# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk00712.fasta.huge -Q ../query/KIAA1807.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1807, 702 aa vs ./tmplib.25089 library 1986803 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0908+/-0.00537; mu= 10.2599+/- 0.365 mean_var=124.8842+/-30.020, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 30 in 1/39 Lambda= 0.114768 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0239 ( 849 res) ha06313 ( 849) 1359 236.5 7.6e-63 KIAA0215 ( 857 res) ha02776 ( 857) 1305 227.6 3.8e-60 KIAA1286 ( 1214 res) hh11961(revised) (1214) 650 119.3 2.1e-27 KIAA0876 ( 1119 res) hh03683 (1119) 386 75.5 2.9e-14 KIAA0783 ( 899 res) hk05408 ( 899) 364 71.8 3.1e-13 KIAA0677 ( 1073 res) hk02635 (1073) 351 69.7 1.6e-12 KIAA0780 ( 1100 res) hk05362 (1100) 350 69.6 1.8e-12 KIAA0304 ( 2415 res) af07172 (2415) 168 39.8 0.0036 >>KIAA0239 ( 849 res) ha06313 (849 aa) initn: 2032 init1: 1359 opt: 1359 Z-score: 1220.2 bits: 236.5 E(): 7.6e-63 Smith-Waterman score: 2061; 49.441% identity (68.017% similar) in 716 aa overlap (1-702:196-849) 10 20 30 KIAA18 YDLNDMDAAWLELTNEEFKEMGMPELDEYT :::...:: :::: : :.::: ::::: : KIAA02 PPLEGPPAQASPSSTMLGEGSQPDWPGGSRYDLDEIDAYWLELINSELKEMERPELDELT 170 180 190 200 210 220 40 50 60 70 80 90 KIAA18 MERVLEEFEQRCYDNMNHAIETEEGLGIEYDEDVVCDVCQSPDGEDGNEMVFCDKCNICV .::::::.: :..:: .::::.::::::::::::::::.::.::::::::::::::.:: KIAA02 LERVLEELETLCHQNMARAIETQEGLGIEYDEDVVCDVCRSPEGEDGNEMVFCDKCNVCV 230 240 250 260 270 280 100 110 120 130 140 150 KIAA18 HQACYGILKVPEGSWLCRTCALGVQPKCLLCPKKGGAMKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVS ::::::::::: :::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::: KIAA02 HQACYGILKVPTGSWLCRTCALGVQPKCLLCPKRGGALKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVS 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 210 KIAA18 IGSPEKMEPITKVSHIPSSRWALVCSLCNEKFGASIQCSVKNCRTAFHVTCAFDRGLEMK :: :::::::::.::::.::::: ::::.: :. ::::. .: :::::::::.::::. 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KIAA02 ---PLNNGHREDP---APGLLSEELLQDEETLLSFMRDPSLRPGDPARKARGRTRLPAKK 610 620 630 640 650 660 510 520 530 540 550 KIAA18 RLISAQQKNGV---VMPDHGKRRDNRFHCDLIKGDLKDKSFKQSHKPLRSTDVSQRHLDN . ..: . ::.. .. . : :. : . ..:: : :. :: . KIAA02 KPPPPPPQDGPGSRTTPDKAPKKT--WGQD--AGSGKGGQGPPTRKPPRRTS---SHLPS 670 680 690 700 710 560 570 580 590 600 610 KIAA18 TRAATSPGVGQSAPGTRKEIVPKCNGSLIKVNYNQTAVKVPTTPASPVKNWGGFRIPKKG . :: . . ..: . ..:. .: . . :.:: ::: : : .: :... 