# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh03203.fasta.huge -Q ../query/KIAA1856.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1856, 1134 aa vs ./tmplib.25089 library 1986371 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.3110+/-0.0142; mu= -35.4964+/- 0.960 mean_var=893.6015+/-212.462, 0's: 0 Z-trim: 28 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.042904 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1306 ( 1154 res) fh05845 (1154) 377 39.6 0.0033 KIAA1205 ( 1217 res) fg03511a (1217) 360 38.5 0.007 KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421) 358 38.5 0.0086 >>KIAA1306 ( 1154 res) fh05845 (1154 aa) initn: 433 init1: 158 opt: 377 Z-score: 149.5 bits: 39.6 E(): 0.0033 Smith-Waterman score: 437; 24.696% identity (48.043% similar) in 741 aa overlap (493-1134:368-1087) 470 480 490 500 510 KIAA18 ALIGMGKARGRNQTWDEHEASSDFISQLKIKKKKMASDQE-QLASKLDKALSLTKQ---- .. ::.. :. .:...:. :.. . 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