# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh24104.fasta.huge -Q ../query/KIAA1790.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1790, 1369 aa vs ./tmplib.25089 library 1986136 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8062+/-0.00649; mu= 7.2882+/- 0.439 mean_var=146.4025+/-35.887, 0's: 0 Z-trim: 31 B-trim: 91 in 1/39 Lambda= 0.105999 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011) 256 52.1 6e-07 KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219) 260 53.0 6.9e-07 KIAA1860 ( 689 res) fh18358 ( 689) 244 50.1 1.6e-06 KIAA0344 ( 2066 res) hg01568 (2066) 245 50.7 3.2e-06 KIAA0787 ( 557 res) hk05521s1 ( 557) 236 48.8 3.2e-06 KIAA0204 ( 1164 res) ha02801 (1164) 238 49.4 4.5e-06 KIAA1459 ( 853 res) fh16961 ( 853) 234 48.6 5.4e-06 KIAA0537 ( 698 res) hg03925 ( 698) 232 48.2 5.8e-06 KIAA0369 ( 794 res) hh00177 ( 794) 230 48.0 7.9e-06 KIAA0623 ( 1100 res) hg04615 (1100) 228 47.8 1.2e-05 KIAA1264 ( 753 res) hj01058 ( 753) 219 46.3 2.4e-05 KIAA1278 ( 1311 res) hg03689(revised) (1311) 222 47.0 2.7e-05 KIAA0472 ( 365 res) hh00171 ( 365) 211 44.8 3.4e-05 KIAA0881 ( 1064 res) hk07534 (1064) 215 45.8 4.8e-05 KIAA1079 ( 1476 res) hj06972 (1476) 215 45.9 6.1e-05 KIAA0999 ( 1371 res) fj10213 (1371) 213 45.6 7.1e-05 KIAA0722 ( 1066 res) hk02030s1 (1066) 211 45.2 7.3e-05 KIAA1361 ( 1005 res) fj02367 (1005) 210 45.0 7.8e-05 KIAA0968 ( 527 res) hj06483 ( 527) 204 43.9 9.3e-05 KIAA1142 ( 467 res) hh05864 ( 467) 199 43.0 0.00014 KIAA1765 ( 608 res) fj12188(revised) ( 608) 200 43.3 0.00016 KIAA0096 ( 766 res) ha01240s1 ( 766) 194 42.5 0.00035 KIAA1901 ( 1265 res) hh03635 (1265) 194 42.7 0.0005 KIAA0536 ( 1028 res) hg03863 (1028) 188 41.7 0.00082 KIAA1883 ( 1480 res) fh02249 (1480) 189 42.0 0.00096 KIAA0175 ( 656 res) ha02337 ( 656) 174 39.4 0.0026 KIAA1297 ( 2242 res) fg03883 (2242) 179 40.6 0.0037 KIAA1101 ( 467 res) hk08029 ( 467) 163 37.5 0.0065 KIAA0936 ( 640 res) hh04647 ( 640) 164 37.8 0.0074 >>KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011 aa) initn: 188 init1: 123 opt: 256 Z-score: 216.6 bits: 52.1 E(): 6e-07 Smith-Waterman score: 256; 27.751% identity (60.766% similar) in 209 aa overlap (661-867:131-331) 640 650 660 670 680 690 KIAA17 FKNFANVPADTMLRHLRATDAMKNFSEFRQEASMLHALQHPCIVALIGISIHPLCFALEL : .: ::: :.: . . . .:: KIAA19 YRRTEDDSLVVWKEVDLTRLSEKERRDALNEIVILALLQHDNIIAYYNHFMDNTTLLIEL 110 120 130 140 150 160 700 710 720 730 740 750 KIAA17 APLSSLNTVLSENARDSSFIPLGHMLTQKIAYQIASGLAYLHKKNIIFCDLKSDNILVWS .. : . .. :... . .:.. . .::.:... .:: .:. :.:. ::.. . 