# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj20547.fasta.huge -Q ../query/KIAA1798.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1798, 781 aa vs ./tmplib.25089 library 1986724 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4370+/-0.00672; mu= 11.3003+/- 0.458 mean_var=173.9233+/-41.172, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.097251 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0681 ( 538 res) hk02748 ( 538) 2037 298.0 1.6e-81 KIAA1617 ( 904 res) fj13890 ( 904) 363 63.5 1.1e-10 >>KIAA0681 ( 538 res) hk02748 (538 aa) initn: 2564 init1: 1603 opt: 2037 Z-score: 1555.3 bits: 298.0 E(): 1.6e-81 Smith-Waterman score: 2052; 54.234% identity (74.595% similar) in 555 aa overlap (242-774:1-534) 220 230 240 250 260 270 KIAA17 RKRRGDSAVLKQGLPPKGKKAWCWASYLEEEKAVAVPAKLFKEHQSFPYNKNGFKVGMKL .::...:..::.. :. .::::::.:::: KIAA06 QKAITAPVSLFQDSQAVTHNKNGFKLGMKL 10 20 30 280 290 300 310 320 330 KIAA17 EGVDPEHQSVYCVLTVAEVCGYRIKLHFDGYSDCYDFWVNADALDIHPVGWCEKTGHKLH ::.::.: :.: .::::::::::..:::::::.:.::::::.. ::::.:: :::::::. 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