# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg04229.fasta.huge -Q ../query/KIAA1779.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1779, 1233 aa vs ./tmplib.25089 library 1986272 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5839+/-0.0109; mu= -19.9470+/- 0.732 mean_var=533.1961+/-129.486, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.055543 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0482 ( 1332 res) hj01880 (1332) 1761 156.9 1.9e-38 KIAA0347 ( 1281 res) hg01528(revised) (1281) 1543 139.5 3.4e-33 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 317 41.3 0.0014 >>KIAA0482 ( 1332 res) hj01880 (1332 aa) initn: 1521 init1: 489 opt: 1761 Z-score: 782.1 bits: 156.9 E(): 1.9e-38 Smith-Waterman score: 2252; 37.248% identity (61.326% similar) in 1192 aa overlap (66-1219:168-1255) 40 50 60 70 80 90 KIAA17 GAKDEALGEESGERWSPEFHLQRKLADSSHSEQQDRNRVSEELIMVVQEMKKYFPSERRN :::. : :...::. ...:.: .: :::. 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KIAA04 EARLAEVTESSNQD-------ALS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSG 1070 1080 1090 1100 1110 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA17 TGSPPSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEPIW .:: . : : . . .: :: .: :. .:. ::. .. .. ... : ..::: KIAA04 SGSHEGGSTSASITRSSQSSHTSKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIW 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA17 RMIRQTPERILMTYQVPERVKEVVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQSQ .. .. .:..:::::: : :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:... KIAA04 LLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKG 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1200 1210 1220 1230 KIAA17 TVTQEIDIQACVTCENEDSADGAATSCGQVLVEDSC . . .:..::: : . . : KIAA04 QLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGC 1240 1250 1260 1270 1280 1290 >>KIAA0347 ( 1281 res) hg01528(revised) (1281 aa) initn: 1451 init1: 529 opt: 1543 Z-score: 687.9 bits: 139.5 E(): 3.4e-33 Smith-Waterman score: 2189; 37.393% identity (63.076% similar) in 1281 aa overlap (11-1218:53-1244) 10 20 30 KIAA17 LQSEREAGCGPSQHDVE-PRGDLEMPRGEAPGPGR--RGA : :.::. :. .: . :: .:. KIAA03 PEPSMNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDMSSGSSGHETNENCSTGRDSQGS 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 KIAA17 KDEALGEESG-------ERWSPE-FHLQRKLADSSH--------SEQQDRNRVSEELIMV . :.: : : ::. : :. .: : : :.:... . .::: . 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KIAA04 -------LHGQGPPGPHSLQAGPL---LQHPGPPQPFGLPPQASQGQAPLGTSPAAAYPH 840 850 860 870 880 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA17 GSESSPATTGALSTGSPPRENPSHPTASALSTGSPPMKNPSHPTASALSTGSPPMKNPSH : . ::. .::.. .::::.: :. :. .:: .: . . :: . : KIAA04 TSLQLPASQSALQSQQPPREQPLPPAPLAMPHIKPPPTTPIPQLPAPQAHKHPP--HLSG 890 900 910 920 930 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA17 PTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGSPPSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSSVYSSKI :. ... .::: :. . ::: ::: : KIAA04 PSPFSMNANLPP--PPALKPLSSLSTHHPPSAHPPPLQLMPQSQPLPSSPAQPPGLTQSQ 940 950 960 970 980 990 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA17 SQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEPIWRMIRQTPERILMTYQVPERVKEVVLKEDLEKLESM KIAA04 NLPPPPASHPPTGLHQVAPQPPFAQHPFVPGGPPPITPPTCPSTSTPPAGPGTSAQPPCS 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1233 residues in 1 query sequences 1986272 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:16:42 2008 done: Thu Dec 18 15:16:43 2008 Total Scan time: 0.750 Total Display time: 0.220 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]