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KIAA03 VYKGLDTETTVEVAWCELQDRKLTKSERQRFKEEAEMLKGLQHPNIVRFYDSWESTVKGK 170 180 190 200 210 220 690 700 710 720 730 KIAA17 LCFAL--ELAPLSSLNTVLSENARDSSFIPLGHMLTQKIAYQIASGLAYLHKKN--IIFC :..: :: ..:.: :.. : . . .. :: .:: .:: .. :: KIAA03 KCIVLVTELMTSGTLKTYLKR------FKVMKIKVLRSWCRQILKGLQFLHTRTPPIIHR 230 240 250 260 270 280 740 750 760 770 780 790 KIAA17 DLKSDNILVWSLDVKEHINIKLSDYGISRQSFHEGALGVEGTPGYQAPEIRPRIVYDEKV ::: :::.. . ..:..: :.. . : .: ::: ..:::. . :::.: KIAA03 DLKCDNIFI----TGPTGSVKIGDLGLATLKRASFAKSVIGTPEFMAPEMYEEK-YDESV 290 300 310 320 330 800 810 820 830 840 850 KIAA17 DMFSYGMVLYELLSGQRP-ALGHHQLQIAKKLSKGIRPVLGQPEEVQFRRLQALMMECWD :....:: . :. ... : . .. :: .....:..:. .: .. KIAA03 DVYAFGMCMLEMATSEYPYSECQNAAQIYRRVTSGVKPA-------SFDKVAI------- 340 350 360 370 380 860 870 880 890 900 910 KIAA17 TKPEKRPLALSVVSQMKDPTFATFMYELCCGKQTAFFSSQGQEYTVVFWDGKEESRNYTV :: . . . . : :: .. . .: . ::: :: : : . ::. KIAA03 --PEVKEIIEGCIRQNKDERYS--IKDLL---NHAFF----QEETGVRVELAEED----- 390 400 410 420 920 930 940 950 960 970 KIAA17 VNTEKGLMEVQRMCCPGMKVSCQLQVQRSLWTATEDQKIYIYTLKGMCPLNTPQQ-ALDT : :.. .: : :: : ::: : . ..: KIAA03 ---------------DGEKIAIKL------WLRIED----IKKLKGKYKDNEAIEFSFDL 430 440 450 460 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA17 PAVVTCFLAVPVIKKNSYLVLAGLADGLVAVFPVVRGTPKDSCSYLCSHTANRSKFSIAD : .: ... : : : .. .. :: : . . .:. . KIAA03 ERDVPEDVAQEMVE--SGYVCEGDHKTMAKAI-------KDRVSLIKRKREQRQLVREEQ 470 480 490 500 510 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA17 EDARQNPYPVKAMEVVNSGSEVWYSNGP----GLLVIDCASLEICRRLEP---------- : .:. .: . .:.:.. .. : :. . . .: . ..:: KIAA03 EKKKQEESSLKQQVEQSSASQTGIKQLPSASTGIPTASTTSASVSTQVEPEEPEADQHQQ 520 530 540 550 560 570 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA17 --YMAPSM-VTSVVCSSEGRGEEVVWCLDDKANSLVMYHSTTYQLCARYFCGVPS--PLR :. ::. : : . :.: : .... : : : : :. ::. : KIAA03 LQYQQPSISVLSDGTVDSGQGSSVFTESRVSSQQTVSYGSQHEQ--AHSTGTVPGHIPST 580 590 600 610 620 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA17 DMFPVRPLDTEPPAA-SHTANPKVPEGDSIADVS----IMYSEELGTQILIHQESLTDYC . .: . ::.. .. . : ..:.. :: :.. .. : : .. ..: KIAA03 VQAQSQPHGVYPPSSVAQGQSQGQPSSSSLTGVSSSQPIQHPQQQGIQQTAPPQQTVQY- 630 640 650 660 670 680 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA17 SMSSYSSSPPRQAARSPSSLPSSPASSSSVPFSTDCEDSDMLHTPGAASDRSEHDLTPMD :.:. :.: .:. : : :..: KIAA03 SLSQTSTSSEATTAQ-PVSQPQAPQVLPQVSAGKQSTQGVSQVAPAEPVAVAQPQATQPT 690 700 710 720 730 740 >>KIAA0787 ( 557 res) hk05521s1 (557 aa) initn: 104 init1: 104 opt: 236 Z-score: 203.5 bits: 48.8 E(): 3.2e-06 Smith-Waterman score: 236; 24.927% identity (54.545% similar) in 341 aa overlap (542-864:116-435) 520 530 540 550 560 KIAA17 LMEQYVPCPVCETAWAQHTDPSEKSEDVQYFDMED-CVLTAIERDFISCPRH-PDLPV-P .::. :. .. . .: :. : :: : KIAA07 SSGSQARPHLSGRKLSLQERSQGGLAAGGSLDMNGRCICPSLPYSPVSSPQSSPRLPRRP 90 100 110 120 130 140 570 580 590 600 610 