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KIAA02 TILDEGDEVKFKSYCLKHSQNRQ---KLGEAEYPHHRAKE--------------QSQAKS 390 400 410 420 280 290 300 310 320 330 KIAA18 HRVSVRKQKLQQLEDEFYTFVNLLDVARALRLPEEVVDFLYQYWKLKRKVNFNKPLITPK ...:.: :::..::.:::..: . ::: : .: .:::.:.::::::: ::::::. :: KIAA02 EKTSLRAQKLRELEEEFYSLVRVEDVAAELGMPTLAVDFIYNYWKLKRKSNFNKPLFPPK 430 440 450 460 470 480 340 350 360 370 380 390 KIAA18 KDEEDNLAKREQDVLFRRLQLFTHLRQDLERVRNLTYMVTRREKIKRSVCKVQEQIFNLY .:::..:.. ... . :...: :::::::::::: ::..::::.: : :.:::::.: KIAA02 EDEENGLVQPKEESIHTRMRMFMHLRQDLERVRNLCYMISRREKLKLSHNKIQEQIFGLQ 490 500 510 520 530 540 400 410 420 430 440 KIAA18 TKLLEQERVSGVPSSCSSSSLENMLLFNSPSVGPD--APKI--EDLKWHSAFFRKQM--- ..::.:: .:.: . ..::: :.. : . :: :: . :. .: KIAA02 VQLLNQEIDAGLPLT---NALENSLFYPPPRITLKLKMPKSTPEDHRNSSTETDQQPHSP 550 560 570 580 590 600 450 460 470 480 490 500 KIAA18 -GTSLVHSLKKPHKRDPLQNSPGSEGKTLLKQPDLCGRREGMVVPESFLGLEKTFAEARL ..: :::.. . . : :.: . :. . : : .. . ... .: .. .::. KIAA02 DSSSSVHSIR--NMQVP-QESLEMRTKSYPRYP-LESKNNRLLA-----SLSHSRSEAKE 610 620 630 640 650 510 520 530 540 550 560 KIAA18 ISAQQKNGVVMPDHGKRRDNRFHCDLIKGDLKDKSFKQSHKPLRSTDVSQRHLDNTRAAT : .. ::. . . .... :. .: . : :: :.. : KIAA02 SSPAWRTPSSECYHGQSLGKPL---VLQAALHGQSSIGNGK-------SQ---PNSKFAK 660 670 680 690 570 580 590 600 610 KIAA18 SPGVGQSAPG--TRKEIVPK--CNGSLIKVNYNQTAVKVPTTPASPVKNWGGFRIPKKGE : :. : : :.:. . :. . .. :. . : :.... : :. KIAA02 SNGLEGSWSGNVTQKDSSSEMFCDQEPV---FSPHLVSQGSFRKSTVEHFS--RSFKETT 700 710 720 730 740 750 620 630 640 650 660 670 KIAA18 RQQQGEAHDGACHQHSDYPYLGLGRVPAKE--RAKSKLKSDNENDGYVPDVEMSDSESEA . ...: :. . . . ... : .. .::::: ::.:.::::.:. KIAA02 NRWVKNTEDLQCYVKPTKNMSPKEQFWGRQVLRRSAGRAPYQENDGYCPDLELSDSEAES 760 770 780 790 800 810 680 690 700 KIAA18 SEKKCIHTSSTISRRTDIIRRSILAS . .: KIAA02 DGNKEKVRVRKDSSDRENPPHDSRRDCHGKSKTHPLSHSSMQR 820 830 840 850 >>KIAA1286 ( 1214 res) hh11961(revised) (1214 aa) initn: 706 init1: 228 opt: 650 Z-score: 583.8 bits: 119.3 E(): 2.1e-27 Smith-Waterman score: 747; 33.710% identity (60.633% similar) in 442 aa overlap (1-389:163-598) 10 20 30 KIAA18 YDLNDMDAAWLELTNEEFKEMGMPELDEYT ::... : :::...::. . : .. : KIAA12 SGIQPEAPPLPAAYYRYIEKPPEDLDAEVEYDMDEEDLAWLDMVNEKRRVDGHSLVSADT 140 150 160 170 180 190 40 50 60 70 80 90 KIAA18 MERVLEEFEQRCYDNMNHAIETEEGLGIEYDEDVVCDVCQSPDGEDGNEMVFCDKCNICV .: .....:.. : . ... ....: :::. : :: . . ...: ..::: ::. : KIAA12 FELLVDRLEKESYLE-SRSSGAQQSL---IDEDAFCCVCLDDECHNSNVILFCDICNLAV 200 210 220 230 240 100 110 120 130 140 KIAA18 