# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf01011.fasta.nr -Q ../query/KIAA1840.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1840, 2443 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7827194 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2137+/-0.000183; mu= 16.3138+/- 0.010 mean_var=76.4255+/-15.100, 0's: 30 Z-trim: 32 B-trim: 2951 in 1/65 Lambda= 0.146708 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 44, opt: 32, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|93204888|ref|NP_079413.3| spastic paraplegia 11 (2443) 16279 3456.8 0 gi|194206702|ref|XP_001918246.1| PREDICTED: simila (2507) 14311 3040.3 0 gi|74000443|ref|XP_544657.2| PREDICTED: similar to (2458) 13967 2967.5 0 gi|119903037|ref|XP_869859.2| PREDICTED: spastic p (2499) 13523 2873.5 0 gi|123211647|emb|CAM21781.1| spastic paraplegia 11 (2430) 12539 2665.2 0 gi|147733401|sp|Q3UHA3.2|SPTCS_MOUSE RecName: Full (2430) 12535 2664.4 0 gi|74184698|dbj|BAE27954.1| unnamed protein produc (2430) 12515 2660.1 0 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protein produc ( 384) 2351 508.3 7.3e-141 gi|67970227|dbj|BAE01457.1| unnamed protein produc ( 570) 2151 466.1 5.5e-128 gi|26339930|dbj|BAC33628.1| unnamed protein produc ( 496) 2117 458.8 7.2e-126 gi|26340358|dbj|BAC33842.1| unnamed protein produc ( 472) 2049 444.4 1.5e-121 gi|38174036|gb|AAH61290.1| Hypothetical protein MG ( 474) 1861 404.6 1.4e-109 gi|189537141|ref|XP_001333334.2| PREDICTED: simila (1014) 1863 405.3 1.9e-109 gi|148669039|gb|EDL01096.1| mCG11605 [Mus musculus ( 248) 1526 333.5 1.9e-88 gi|149269745|ref|XP_001477550.1| PREDICTED: hypoth ( 261) 1526 333.5 2e-88 gi|82887433|ref|XP_909344.1| PREDICTED: hypothetic ( 267) 1526 333.5 2e-88 gi|47209696|emb|CAF89880.1| unnamed protein produc (1946) 1452 318.5 4.8e-83 gi|210082599|gb|EEA31293.1| hypothetical protein B (2459) 896 200.9 1.5e-47 gi|156224786|gb|EDO45609.1| predicted protein [Nem ( 353) 766 172.8 6.7e-40 gi|190586879|gb|EDV26932.1| hypothetical protein T (2431) 734 166.6 3.2e-37 gi|215505724|gb|EEC15218.1| 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(1819) 347 84.6 1.2e-12 gi|54635686|gb|EAL25089.1| GA12346 [Drosophila pse (1819) 343 83.8 2.1e-12 gi|190622098|gb|EDV37622.1| GF11325 [Drosophila an (1813) 334 81.9 7.8e-12 gi|91087511|ref|XP_968977.1| PREDICTED: similar to (1580) 331 81.2 1.1e-11 >>gi|93204888|ref|NP_079413.3| spastic paraplegia 11 (au (2443 aa) initn: 16279 init1: 16279 opt: 16279 Z-score: 18606.1 bits: 3456.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 16279; 99.959% identity (99.959% similar) in 2443 aa overlap (1-2443:1-2443) 10 20 30 40 50 60 KIAA18 MAAEEGVASAASAGGSWGTAAMGRVLPMLLVPVPAEAMGQLGSRAQLRTQPEALGSLTAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|932 MAAEEGVASAASAGGSWGTAAMGRVLPMLLVPVPAEAMGQLGSRAQLRTQPEALGSLTAA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 KIAA18 GSLQVLSLTPGSRGGGRCCLEGPFWHFLWEDSRNSSTPTEKPKLLALGENYELLIYEFNL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|932 GSLQVLSLTPGSRGGGRCCLEGPFWHFLWEDSRNSSTPTEKPKLLALGENYELLIYEFNL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 KIAA18 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