# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj04155.fasta.huge -Q ../query/KIAA1853.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1853, 708 aa vs ./tmplib.25089 library 1986797 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.9107+/-0.0103; mu= -15.8833+/- 0.695 mean_var=490.4402+/-119.179, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.057914 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 616 66.6 3.5e-11 KIAA0536 ( 1028 res) hg03863 (1028) 403 48.4 4e-06 KIAA0553 ( 1450 res) pf08859 (1450) 311 40.9 0.001 >>KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800 aa) initn: 1124 init1: 248 opt: 616 Z-score: 292.6 bits: 66.6 E(): 3.5e-11 Smith-Waterman score: 646; 31.760% identity (56.987% similar) in 551 aa overlap (187-708:217-737) 160 170 180 190 200 210 KIAA18 SEKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKK . .: .... . :. . ::::::. : . 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KIAA05 FPFLLFMRASEQMDGDNTTHPKNAPESKKG-SSPKPKSCIKAAASQGAEKTVSEVSEQPK 360 370 380 390 400 410 150 160 170 180 190 KIAA18 TEPQNNPVVPAQDGPSEK-LGQHLATEPLGTNSWERDKT--C-----RELG-ATRGHSAS ...: :.. . ..: :: .. . : ..: . ..: : .: . :: . . : KIAA05 ETSMTEPSEPGSKAEAKKALGGDVSDQSLESHSQKVSETQMCESNSSKETSLATPAGKES 420 430 440 450 460 470 200 210 220 230 240 KIAA18 HDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTR----------KKRRRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRR .. : .: .:: : . : ::: .:. : : .: : KIAA05 QEGPKHPTGPFFPVLSKDESTALQWPSELLIFTKAEPSISYSCNPLYFDFKLSRNKDART 480 490 500 510 520 530 250 260 270 280 290 KIAA18 RSFSKKRR-HSSSSPKSKRRDEKRHKKQSRSRPRKSHRHRHHR---------CPSRSQSS .. : . :::. . . : . .:... .: : : : . ... KIAA05 KGTEKPKDIGSSSKDHLQGLDPGEPNKSKEVGGEKIVRSSGGRMDAPASGSACSGLNKQE 540 550 560 570 580 590 300 310 320 330 340 350 KIAA18 ESRPSSCESRHRGRS-PEEGQKSRRRHSRRCSKTLCKDSPEAQSSRPPSQPLQMLGYLSA . . :.. ::: : . ..: . : .. .: :.: . .. . .. . . . KIAA05 PGGSHGSETEDTGRSLPSKKERSGKSHRHKKKKKHKKSSKHKRKHKADTEEKSSKAESGE 600 610 620 630 640 650 360 370 380 390 400 410 KIAA18 RGVITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPSTQTSSARSRGQEKGSPSG .. . . .:...: . :: . : :. . .:: . :.. .:... : KIAA05 KSKKRKKRKRKK--NKSSAPADSERGPKPE-PPGSGSPAPPRRRRR-AQDDSQRRSLP-- 660 670 680 690 700 420 430 440 450 460 KIAA18 GLSKSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGRESRGFQSP--CLECAEVK ..: .::. ...:.. :: :..: ::. .: : : . : .: KIAA05 ----AEEGSSGKKDEGGGG---SSSQDHG-----------GRKHKGELPPSSCQRRAGTK 710 720 730 740 750 470 480 490 500 510 520 KIAA18 KSSLVPSTARSSPMKGCSRSSSYASTR-----SSSHSSRSPNPRASPRYTQSRSTSSEKR .:: :. ::.: .: :.. .: : :..: . . .. ....::: :.... 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KIAA05 RSTT-AHSWQRSRSYSRDRSRSTRSPSQRS---GSRKRSWGHESPEER-HSGRRDFIRSK 930 940 950 960 970 KIAA18 SYSSTRR : : KIAA05 IYRSQSPHYFRSGRGEGPGKKDDGRGDDSKATGPPSQNSNIGTGRGSEGDCSPEDKNSVT 980 990 1000 1010 1020 1030 708 residues in 1 query sequences 1986797 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:32 2008 done: Thu Dec 18 15:19:32 2008 Total Scan time: 0.560 Total Display time: 0.110 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]