# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk01409.fasta.huge -Q ../query/KIAA1827.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1827, 469 aa vs ./tmplib.25089 library 1987036 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4106+/-0.00591; mu= 8.2957+/- 0.401 mean_var=163.3513+/-43.099, 0's: 0 Z-trim: 77 B-trim: 16 in 1/39 Lambda= 0.100349 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 2140 322.7 5.5e-89 KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 1948 294.9 1.2e-80 KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 1884 285.6 7.5e-78 KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 1850 280.8 2.4e-76 KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 1812 275.1 9.2e-75 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 1791 272.0 7.5e-74 KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 1755 267.1 3.6e-72 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 1714 260.9 1.8e-70 KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 1699 258.7 7.5e-70 KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 1639 250.0 3.1e-67 KIAA0798 ( 682 res) hk06584 ( 682) 1630 248.8 8.3e-67 KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 1624 247.8 1.3e-66 KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 1625 248.3 1.6e-66 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 1618 247.2 3.2e-66 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 1574 240.6 2.1e-64 KIAA0961 ( 530 res) hj05830 ( 530) 1569 239.8 3.3e-64 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 1550 237.1 2.3e-63 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 1543 236.0 4.3e-63 KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 1526 233.8 2.9e-62 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 1521 232.8 4e-62 KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 1505 230.6 2.1e-61 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 1484 227.5 1.8e-60 KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 1428 219.4 4.7e-58 KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 1411 217.0 2.8e-57 KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 1408 216.7 4.1e-57 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 1361 210.0 4.9e-55 KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 1315 203.0 3.7e-53 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 1311 202.5 6.3e-53 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 1301 201.0 1.6e-52 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 1269 196.3 3.6e-51 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 1216 188.6 7.6e-49 KIAA0972 ( 702 res) hj06859 ( 702) 1192 185.4 1e-47 KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 1171 182.5 9.9e-47 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 1099 171.8 1.1e-43 KIAA1015 ( 841 res) hk03609(revised) ( 841) 1048 