620 KIAA17 LQELVPELFMTDFPARLFLENSKLEHSEDEGSVLGQGGSGTV-IYRARYQGQPVAVKRFH : .. .: . . :.. :. :: .:.:. :.: . . .. :.: . KIAA07 TVE-SHHVSITGMQDCVQLNQYTLK---DE---IGKGSYGVVKLAYNENDNTYYAMKVLS 150 160 170 180 190 630 640 650 660 670 680 KIAA17 IKKFKNFANVPADTMLRHLRATDA-----MKNFSEFRQEASMLHALQHPCIVALIGISIH ::. :. : : : . . . . :: ..:. :.:: .: :. . KIAA07 KKKLIRQAGFPRRPPPRGTRPAPGGCIQPRGPIEQVYQEIAILKKLDHPNVVKLVEVLDD 200 210 220 230 240 250 690 700 710 720 730 KIAA17 P----LCFALELAPLSSLNTVLSENARDSSFIPLGHMLTQKIAYQIASGLAYLHKKNIIF : : ...::. . . : .. ::.. .. .. .:. ::: ..:: KIAA07 PNEDHLYMVFELVNQGPVMEV-------PTLKPLSEDQARFYFQDLIKGIEYLHYQKIIH 260 270 280 290 300 310 740 750 760 770 780 790 KIAA17 CDLKSDNILVWSLDVKEHINIKLSDYGISRQSFHEGAL--GVEGTPGYQAPEI--RPRIV :.: .:.:: : .::..:.:.: . :: .. :::...::: . : . KIAA07 RDIKPSNLLV-----GEDGHIKIADFGVSNEFKGSDALLSNTVGTPAFMAPESLSETRKI 320 330 340 350 360 800 810 820 830 840 850 KIAA17 YDEK-VDMFSYGMVLYELLSGQRPALGHHQLQIAKKLSKGIRPVLGQPEEVQFRRLQALM .. : .:....:..:: .. :: : . .. . . .:... ::. .. :. :. KIAA07 FSGKALDVWAMGVTLYCFVFGQCPFMDERIMCLHSKIKSQALEFPDQPDIAE--DLKDLI 370 380 390 400 410 420 860 870 880 890 900 910 KIAA17 MECWDTKPEKRPLALSVVSQMKDPTFATFMYELCCGKQTAFFSSQGQEYTVVFWDGKEES . : .::.: KIAA07 TRMLDKNPESRIVVPEIKLHPWVTRHGAEPLPSEDENCTLVEVTEEEVENSVKHIPSLAT 430 440 450 460 470 480 >>KIAA0204 ( 1164 res) ha02801 (1164 aa) initn: 143 init1: 84 opt: 238 Z-score: 201.0 bits: 49.4 E(): 4.5e-06 Smith-Waterman score: 238; 26.990% identity (56.055% similar) in 289 aa overlap (649-921:79-342) 620 630 640 650 660 670 KIAA17 QPVAVKRFHIKKFKNFANVPADTMLRHLRATDAMKNFSEFRQEASMLHALQHPCIVALIG : . ... .. : ..: . .:: :: :. KIAA02 IGELGDGAFGKVYKAQNKETSVLAAAKVIDTKSEEELEDYMVEIDILASCDHPNIVKLLD 50 60 70 80 90 100 680 690 700 710 720 730 KIAA17 ISIHP--LCFALELAPLSSLNTVLSENARDSSFIPLGHMLTQKIAYQIASGLAYLHKKNI . : . .:. .....:. : : :: . : . : ..: ::: ..: KIAA02 AFYYENNLWILIEFCAGGAVDAVMLELER-----PLTESQIQVVCKQTLDALNYLHDNKI 110 120 130 140 150 160 740 750 760 770 780 KIAA17 IFCDLKSDNILVWSLDVKEHINIKLSDYGISRQSFH--EGALGVEGTPGYQAPEI----- : :::. ::: ..:: .:::.:.:.: .. . . . ::: ..:::. KIAA02 IHRDLKAGNIL-FTLDG----DIKLADFGVSAKNTRTIQRRDSFIGTPYWMAPEVVMCET 170 180 190 200 210 790 800 810 820 830 840 KIAA17 ---RPRIVYDEKVDMFSYGMVLYELLSGQRPALGHHQL---QIAKKLSKGIRPVLGQPEE :: :: :.:..: :..: :. . : ::.: .. :..:. :.:.:: . KIAA02 SKDRP---YDYKADVWSLGITLIEMAEIEPP---HHELNPMRVLLKIAKSEPPTLAQPSR 220 230 240 250 260 270 850 860 870 880 890 900 KIAA17 VQFRRLQALMMECWDTKPEKRPLALSVVSQMKDPTFATFMYELCCGKQTAFFSSQGQ-EY . .. .. .: . . . : ..::. . :.: . .: . .... : KIAA02 WS-SNFKDFLKKCLEKNVDARW----TTSQLLQHPFVT----VDSNKPIRELIAEAKAEV 280 290 300 310 320 910 920 930 940 950 960 KIAA17 TVVFWDGKEESRNYTVVNTEKGLMEVQRMCCPGMKVSCQLQVQRSLWTATEDQKIYIYTL : :::::... . :. KIAA02 TEEVEDGKEEDEEEETENSLPIPASKRASSDLSIASSEEDKLSQNACILESVSEKTERSN 330 340 350 360 370 380 >>KIAA1459 ( 853 res) fh16961 (853 aa) initn: 105 init1: 67 opt: 234 Z-score: 199.4 bits: 48.6 E(): 5.4e-06 Smith-Waterman score: 257; 25.610% identity (51.220% similar) in 328 aa overlap (562-872:447-738) 540 550 560 570 580 KIAA17 PSEKSEDVQYFDMEDCVLTAIERDFISCPRHPDLPVPLQELVPELFMTDFPARL---F-- :: .: .. . . :.: : KIAA14 GYSKAFQDSDEEKMHYQNGQAPPPVFLPLHHPPGKLPEPQFYAQPHTYEEPGRAGRSFTR 420 430 440 450 460 470 590 600 610 620 630 640 KIAA17 -LENSKLEHSEDEGSVLGQGGSGTVIY-RARYQGQPVAVKRFHIKKFKNFANVPADTMLR .: :.. : : ...:.: :: : : : : :: .:: . .. KIAA14 EIEASRI-HIE---KIIGSGDSGEVCYGRLRVPGQ---------------RDVP--VAIK 480 490 500 510 650 660 670 680 690 700 KIAA17 HLRATDAMKNFSEFRQEASMLHALQHPCIVALIGISIHP--LCFALELAPLSSLNTVLSE :.: . .. .: .:::.. ..:: :. : :. . .. : .::.: : KIAA14 ALKAGYTERQRRDFLSEASIMGQFDHPNIIRLEGVVTRGRLAMIVTEYMENGSLDTFLRT 520 530 540 550 560 570 710 720 730 740 750 760 KIAA17 NARDSSFIPLGHMLTQKIAYQIASGLAYLHKKNIIFCDLKSDNILVWSLDVKEHINIKLS . . ... : :: ...:. :: . . :: . :.:: : .. :.: KIAA14 HDGQFTIMQLVGMLRG-----VGAGMRYLSDLGYVHRDLAARNVLVDS-----NLVCKVS 580 590 600 610 620 770 780 790 800 810 KIAA17 DYGISRQSFHEGALGVEGTPG-----YQAPEIRPRIVYDEKVDMFSYGMVLYELLS-GQR :.:.:: . . : : . ::: ... :..:.:.:..:.:. :.: KIAA14 DFGLSRVLEDDPDAAYTTTGGKIPIRWTAPEAIAFRTFSSASDVWSFGVVMWEVLAYGER 630 640 650 660 670 680 820 830 840 850 860 870 KIAA17 PALGHHQLQIAKKLSKGIR-PV-LGQPEEVQFRRLQALMMECWDTKPEKRPLALSVVSQM : . . .. ... .: : :. .: :. :. ::..:: .:: ..:: KIAA14 PYWNMTNRDVISSVEEGYRLPAPMGCPHA-----LHQLMLDCWHKDRAQRPRFSQIVSVL 690 700 710 720 730 740 880 890 900 910 920 930 KIAA17 KDPTFATFMYELCCGKQTAFFSSQGQEYTVVFWDGKEESRNYTVVNTEKGLMEVQRMCCP KIAA14 DALIRSPESLRATATVSRCPPPAFVRSCFDLRGGSGGGGGLTVGDWLDSIRMGRYRDHFA 750 760 770 780 790 800 >>KIAA0537 ( 698 res) hg03925 (698 aa) initn: 79 init1: 79 opt: 232 Z-score: 198.9 bits: 48.2 E(): 5.8e-06 Smith-Waterman score: 252; 27.599% identity (54.122% similar) in 279 aa overlap (592-864:88-331) 570 580 590 600 610 KIAA17 HPDLPVPLQELVPELFMTDFPARLFLENSKLEHSEDEGSVLGQGGSGTVIYRA--RYQGQ :.: . .::.: : : :: :..:. 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KIAA06 RGRHRQKTDWEVAIKSINKKNLSKSQILLGKEIKILKELQHENIVALYDVQELPNSVFLV 90 100 110 120 130 140 690 700 710 720 730 740 KIAA17 LELAPLSSLNTVLSENARDSSFIPLGHMLTQKIAYQIASGLAYLHKKNIIFCDLKSDNIL .: ..: : .:. . :.. . . .:::... ::.:.:: ::: .::: KIAA06 MEYCNGGDLADYL--QAKGT----LSEDTIRVFLHQIAAAMRILHSKGIIHRDLKPQNIL 150 160 170 180 190 200 750 760 770 780 790 800 KIAA17 VWSLDVKEH----INIKLSDYGISRQSFHEGALGVE--GTPGYQAPEIRPRIVYDEKVDM . . .. : ::..:.:..: .: . ... :.: :.:::. :: :.:. 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