# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh16716.fasta.huge -Q ../query/KIAA1816.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1816, 1162 aa vs ./tmplib.25089 library 1986343 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.5266+/-0.0118; mu= -30.6566+/- 0.795 mean_var=552.5329+/-130.878, 0's: 0 Z-trim: 16 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.054563 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0200 ( 1042 res) ha02508 (1042) 977 92.4 3.7e-19 KIAA1819 ( 1173 res) hh00456 (1173) 660 67.5 1.3e-11 KIAA0181 ( 2079 res) ha02522s1 (2079) 395 46.8 4e-05 KIAA1818 ( 1157 res) hg00622 (1157) 305 39.5 0.0034 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 308 39.9 0.0037 >>KIAA0200 ( 1042 res) ha02508 (1042 aa) initn: 1055 init1: 366 opt: 977 Z-score: 435.7 bits: 92.4 E(): 3.7e-19 Smith-Waterman score: 1913; 35.362% identity (63.668% similar) in 1134 aa overlap (68-1161:7-1041) 40 50 60 70 80 90 KIAA18 AAANGSSICINSSLNSSLGGAGIGVNNTPNSTPAAPSSNHPAAGGCGGSGG--PGGGSA- ..::.: :. : :. : : KIAA02 PRGAKPAVPAGPERPGPGPGPCSPRPMVLPTCPMAE 10 20 30 100 110 120 130 140 150 KIAA18 -AVPKHSTVVERLRQRIEGCRRHHVNCENRYQQAQVEQLELERRDTVSLYQRTLEQRAKK :.:.::.:.::::.::: ::::: .:: ::. .. :.:::::. : .:.:: .. .::. 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KIAA18 -----TSSPI------PSVPQ-----SQAQPQTGSG-------------ASR--ALPSWQ 420 430 440 490 500 510 520 530 540 KIAA18 DMSPAEQLKQMAAQQQQRAKLMQQKQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQHSNQTSNWSPLGPP ..: :.::::.::..::.:.. ::.:::: : .::: : KIAA18 EVSHAQQLKQIAANRQQHARM-------------------QQHQQQH--QPTNWSALPSS 450 460 470 480 550 560 570 580 590 600 KIAA18 SSPYGAAFTAEKPNSPMMYPQAFNNQNPIVPPMANNL-QKTTMNNYL----PQ---NHMN ..: . : :: :: . :.:. :. .: .:.. :. .: ::. :. .:.. KIAA18 AGPSPGPFGQEKIPSPSFGQQTFSPQSSPMPGVAGGSGQSKVMANYMYKAGPSAQGGHLD 490 500 510 520 530 540 610 620 630 640 650 KIAA18 MINQQ-PNNLGTNSLNKQHNILT--YGNTKPLTHFNADLSQRMTPPV-ANPNKNPLMPYI .. :: :..:. . .:. : . :::::: :::.: .... : : . :: :. : KIAA18 VLMQQKPQDLSRSFINNPHPAMEPRQGNTKPLFHFNSDQANQQMPSVLPSQNKPSLLHYT 550 560 570 580 590 600 660 670 680 690 KIAA18 QQQQQQQQQQQQQQQQQQPPPPQLQAPRAHLS--------------------------ED :::::::::::::::::: : : . . : .. KIAA18 QQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQSSISAQQQQQQQSSISAQQQQQQQQQQQQ 610 620 630 640 650 660 700 710 720 730 740 KIAA18 QKRLLLMKQKGVMNQPMAYAA--LPSHGQEQHPVGLPRTT--GPMQSSVPPGSGGMVS-- :.. ..:. ..:: . : :::. . :. : . ::.. : : .:: KIAA18 QQQQQQQQQQQQQQQPSSQPAQSLPSQPLLRSPLPLQQKLLLQQMQNQPIAGMGYQVSQQ 670 680 690 700 710 720 750 760 770 780 KIAA18 -------------GASPA---------GPGFLGSQPQAAIMKQMLIDQRAQLIEQQKQQF : ::. : :...:: ....:.:. .. : :.: KIAA18 QRQDQHSVVGQNTGPSPSPNPCSNPNTGSGYMNSQQ--SLLNQQLMGKKQTL---QRQ-- 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 KIAA18 LREQRQQQQQQQQILA--EQQLQQSHLPRQHLQP-------QRNPYPVQQVNQFQGSPQD . ::.:: :::.:: :. :... :. .: .:: .: . :..:. . KIAA18 IMEQKQQLLLQQQMLADAEKIAPQDQINRHLSRPPPDYKDQRRNVGNMQPTAQYSGGSST 790 800 810 820 830 840 840 850 860 870 880 890 KIAA18 IAAVRSQAALQSMRTSRLMAQNAGMMGIGPSQNPGTMATAAAQSEMGLAPYSTTPTSQPG :. .:: . . : ... :..... . . ...::. ..::. :.. : .::. 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