164.7 2.2e-41 KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 878 139.7 4e-34 KIAA1339 ( 409 res) fj00071 ( 409) 773 124.4 1.4e-29 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 755 122.1 1.2e-28 KIAA1979 ( 309 res) fj09511 ( 309) 719 116.4 2.7e-27 KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 675 110.5 3.3e-25 KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 620 102.4 7.3e-23 KIAA1951 ( 679 res) fj05532 ( 679) 563 94.3 2.6e-20 KIAA0236 ( 1696 res) ha04654 (1696) 559 94.3 6.5e-20 KIAA1675 ( 1286 res) ae00102 (1286) 535 90.7 6.2e-19 KIAA0478 ( 1253 res) hh05955 (1253) 515 87.8 4.5e-18 KIAA1285 ( 785 res) hh11563(revised) ( 785) 486 83.3 6.5e-17 KIAA0287 ( 1523 res) fg06332 (1523) 481 83.0 1.5e-16 KIAA1388 ( 599 res) fj06552 ( 599) 467 80.3 3.8e-16 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 451 78.1 1.9e-15 KIAA0296 ( 1838 res) hf00260 (1838) 426 75.1 4.2e-14 >>KIAA1611 ( 813 res) fj12627 (813 aa) initn: 9693 init1: 2007 opt: 2140 Z-score: 1689.5 bits: 322.7 E(): 5.5e-89 Smith-Waterman score: 2140; 61.771% identity (83.369% similar) in 463 aa overlap (8-469:317-779) 10 20 30 KIAA18 STHASDNFDHAPLLPQEQKAHIREKAYKCNEHGQVFR : : : ... : :: ::::: :..:: KIAA16 KTFTVRSNLTIHQVIHTGEKPYKCHECGKVFRHNSYLATHRRIHTGEKPYKCNECGKAFR 290 300 310 320 330 340 40 50 60 70 80 90 KIAA18 ASASLT-NQVIHNADNPYKCSECGKVFSCSSKLVIHRRMHTGEKPYKCHECGKLFSSNSN . ..:: .:.::....:.::.::::.:. .:.:. : :.:::::::::.:::: :: :. 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KIAA13 QPSYLSQHKKIHTGEKPYKCNECGKAFIASSSLMVHQRIHTKEKPYQCNVCGKSFSQCAR 210 220 230 240 250 260 100 110 120 130 140 150 KIAA18 LSQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFRSSSKLAQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFNQIAHLVRH :.:::::.:::::::: :: :.: ..::::.::. :.::::::: .: :.: . ..: : KIAA13 LNQHQRIQTGEKPYKCSECGKAFSDKSKLARHQETHNGEKPYKCDDCGKAFRNKSYLSVH 270 280 290 300 310 320 160 170 180 190 200 210 KIAA18 QKIHTGEKPYSCNKCGKVFSRHSYLAEHQTVHTGEKPYKCEECGKAFSVRSSLITHQLIH :: :: ::::.::.::: :. . . :: .::::::..:.:::::. ::::.: : KIAA13 QKTHTEEKPYQCNECGKSFKNTTIFNVHQRIHTGEKPFRCNECGKAYRSNSSLIVHIRTH 330 340 350 360 370 380 220 230 240 250 260 270 KIAA18 TGRKPYKCKECDKVFGRKCFLTSHQRIHTRERPYGCSQCGKIFSQKSDLIRHRKTHTDEK ::.:::.:.:: :.:.: .: :::::: :.:: :..::: : . : : :.. :: :: KIAA13 TGEKPYECNECGKAFNRIANFTEHQRIHTGEKPYKCNECGKAFINYSCLTVHHRMHTGEK 390 400 410 420 430 440 280 290 300 310 320 330 KIAA18 PYKCNKCGTAFREFSDLTAHFLIHSGEKPYECKECGKVFRYKSSLTSHHRIHTGEKPYKC ::::..:: :: . :.: : ::. :::: :.:::. :: :: :: :.::::::::::: KIAA13 PYKCTECGKAFMRSSSLIIHQRIHTEEKPYLCNECGESFRIKSHLTVHQRIHTGEKPYKC 450 460 470 480 490 500 340 350 360 370 380 390 KIAA18 NRCGKVFSRSSNLVCHQKIHTGEKPYKCNQCGKVFNQASYLTRHQIIHTGERPYRCSKCG . : ..:.. :: ::::::: ::::: .::: : ::: :: ::::.::.:..: KIAA13 TDCERAFTKMVNLKEHQKIHTGVKPYKCYDCGKSFRTKSYLIVHQRTHTGEKPYKCNECE 510 520 530 540 550 