQ-NQRCA :. . : : :.:: : : :. : .: ... : ::..: . :. KIAA17 --CSPVDGSCTCKEGWQGLDCTLPCPSGTWGLNC------NESCTCANGAACSPIDGSCS 390 400 410 420 430 500 510 520 530 540 KIAA18 CPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGL------DCDRAPGAAPRPATLLGCLLLLGLAARLGR : :. : :: : : : : :: ::..: : : KIAA17 CTPGWLGDTCELP-C-P-DGTFGLNCSEHCDCSHADGCDPVTGHCCCLAGWTGIRCDSTC 440 450 460 470 480 490 KIAA17 PPGRWGPNCSVSCSCENGGSCSPEDGSCECAPGFRGPLCQRICPPGFYGHGCAQPCPLCV 500 510 520 530 540 550 >>KIAA0533 ( 1645 res) hg03784 (1645 aa) initn: 108 init1: 75 opt: 203 Z-score: 203.9 bits: 49.1 E(): 3.1e-06 Smith-Waterman score: 215; 33.028% identity (53.211% similar) in 109 aa overlap (404-506:1-93) 380 390 400 410 420 430 KIAA18 CYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYR-NGSAELDDENVCIECNCNQ :..:. :.. :: . : : :. 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KIAA05 DPHTGRCNCPPGLSGERCDTCSQQHQVPVPGGPVGHSIHCEVCDHCVVLLLDDLERAGAL 80 90 100 110 120 130 >>KIAA0534 ( 1028 res) hg03820s1 (1028 aa) initn: 132 init1: 91 opt: 188 Z-score: 190.7 bits: 46.0 E(): 1.7e-05 Smith-Waterman score: 199; 25.123% identity (47.783% similar) in 203 aa overlap (304-480:577-765) 280 290 300 310 320 330 KIAA18 RLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKCNLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGP :.: . .. :: .. : : . : KIAA05 NCTSNGMECMWCSSTKRCVDSNAYIISFPYGQC-LEWQTATCSPQNCSGLRTCGQCLEQP 550 560 570 580 590 600 340 350 360 370 KIAA18 DCGKCK---KNFRTRSWRAGSYLPLP-----HG----SPNACAAAGSF-------GNCEC :: :. .. : . ...: :. :. . : : .. :.: KIAA05 GCGWCNDPSNTGRGHCIEGSSRGPMKLIGMHHNEMVLDTNLCPKEKNYEWSFIQCPACQC 610 620 630 640 650 660 380 390 400 410 420 430 KIAA18 YGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIECNCNQIG :::. : .: .: .::. : :..:: : ::: . . . . : :.:. . 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