HQACYGILKVPEGSWLCRTCALG-VQP-KCLLCPKKGGAMKPTRSGTKWVHVSCALWIPE :: :::. .:::.:::: : . .: :.:::.::::.: : .: .:.:: ::.:::: KIAA12 HQECYGVPYIPEGQWLCRCCLQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDG-HWAHVVCAIWIPE 250 260 270 280 290 300 150 160 170 180 190 200 KIAA18 VSIGSPEKMEPITKVSHIPSSRWALVCSLCNEK-FGASIQCSVKNCRTAFHVTCAFDRGL : ... .::: ...:: .:: :.: .:..: .::.::: :: :::::::: :: KIAA12 VCFANTVFLEPIEGIDNIPPARWKLTCYICKQKGLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGL 310 320 330 340 350 360 210 220 230 240 KIAA18 EMKT-ILAEND------EVKFKSYCPKHS------SHRK---P--------EESL--GKG :: . :.. :. .:: :: ..:: : ::.: : : KIAA12 FMKIEPMRETSLNGTIFTVRKTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDG 370 380 390 400 410 420 250 260 270 280 290 KIAA18 AAQENGAPECSPRNPLEPFASLEQNREEAHRVSVRKQKLQQLEDE----FYTFVNLLDVA .:. : .. .. .. . ..:. :::... .: . . .: : KIAA12 EEEEEEEVEEEEQEAQGGVSGSLKGVPKKSKMSL-KQKIKKEPEEAGQDTPSTLPMLAVP 430 440 450 460 470 480 300 310 320 330 340 KIAA18 R--ALRLPE-----------EVVDFLYQYWKLKRKVNFNKPLIT---PKKDEEDNLAKRE . . :: . . .. :..:: :::.. . ::: . . . : .:: KIAA12 QIPSYRLNKICSGLSFQRKNQFMQRLHNYWLLKRQARNGVPLIRRLHSHLQSQRNAEQRE 490 500 510 520 530 540 350 360 370 380 390 KIAA18 QD----VLFRRLQLFTHLRQDLERVRNLTYMVTRREKIKRSVCKVQEQIFNLYTKLLEQE :: .. ..:. . .::.::::.: : .. .:::.:: :::. ..: KIAA12 QDEKTSAVKEELKYWQKLRHDLERARLLIELIRKREKLKREQVKVQQAAMELELMPFNVL 550 560 570 580 590 600 400 410 420 430 440 450 KIAA18 RVSGVPSSCSSSSLENMLLFNSPSVGPDAPKIEDLKWHSAFFRKQMGTSLVHSLKKPHKR KIAA12 LRTTLDLLQEKDPAHIFAEPVNLSEVPDYLEFISKPMDFSTMRRKLESHLYRTLEEFEED 610 620 630 640 650 660 >>KIAA0876 ( 1119 res) hh03683 (1119 aa) initn: 232 init1: 107 opt: 386 Z-score: 348.0 bits: 75.5 E(): 2.9e-14 Smith-Waterman score: 386; 38.323% identity (59.281% similar) in 167 aa overlap (74-230:773-931) 50 60 70 80 90 100 KIAA18 DNMNHAIETEEGLGIEYDEDVVCDVCQSPDGEDG-NEMVFCDKCNICVHQACYGILK--V :.:: . .. : :: . :: .:::: : KIAA08 SRQKTRPLIPEMCFTSGGENTEPLPANSYIGDDGTSPLIACGKCCLQVHASCYGIRPELV 750 760 770 780 790 800 110 120 130 140 150 KIAA18 PEGSWLCRTCALGVQP-KCLLCPKKGGAMKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVSIGSPEKMEP :: : : :: . .: :: .:::.. : . .:.:: ::. .::. . . . .: KIAA08 NEG-WTCSRCAAHAWTAECCLCNLRGGALQMT-TDRRWIHVICAIAVPEARFLNVIERHP 810 820 830 840 850 860 160 170 180 190 200 210 KIAA18 ITKVSHIPSSRWALVCSLCNEKF----GASIQCSVKNCRTAFHVTCAFDRGLEMKTILAE . .: :: .:: : : : ... :: :::: ..: :.:::::: : .: : KIAA08 VD-ISAIPEQRWKLKCVYCRKRMKKVSGACIQCSYEHCSTSFHVTCAHAAG-----VLME 870 880 890 900 910 220 230 240 250 260 270 KIAA18 