560 400 410 420 430 440 450 KIAA18 KAFRGCSGLTAHLAIHTEKKSHECKECGKIFTQKSSLTNHHRIHIGEKPYKCTLCSKVFS ::: . : ::.: :: .: ..:.::::.::..:....:.: : ::::.::. :.:.:: KIAA13 KAFTNTSQLTVHQRRHTGEKPYKCNECGKVFTSNSGFNTHQRTHTGEKPFKCNDCGKAFS 570 580 590 600 610 620 460 KIAA18 HNSDLAQHQRVHS . ...::..:: KIAA13 QMVHVTEHQKIHSGEKPYKCDVCGKAFRRGSYLTVHWRTHTGEKPYTCKECGKGCITLSQ 630 640 650 660 670 680 >>KIAA0065 ( 848 res) ha00946 (848 aa) initn: 3451 init1: 1734 opt: 1850 Z-score: 1462.4 bits: 280.8 E(): 2.4e-76 Smith-Waterman score: 1850; 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KIAA19 RHQKVHTGEKPYECSECGKFFMDTSTLIIHQRVHTGEKPYECNKCGKFFRYCFTLNRHQR 350 360 370 380 390 400 280 290 300 310 320 330 KIAA18 THTDEKPYKCNKCGTAFREFSDLTAHFLIHSGEKPYECKECGKVFRYKSSLTSHHRIHTG .:. :.::.:..:: : . : .: .:.::.:.::. ::: :: .:.: .:.::::: KIAA19 VHSGERPYECSECGKFFVDSCTLKSHQRVHTGERPFECSICGKSFRCRSTLDTHQRIHTG 410 420 430 440 450 460 340 350 360 370 380 390 KIAA18 EKPYKCNRCGKVFSRSSNLVCHQKIHTGEKPYKCNQCGKVFNQASYLTRHQIIHTGERPY :.::.:..::: : ..:: . :.. : ::. ..:..::.::.: :.: ::: .:: :: : KIAA19 ERPYECSECGKFFRHNSNHIRHRRNHFGERSFECTECGRVFSQNSHLIRHQKVHTRERTY 470 480 490 500 510 520 400 410 420 430 440 450 KIAA18 RCSKCGKAFRGCSGLTAHLAIHTEKKSHECKECGKIFTQKSSLTNHHRIHIGEKPYKCTL .:::::: : : : .: .:: .: .::.::::.: .::: .:.::: ::.::.:. KIAA19 KCSKCGKFFMDSSTLISHERVHTGEKPYECSECGKVFRYNSSLIKHRRIHTGERPYQCSE 530 540 550 560 570 580 460 KIAA18 CSKVFSHNSDLAQHQRVHS :..::..:: : :::.::. KIAA19 CGRVFNQNSHLIQHQKVHTR 590 600 >>KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) (599 aa) initn: 11541 init1: 1703 opt: 1791 Z-score: 1417.7 bits: 272.0 E(): 7.5e-74 Smith-Waterman score: 1791; 50.540% identity (80.346% similar) in 463 aa overlap (8-469:46-508) 10 20 30 KIAA18 STHASDNFDHAPLLPQEQKAHIREKAYKCNEHGQVFR : . : :..: : :: :::.: :..: KIAA19 KTFRQSANLYVHRRIHTGEKPYKCEDCGKAFGRYTALNQHKKIHTGEKPYKCEECGKAFN 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 KIAA18 ASASLT-NQVIHNADNPYKCSECGKVFSCSSKLVIHRRMHTGEKPYKCHECGKLFSSNSN .:..:: .. ::. ..:: : . :..:. :..: ....:::.:::::.:::: : . . KIAA19 SSTNLTAHKRIHTREKPYTCEDRGRAFGLSTNLNEYKKIHTGDKPYKCKECGKAFIHSLH 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 KIAA18 LSQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFRSSSKLAQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFNQIAHLVRH :..:..::::.:::::..: ::. :::..:.:.::::::::..: :: :.:.. . :..: KIAA19 LNKHEKIHTGKKPYKCKQCGKVITSSSSFAKHKRIHTGEKPFECLECGKAFTSSTTLTKH 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 210 KIAA18 QKIHTGEKPYSCNKCGKVFSRHSYLAEHQTVHTGEKPYKCEECGKAFSVRSSLITHQLIH ..::::::::.:. :::.: . . : :. .::::::: ::::::.: ..: .:. :: KIAA19 RRIHTGEKPYTCEVCGKAFRQSAILYVHRRIHTGEKPYTCEECGKTFRQSANLYVHRRIH 200 210 220 230 240 250 220 230 240 250 260 270 KIAA18 TGRKPYKCKECDKVFGRKCFLTSHQRIHTRERPYGCSQCGKIFSQKSDLIRHRKTHTDEK ::.:::::.:: :.::: :..:..::: :. : : .::: : .:: ...: .: :: KIAA19 TGEKPYKCEECGKAFGRYTDLNQHKKIHTGEKLYKCEECGKDFVWYTDLNQQKKIYTGEK 260 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 330 KIAA18 PYKCNKCGTAFREFSDLTAHFLIHSGEKPYECKECGKVFRYKSSLTSHHRIHTGEKPYKC ::::..:: :: .::. : : .::. :.:.::::.: .. .:..:..:::::::::: KIAA19 PYKCEECGKAFAPSTDLNQHTKILTGEQSYKCEECGKAFGWSIALNQHKKIHTGEKPYKC 320 330 340 350 360 370 340 350 360 370 380 390 KIAA18 NRCGKVFSRSSNLVCHQKIHTGEKPYKCNQCGKVFNQASYLTRHQIIHTGERPYRCSKCG ..:::.:::: ::. :...:: ::::::.. :. :. .. :.... ::::.. :.:..:: KIAA19 EECGKAFSRSRNLTTHRRVHTREKPYKCEDRGRSFGWSTNLNEYKKIHTGDKLYKCKECG 380 390 400 410 420 430 400 410 420 430 440 450 KIAA18 KAFRGCSGLTAHLAIHTEKKSHECKECGKIFTQKSSLTNHHRIHIGEKPYKCTLCSKVFS :.:. : :. : ::: :: ..::::::..:..::...:.::: ::::.:: :.:.:. KIAA19 KVFKQSSHLNRHEKIHTGKKPYKCKECGKVITSSSSFAKHKRIHTGEKPFKCLECGKAFT 440 450 460 470 480 490 460 KIAA18 HNSDLAQHQRVHS .. :..:.:.:. KIAA19 SSTTLTKHRRIHTGEKPYTCEECGKAFRQSAILYVHRRIHTGEKPYTCGECGKTFRQSAN 500 510 520 530 540 550 >>KIAA1852 ( 948 res) fj01514 (948 aa) initn: 1755 init1: 1755 opt: 1755 Z-score: 1387.6 bits: 267.1 E(): 3.6e-72 Smith-Waterman score: 1755; 51.732% identity (75.325% similar) in 462 aa overlap (8-469:482-943) 10 20 30 KIAA18 STHASDNFDHAPLLPQEQKAHIREKAYKCNEHGQVFR :...: . .. . :. :. :. .:. ..: KIAA18 KSFNHIIHFGDHKGIHTGEKLYEYKECHQIFNQSPSFNEHPRLHVGENQYNYKEYENIFY 460 470 480 490 500 510 40 50 60 70 80 90 KIAA18 ASASLTNQVIHNADNPYKCSECGKVFSCSSKLVIHRRMHTGEKPYKCHECGKLFSSNSNL :. . .: : .... :: .: :::. .: :. : .:.:::: .::: : .: : KIAA18 FSSFMEHQKIGTVEKAYKYNEWEKVFGYDSFLTQHTSTYTAEKPYDYNECGTSFIWSSYL 520 530 540 550 560 570 100 110 120 130 140 150 KIAA18 SQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFRSSSKLAQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFNQIAHLVRHQ ::.. :::::::.: .: ::::. : :..:.: ::: :::.:..: :.:. .::. :. KIAA18 IQHKKTHTGEKPYECDKCGKVFRNRSALTKHERTHTGIKPYECNKCGKAFSWNSHLIVHK 580 590 600 610 620 630 160 170 180 190 200 210 KIAA18 KIHTGEKPYSCNKCGKVFSRHSYLAEHQTVHTGEKPYKCEECGKAFSVRSSLITHQLIHT .:::::::: ::.::: :. .:.: :: .::::::..: ::::.:: : ::.:. .:: KIAA18 RIHTGEKPYVCNECGKSFNWNSHLIGHQRTHTGEKPFECTECGKSFSWSSHLIAHMRMHT 640 650 660 670 680 690 220 230 240 250 260 270 KIAA18 GRKPYKCKECDKVFGRKCFLTSHQRIHTRERPYGCSQCGKIFSQKSDLIRHRKTHTDEKP :.::.:: ::.:.: :..:.: :. .:: :..::: :: .: :: :..::: ::: KIAA18 GEKPFKCDECEKAFRDYSALSKHERTHSGAKPYKCTECGKSFSWSSHLIAHQRTHTGEKP 700 710 720 730 740 750 280 290 300 310 320 330 KIAA18 YKCNKCGTAFREFSDLTAHFLIHSGEKPYECKECGKVFRYKSSLTSHHRIHTGEKPYKCN :.:..:: :::: : :: : .:::: :::::..::: . :. :.: :::::::.:: KIAA18 YNCQECGKAFRERSALTKHEIIHSGIKPYECNKCGKSCSQMAHLVRHQRTHTGEKPYECN 760 770 780 790 800 810 340 350 360 370 380 390 KIAA18 RCGKVFSRSSNLVCHQKIHTGEKPYKCNQCGKVFNQASYLTRHQIIHTGERPYRCSKCGK .::: ::.: .:: :..::::::::::::: . :: .:.: :. ::::.::::..::: KIAA18 KCGKSFSQSCHLVAHRRIHTGEKPYKCNQCERSFNCSSHLIAHRRTHTGEKPYRCNECGK 820 830 