# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj16085mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1766.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1766, 1123 aa vs ./tmplib.25089 library 1986382 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3378+/-0.00496; mu= 20.8019+/- 0.338 mean_var=91.6304+/-21.651, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.133984 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0476 ( 1626 res) ah04654 (1626) 433 95.1 8.7e-20 KIAA1091 ( 1359 res) hk04373 (1359) 316 72.4 5e-13 KIAA1277 ( 1039 res) fj11251 (1039) 254 60.2 1.7e-09 KIAA0358 ( 1584 res) hh00017 (1584) 239 57.6 1.7e-08 KIAA0870 ( 1019 res) hk06970(revised) (1019) 237 56.9 1.7e-08 KIAA1608 ( 872 res) fj20142 ( 872) 222 53.9 1.1e-07 >>KIAA0476 ( 1626 res) ah04654 (1626 aa) initn: 409 init1: 324 opt: 433 Z-score: 447.1 bits: 95.1 E(): 8.7e-20 Smith-Waterman score: 546; 28.044% identity (56.458% similar) in 542 aa overlap (1-495:348-874) 10 20 KIAA17 RFPQKDWDDTPFPQGIELFCQPGG-----W :.:..: . :.:... .:: : : : KIAA04 PGMWGPAVYLCYKVGLAKANTLVYEAELLGRYPEEDNEAFPLPESVPVFCLPMGATIECW 320 330 340 350 360 370 30 40 50 60 70 80 KIAA17 QLSRERKQPTFFVVVLTDIDSDRHYCSCLTFYEAEINLQGTKKEEIEGEAKVSGLIQPAE . . :.: . ::: .:. : . : :::: . . : .:.. ::.. .: KIAA04 PAQTKYPVPVFSTFVLTGAAGDKVYGAALQFYEAF-----PRARLSERQARALGLLSAVE 380 390 400 410 420 430 90 100 110 120 130 KIAA17 ---------VFAPKSLVLVSRLYYPEIFRACLGLIYTVYVDSLN-VSLESLIANLCACL- : . ......:: ::: : ..: :.. . . ::. :... . KIAA04 RGRALGGRAVRSRRAIAVLSRWPAFPAFRAFLTFLYRYSVSGPHRLPLEAHISHFIHNVP 440 450 460 470 480 490 140 150 160 170 180 190 KIAA17 VPAAGGSQKLFSLGAGDRQLIQTPLHDSLPITGTSVALLFQQLGIQNVLSLFCAVLTENK :. . : ... : :. :. . ::..:.: :.:.:: . ...:. :::::.: KIAA04 FPSPQRPRILVQMSPYDNLLLCQPVSSPLPLSGASFLQLLQSLGPELAITLLLAVLTEHK 500 510 520 530 540 550 200 210 220 230 240 250 KIAA17 VLFHSASFQRLSDACRALESLMFPLKYSYPYIPILPAQLLEVLSSPTPFIIGVHSVFKTD .: :: . :...:.:: :..:::... ::::. : : .:::.:.:::.:.:: . : KIAA04 LLVHSLRPDLLTSVCEALVSMIFPLHWQCPYIPLCPLVLADVLSAPVPFIVGIHSSY-FD 560 570 580 590 600 610 260 270 280 290 300 310 KIAA17 VHEL-LDVIIADLDGGTIKIPECIHLSSLPEPLLHQTQSALSLILHPDLEVADHAFPPPR .:. ::: .::: .:. : .: : :. : .. ..: : . :... :. KIAA04 LHDPPADVICVDLDTNTLFQTEEKKLLS-PRTLPRRPYKVLLATLTNLYQQLDQTYTGPE 620 630 640 650 660 670 320 330 340 350 