# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj04155.fasta.nr -Q ../query/KIAA1853.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1853, 708 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7802791 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9141+/-0.000213; mu= 9.9690+/- 0.012 mean_var=162.3452+/-29.677, 0's: 46 Z-trim: 122 B-trim: 60 in 2/64 Lambda= 0.100659 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|9280114|dbj|BAB01611.1| unnamed protein product ( 375) 1969 298.3 3.4e-78 gi|149063519|gb|EDM13842.1| similar to RIKEN cDNA ( 193) 1120 174.6 3e-41 gi|47221505|emb|CAG08167.1| unnamed protein produc ( 732) 915 145.6 6.1e-32 gi|158854042|ref|NP_001103669.1| hypothetical prot ( 653) 778 125.6 5.5e-26 gi|81873343|sp|Q80WV7.1|SRR2L_MOUSE RecName: Full= ( 648) 767 124.0 1.7e-25 gi|12836774|dbj|BAB23809.1| unnamed protein produc ( 131) 740 119.2 9.8e-25 gi|47223752|emb|CAF98522.1| unnamed protein produc ( 611) 702 114.5 1.1e-22 gi|109497194|ref|XP_001077322.1| PREDICTED: simila ( 676) 636 105.0 9.1e-20 gi|109495573|ref|XP_001065654.1| PREDICTED: hypoth ( 498) 631 104.1 1.3e-19 gi|5821145|dbj|BAA83714.1| RNA binding protein [Ho ( 956) 616 102.3 8.4e-19 gi|47124032|gb|AAH70050.1| SRRM2 protein [Homo sap (1022) 616 102.4 8.7e-19 gi|119605885|gb|EAW85479.1| serine/arginine repeti (2662) 618 103.2 1.3e-18 gi|126335335|ref|XP_001371550.1| PREDICTED: simila (2785) 618 103.2 1.3e-18 gi|119605889|gb|EAW85483.1| serine/arginine repeti (2237) 616 102.8 1.4e-18 gi|119605884|gb|EAW85478.1| serine/arginine repeti (2334) 616 102.8 1.4e-18 gi|119605888|gb|EAW85482.1| serine/arginine repeti (2340) 616 102.8 1.4e-18 gi|119605887|gb|EAW85481.1| serine/arginine repeti (2341) 616 102.8 1.4e-18 gi|168272954|dbj|BAG10316.1| serine/arginine repet (2752) 616 102.9 1.6e-18 gi|143928063|sp|Q9UQ35.2|SRRM2_HUMAN RecName: Full (2752) 616 102.9 1.6e-18 gi|5821153|dbj|BAA83718.1| RNA binding protein [Ho (2752) 616 102.9 1.6e-18 gi|49900024|gb|AAH77021.1| LOC447963 protein [Xeno ( 156) 588 97.2 4.8e-18 gi|74221393|dbj|BAE42172.1| unnamed protein produc ( 745) 579 96.8 3e-17 gi|215274232|sp|A6NNA2.4|SRR2L_HUMAN RecName: Full ( 597) 568 95.1 8e-17 gi|109487812|ref|XP_220207.4| PREDICTED: similar t (2707) 567 95.8 2.2e-16 gi|32492931|gb|AAN05090.1| MU-MB-2.76 [Homo sapien ( 90) 539 89.8 4.8e-16 gi|149269767|ref|XP_001478231.1| PREDICTED: hypoth ( 776) 529 89.6 4.7e-15 gi|210103170|gb|EEA51209.1| hypothetical protein B ( 819) 515 87.6 2e-14 gi|18848286|gb|AAH24130.1| 1500001A10Rik protein [ ( 120) 501 84.4 2.6e-14 gi|109463712|ref|XP_001078830.1| PREDICTED: hypoth ( 426) 502 85.3 5e-14 gi|114614143|ref|XP_531037.2| PREDICTED: hypotheti ( 377) 501 85.1 5.1e-14 gi|149463902|ref|XP_001506662.1| PREDICTED: simila (2677) 506 86.9 1e-13 gi|109066255|ref|XP_001114825.1| PREDICTED: hypoth ( 549) 496 84.6 1.1e-13 gi|148690326|gb|EDL22273.1| serine/arginine repeti (2532) 505 86.8 1.1e-13 gi|73957778|ref|XP_849954.1| PREDICTED: similar to ( 440) 493 84.0 1.3e-13 gi|126157504|ref|NP_780438.2| serine/arginine repe (2607) 499 85.9 2e-13 gi|115757111|ref|XP_793342.2| PREDICTED: hypotheti (1030) 489 83.9 3.1e-13 gi|26354955|dbj|BAC41104.1| unnamed protein produc (2607) 491 84.7 4.4e-13 gi|114152161|sp|Q8BTI8.2|SRRM2_MOUSE RecName: Full (2703) 491 84.8 4.5e-13 gi|134065504|emb|CAM43271.1| proteophosphoglycan p (5384) 491 85.2 6.8e-13 gi|211904131|ref|NP_001122837.2| splicing factor, ( 813) 479 82.3 7.4e-13 gi|126343180|ref|XP_001373977.1| PREDICTED: hypoth (1008) 476 82.0 1.1e-12 gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 484 84.0 1.2e-12 gi|51261410|gb|AAH79975.1| LOC446275 protein [Xeno ( 893) 472 81.4 1.6e-12 gi|119888778|ref|XP_001252332.1| PREDICTED: simila ( 915) 472 81.4 1.6e-12 gi|194388488|dbj|BAG60212.1| unnamed protein produ ( 730) 469 80.8 1.9e-12 gi|5821143|dbj|BAA83713.1| RNA binding protein [Ho (1262) 471 81.4 2.2e-12 gi|70905642|gb|AAZ14281.1| proteophosphoglycan 5 [ (17392) 486 85.1 2.3e-12 gi|70905641|gb|AAZ14280.1| proteophosphoglycan ppg (7194) 472 82.6 5.5e-12 gi|119888780|ref|XP_001252359.1| PREDICTED: simila ( 901) 458 79.3 6.5e-12 gi|189442285|gb|AAI67594.1| LOC100170551 protein [ ( 909) 457 79.2 7.3e-12 >>gi|9280114|dbj|BAB01611.1| unnamed protein product [Ma (375 aa) initn: 1969 init1: 1969 opt: 1969 Z-score: 1560.0 bits: 298.3 E(): 3.4e-78 Smith-Waterman score: 1969; 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