840 850 860 870 400 410 420 430 440 450 KIAA18 AFRGCSGLTAHLAIHTEKKSHECKECGKIFTQKSSLTNHHRIHIGEKPYKCTLCSKVFSH :: :.: .:: :: .: ..:..: : : ..::: :.:.: ::: . :. :.:.:: KIAA18 AFNESSSLIVHLRNHTGEKPYKCNHCEKAFCKNSSLIIHQRMHSGEKRFICSECGKAFSG 880 890 900 910 920 930 460 KIAA18 NSDLAQHQRVHS .: : :::: :: KIAA18 HSALLQHQRNHSEEKLN 940 >>KIAA1956 ( 680 res) fk08713 (680 aa) initn: 2974 init1: 1494 opt: 1714 Z-score: 1357.0 bits: 260.9 E(): 1.8e-70 Smith-Waterman score: 1804; 52.088% identity (77.582% similar) in 455 aa overlap (16-469:224-674) 10 20 30 40 KIAA18 STHASDNFDHAPLLPQEQKAHIREKAYKCNEHGQVFRASASLTN- :.:. ::. : : : :. : :..: KIAA19 PECESPFQWGDTHYSCGECMKHSSTKHVFVQQQRLPSREECY-CWECGKSFSKYDSVSNH 200 210 220 230 240 250 50 60 70 80 90 100 KIAA18 QVIHNADNPYKCSECGKVFSCSSKLVIHRRMHTGEKPYKCHECGKLFSSNSNLSQHQRIH : .:.. ::.:.:::: :: ...:: :.:.:::..::.: :::: :: ...: ::::.: KIAA19 QRVHTGKRPYECGECGKSFSHKGSLVQHQRVHTGKRPYECGECGKSFSHKGSLVQHQRVH 260 270 280 290 300 310 110 120 130 140 150 160 KIAA18 TGEKPYKCHECDKVFRSSSKLAQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFNQIAHLVRHQKIHTGEK :::.::.: :: : : ... : .:::.::::.::.:.:: : :.: ..:..::. ::.:. KIAA19 TGERPYECGECGKSFSQNGTLIKHQRVHTGERPYECEECGKCFTQKGNLIQHQRGHTSER 320 330 340 350 360 370 170 180 190 200 210 220 KIAA18 PYSCNKCGKVFSRHSYLAEHQTVHTGEKPYKCEECGKAFSVRSSLITHQLIHTGRKPYKC :: :..::: ::... :.::. ::: :.::.: ::::.:: .. : .:: :::..::.: KIAA19 PYECEECGKCFSQKGTLTEHHRVHTRERPYECGECGKSFSRKGHLRNHQRGHTGERPYEC 380 390 400 410 420 430 230 240 250 260 270 280 KIAA18 KECDKVFGRKCFLTSHQRIHTRERPYGCSQCGKIFSQKSDLIRHRKTHTDEKPYKCNKCG :: : :.:: : .::: :: :::: : .: :.: :: ::.:...:: :.::.::.:: KIAA19 GECGKSFSRKGNLIQHQRSHTGERPYECRECRKLFRGKSHLIEHQRVHTGERPYECNECG 440 450 460 470 480 490 290 300 310 320 330 340 KIAA18 TAFREFSDLTAHFLIHSGEKPYECKECGKVFRYKSSLTSHHRIHTGEKPYKCNRCGKVFS .:.. : . .: .:.::::.::.:::: : . :: :.:.::::.::.:..::: : KIAA19 KSFQDSSGFRVHQRVHTGEKPFECSECGKSFPQSCSLLRHRRVHTGERPYECGECGKSFH 500 510 520 530 540 550 350 360 370 380 390 400 KIAA18 RSSNLVCHQKIHTGEKPYKCNQCGKVFNQASYLTRHQIIHTGERPYRCSKCGKAFRGCSG .::.:. ::: ::.:.::.: .::: : : : .:. .:::::::.: .:::.: :. KIAA19 QSSSLLRHQKTHTAERPYECRECGKFF---SSLLEHRRVHTGERPYECRECGKTFTRRSA 560 570 580 590 600 410 420 430 440 450 460 KIAA18 LTAHLAIHTEKKSHECKECGKIFTQKSSLTNHHRIHIGEKPYKCTLCSKVFSHNSDLAQH : .::. : .::.:::: :.. :::.:.:.: ::.::.:. :.: : ..:.: .: KIAA19 HFKHQRLHTRGKPYECSECGKSFAETFSLTEHRRVHTGERPYECSECGKSFHRSSSLLRH 610 620 630 640 650 660 KIAA18 QRVHS ::::. KIAA19 QRVHTERSPYK 670 680 >>KIAA1473 ( 574 res) fj03262 (574 aa) initn: 1666 init1: 1666 opt: 1699 Z-score: 1345.9 bits: 258.7 E(): 7.5e-70 Smith-Waterman score: 1699; 53.901% identity (80.378% similar) in 423 aa overlap (23-444:152-574) 10 20 30 40 50 KIAA18 STHASDNFDHAPLLPQEQKAHIREKAYKCNEHGQVF-RASASLTNQVIHNAD ..: ..:... .:: . : : . . :.. 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