KIAA17 TALS-------------HSKMLDKEVRAVFLRLFAQLFQGYRSCLQ-LIRIHAEPVIH-- : . :..::...:::..: :..::: :. : . .: . KIAA04 EEASLEFLLTDYEAVCGRRARLEREVQGAFLRFMACLLKGYRVFLRPLTQAPSEGARDVD 680 690 700 710 720 730 360 370 380 390 400 410 KIAA17 --FHKTAFLGQRGLVENDFLTKVLSGMAFAGFVSE--RGPPYRSC-DLFDELVAFEVERI : .:: .: . . ...: . :. :. : : .. ..:: : :.. KIAA04 NLFFLQGFLKSRERSSHKLYSQLLHTQMFSQFIEECSFGSARHAALEFFDSCV----EKV 740 750 760 770 780 420 430 440 450 460 470 KIAA17 KVEENNPVKM-IKHVRELAEQLFKNENPNPHMAFQKVPRPTEGSHLRVHILPFPEINEAR . :...: . ...::. . . :. .:. .:.. . :::. .:. KIAA04 HPEQEKPEPTPLVELEELSGSELTVFITPPEEP--ALPEGSESTPQYCYD-GFPEL-RAE 790 800 810 820 830 840 480 490 500 510 520 KIAA17 VQELIQENVAK------NQNAP--PATRIEKKCVVPAGPPVVSIMDKVTTVFNSAQRLEV . : .::. . ...:: :: : :. KIAA04 LFESLQEQPGALPVPGPSRSAPSSPAPRRTKQEMKVAQRMAQKSAAVPELWARCLLGHCY 850 860 870 880 890 900 530 540 550 560 570 580 KIAA17 VRNCISFIFENKILETEKTLPAALRALKGKAARQCLTDELGLHVQQNRAILDHQQFDYII KIAA04 GLWFLCLPAYVRSAPSRVQALHTAYHVLRQMESGKVVLPDEVCYRVLMQLCSHYGQPVLS 910 920 930 940 950 960 >>KIAA1091 ( 1359 res) hk04373 (1359 aa) initn: 270 init1: 270 opt: 316 Z-score: 325.7 bits: 72.4 E(): 5e-13 Smith-Waterman score: 352; 27.410% identity (56.024% similar) in 332 aa overlap (1-286:152-477) 10 20 KIAA17 RFPQK-DWDDTPFPQ-GIELFCQPGG--WQ :.:.. .:. :: : .. ..:.: : .. KIAA10 GASPFISSTTEGENFEQTPLRRTFKSKVLARYPENVEWN--PFDQDAVGMLCMPKGLAFK 130 140 150 160 170 30 40 50 60 KIAA17 LSRERKQPTFFVVVLTDIDSDRHYCSCLTFYE-------------------AEINL---- . . ..: : . ..: :..: . ::::: :: .. KIAA10 TQADPREPQFHAFIITREDGSRTFGFALTFYEEVTSKQICSAMQTLYHMHNAEYDVLHAP 180 190 200 210 220 230 70 80 90 100 110 KIAA17 --QGTKKEEIE-GE-AKVSGL-------IQPAEVFAPKSLVLVSRLYYPEIFRACLGLIY . . .: :: . :. : :. ... : . :.. . . . :. : .. KIAA10 PADDRDQSSMEDGEDTPVTKLQRFNSYDISRDTLYVSKCICLITPMSFMKACRSVLQQLH 240 250 260 270 280 290 120 130 140 150 160 KIAA17 TVYVDSLN--VSLESLIAN-LCACLVPAAGGSQKLFSLGAGDRQLIQTPLHDSLPITGTS . .. . ::: : : : .: : : : :: :. . : : . ::. KIAA10 QAVTSPQPPPLPLESYIYNVLYEVPLPPPGRSLK-FS-GVYGPIICQRPSTNELPLFDFP 300 310 320 330 340 350 170 180 190 200 210 220 KIAA17 VALLFQQLGIQNVLSLFCAVLTENKVLFHSASFQRLSDACRALESLMFPLKYSYPYIPIL : .:. ::..::..:: .: : ..:..: .::: . ... .::::..... :.::: KIAA10 VKEVFELLGVENVFQLFTCALLEFQILLYSQHYQRLMTVAETITALMFPFQWQHVYVPIL 360 370 380 390 400 410 230 240 250 260 