NDEVKF--KSYCPKHSSHRKPEESLGKGAAQENGAPECSPRNPLEPFASLEQNREEAHRV :. . . : ::.: KIAA08 PDDWPYVVSITCLKHKSGGHAVQLLRAVSLGQVVITKNRNGLYYRCRVIGAASQTCYEVN 920 930 940 950 960 970 >>KIAA0783 ( 899 res) hk05408 (899 aa) initn: 460 init1: 132 opt: 364 Z-score: 329.5 bits: 71.8 E(): 3.1e-13 Smith-Waterman score: 489; 27.747% identity (59.066% similar) in 364 aa overlap (59-393:326-686) 30 40 50 60 70 80 KIAA18 YTMERVLEEFEQRCYDNMNHAIETEEGLGIEYDEDVVCDVCQSPDGEDGNEMVFCDKCNI ..:. ..: :: . ..::..:.. ::.:.: KIAA07 ELTNDSLTLSQSKSNEDSLILEKSQNWSSQKMDHILICCVCLGDNSEDADEIIQCDNCGI 300 310 320 330 340 350 90 100 110 120 130 KIAA18 CVHQACYGI--------LKVPEGS---WLCRTCALGVQPKCLLCPKKGGAMKPTRSGTKW ::..:::. .. :.: :.: .: ::.:.: :::.. : .: : .: .: KIAA07 TVHEGCYGVDGESDSIMSSASENSTEPWFCDACKCGVSPSCELCPNQDGIFKETDAG-RW 360 370 380 390 400 410 140 150 160 170 180 190 KIAA18 VHVSCALWIPEVSIGSPEKMEPITKVSHIPSSRWALVCSLCNE-KF---GASIQCSVKNC ::. :::..: :..:. .:..:.: . :. : ::.:.. .: :. :.:.. : KIAA07 VHIVCALYVPGVAFGDIDKLRPVTLTEMNYSKYGAKECSFCEDPRFARTGVCISCDAGMC 420 430 440 450 460 470 200 210 220 230 240 KIAA18 RTAFHVTCAFDRGLEMKTILAENDEVKFKSYCPKHSSH--RKPE-------ESLGKGAAQ :. :::::: .:: .. :. : .:: .:... :: . .: : . : KIAA07 RAYFHVTCAQKEGLLSEAAAEEDIADPFFAYCKQHADRLDRKWKRKNYLALQSYCKMSLQ 480 490 500 510 520 530 250 260 270 280 290 300 KIAA18 ENGAPECSPRNPLEPFASLEQNREEAHRV-SVRKQKLQQLEDEFYTFVNLLDVARALRLP : . ::. . : :.: : .:. . :.: : : ... .. : : KIAA07 ER-EKQLSPEAQARINARLQQYRAKAELARSTRPQAWVPREKLPRPLTSSASAIRKLMRK 540 550 560 570 580 590 310 320 330 340 350 360 KIAA18 EEVVDFLYQYWKLKRKVNFNKPLITPKKDEEDNLAKREQDVLFRRLQLFTHLRQDLERVR :.. . . . . . . .. . .: .. :. . :.: . . ...... . . KIAA07 AELMGISTDIFPVDNS-DTSSSVDGRRKHKQPALTADFVNYYFERNMRMIQIQENMAEQK 600 610 620 630 640 650 370 380 390 400 410 KIAA18 NLT-YMVTRREKIK---RSVCKVQEQIFNLYTKLLEQERVSGVPSSCSSSSLENMLLFNS :. . ...::.. ..:. :.. :: :: KIAA07 NIKDKLENEQEKLHVEYNKLCESLEELQNLNGKLRSEGQGIWALLGRITGQKLNIPAILR 660 670 680 690 700 710 420 430 440 450 460 470 KIAA18 PSVGPDAPKIEDLKWHSAFFRKQMGTSLVHSLKKPHKRDPLQNSPGSEGKTLLKQPDLCG KIAA07 APKERKPSKKEGGTQKTSTLPAVLYSCGICKKNHDQHLLLLCDTCKLHYHLGCLDPPLTR 720 730 740 750 760 770 >>KIAA0677 ( 1073 res) hk02635 (1073 aa) initn: 240 init1: 91 opt: 351 Z-score: 316.9 bits: 69.7 E(): 1.6e-12 Smith-Waterman score: 351; 36.111% identity (58.333% similar) in 180 aa overlap (75-244:738-906) 50 60 70 80 90 100 KIAA18 NMNHAIETEEGLGIEYDEDVVCDVCQSPDGEDGNE-MVFCDKCNICVHQACYGI--LKVP :::. .: : ::.. :: .:::. :. 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