270 280 KIAA17 PAQLLEVLSSPTPFIIGVHSVFKTDVHEL-----LDVIIADLDGGTIKIPECIHLSSLPE ::.::. :..:.:...:.:: : .: .. ..:.:. :..:: : ..:. KIAA10 PASLLHFLDAPVPYLMGLHSNGLDDRSKLELPQEANLCFVDIDNHFIELPE--DLPQFPN 420 430 440 450 460 470 290 300 310 320 330 340 KIAA17 PLLHQTQSALSLILHPDLEVADHAFPPPRTALSHSKMLDKEVRAVFLRLFAQLFQGYRSC : KIAA10 KLEFVQEVSEILMAFGIPPEGNLHCSESASKLKRLRASELVSDKRNGNIAGSPLHSYELL 480 490 500 510 520 530 >>KIAA1277 ( 1039 res) fj11251 (1039 aa) initn: 189 init1: 157 opt: 254 Z-score: 262.1 bits: 60.2 E(): 1.7e-09 Smith-Waterman score: 257; 25.385% identity (52.564% similar) in 390 aa overlap (14-391:639-992) 10 20 30 40 KIAA17 RFPQKDWDDTPFPQGIELFCQPGG--WQLSRERKQPTFFVVVL ..: :: : . : .. . :: :: KIAA12 GAAYVPELTQQFPLKLERSFKFMREAEDQLKAIPQFCFPDAKDWVPVQQFTSETF-SFVL 610 620 630 640 650 660 50 60 70 80 90 100 KIAA17 TDIDSDRHYCSCLTFYEAEINLQGTKKEEIEGEAKVSGLIQPAEVFAPKSLVLVSRLYYP : :..:.. : . : : : ... :. .:::: KIAA12 TGEDGSRRFGYCRRL------LPGGKGKRL-----------------PEVYCIVSRLGCF 670 680 690 700 110 120 130 140 150 KIAA17 EIFRACLGLIYTVYVDSLNVSLESLIANLCACLVPAAGGSQ--KLFSLGAGDRQL-IQTP .: : . : . .. :. .. :: : . : : :.: . . . : KIAA12 SLFSRILDEVEKRRGISPAL-VQPLMRSVMEAPFPALGKTILVKNFLPGSGTEVIELCRP 710 720 730 740 750 760 160 170 180 190 200 210 KIAA17 LHDSLPITGTSVALLFQQLGIQNVLSLFCAVLTENKVLFHSASFQRLSDACRALESLMFP : . : .. ::..:...... .: ..: : .:.: . ... :: :.:. .:..: KIAA12 LDSRLE--HVDFESLFSSLSVRHLVCVFASLLLERRVIFIADKLSILSKCCHAMVALIYP 770 780 790 800 810 820 220 230 240 250 260 270 KIAA17 LKYSYPYIPILPAQLLEVLSSPTPFIIGVHSVFKTDVHEL--LDVIIADLDGGTIKIPEC . ... :::.:: ..... :::::.::. : ..:: .:...:: .. . KIAA12 FAWQHTYIPVLPPAMVDIVCSPTPFLIGLLSSSLPLLRELPLEEVLVVDLVNSRFLRQMD 830 840 850 860 870 880 280 290 300 310 320 330 KIAA17 IHLSSLPEPLLHQTQSALSLILHPDLEVADHAFPPPRTALS--HSKMLDKEVRAVFLRLF . : ::. : : .: ::. :.: . : . .:. :.. : .:.:.: KIAA12 DEDSILPRKL----QVVLEHILEQRNELACEQDEGPLDGRHGPESSPLNEVVSEAFVRFF 890 900 910 920 930 340 350 360 370 380 390 KIAA17 AQLFQGYRSCLQLIRIHAEPVIHFHKTAF---LGQRGLVENDFLTKVLSGMAFAGFVSER ... :. : : : . : ... :: .....: :: . . : ::..:: KIAA12 VEIV-GHYS-LFLTSGEREERT-LQREAFRKAVSSKSL--RHFLEVFMETQMFRGFIQER 940 950 960 970 980 990 400 410 420 430 440 450 KIAA17 GPPYRSCDLFDELVAFEVERIKVEENNPVKMIKHVRELAEQLFKNENPNPHMAFQKVPRP KIAA12 ELRRQDAKGLFEVRAQEYLETLPSGEHSGVNKFLKGLGNKMKFLHKK 1000 1010 1020 1030 >>KIAA0358 ( 1584 res) hh00017 (1584 aa) initn: 339 init1: 140 opt: 239 Z-score: 244.6 bits: 57.6 E(): 1.7e-08 Smith-Waterman score: 291; 25.050% identity (49.299% similar) in 499 aa overlap (1-367:40-535) 10 20 30 KIAA17 RFPQKDWDDTPFPQGIELFCQPGGWQLSRE :.: .: . :.: . .:::: : :. KIAA03 FCPRLLDYLVIVGARHPSSDSVAQTPELLRRYPLEDHTEFPLPPDVVFFCQPEGCLSVRQ 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 KIAA17 RKQP----TFFVVVLTDIDSD-RHYCSCLTFYEA---EINLQ------GTKKEEI----- :.. : :: .::: :. .: :..::.. .:. . :.. .: KIAA03 RRMSLRDDTSFVFTLTDKDTGVTRYGICVNFYRSFQKRISKEKGEGGAGSRGKEGTHATC 70 80 90 100 110 120 80 90 100 KIAA17 ---EG--EAKVSGL-IQPAEV-------FAPK-----------------SLVLVSRLYYP :: :.. :: .:: . .:. :: ..:. . KIAA03 ASEEGGTESSESGSSLQPLSADSTPDVNQSPRGKRRAKAGSRSRNSTLTSLCVLSHYPFF 130 140 150 160 170 180 110 120 KIAA17 EIFRACL-------------------GL--------IYTVYVDSLNVS------------ :: :: :. .. ... :: : KIAA03 STFRECLYTLKRLVDCCSERLLGKKLGIPRGVQRDTMWRIFTGSLLVEEKSSALLHDLRE 190 200 210 220 230 240 130 140 150 160 170 KIAA17 LESLIANLCACLVPAAGGSQKLFSLGAGDRQLIQTPLHDSLP------ITGTSVALLFQQ .:. : : ::..: :: .. . ..: : : .:: .. . : .. KIAA03 IEAWIYRLLRSPVPVSG--QKRVDIEVLPQEL-QPALTFALPDPSRFTLVDFPLHLPLEL 250 260 270 280 290 300 180 190 200 210 220 230 KIAA17 LGIQNVLSLFCAVLTENKVLFHSASFQRLSDACRALESLMFPLKYSYPYIPILP---AQL ::.. :... .: :.::...: ... :: . :. ....::.: .: ::.:: :. KIAA03 LGVDACLQVLTCILLEHKVVLQSRDYNALSMSVMAFVAMIYPLEYMFPVIPLLPTCMASA 310 320 330 340 350 360 240 250 260 270 280 KIAA17 LEVLSSPTPFIIGVHSVF---KTDVHELLDVIIADLDGGTIKIPECIH-LSSLPEPL--- ..: .:::.:::: . : : : . :: ..:::.. . : . : :::: KIAA03 EQLLLAPTPYIIGVPASFFLYKLDFKMPDDVWLVDLDSNRVIAPTNAEVLPILPEPESLE 370 380 390 400 410 420 290 300 310 320 KIAA17 ----LHQTQSALSLILHPDLEVAD----HAFP-----P-------PRTALS------HSK :.:. ...:: .: :.. . .: : : : .. KIAA03 LKKHLKQALASMSLNTQPILNLEKFHEGQEIPLLLGRPSNDLQSTPSTEFNPLIYGNDVD 430 440 450 460 470 480 330 340 350 360 370 KIAA17 MLDKEVRAVFLRLF--AQLFQGYRSCLQLIRIHAEPVIHFHKTAFLGQRGLVENDFLTKV .: .:....:.: :...::.. . .:. .::. :. .::..: KIAA03 SVDVATRVAMVRFFNSANVLQGFQMHTRTLRLFPRPVVAFQAGSFLASRPRQTPFAEKLA 490 500 510 520 530 540 380 390 400 410 420 430 KIAA17 LSGMAFAGFVSERGPPYRSCDLFDELVAFEVERIKVEENNPVKMIKHVRELAEQLFKNEN KIAA03 RTQAVEYFGEWILNPTNYAFQRIHNNMFDPALIGDKPKWYAHQLQPIHYRVYDSNSQLAE 550 560 570 580 590 600 >>KIAA0870 ( 1019 res) hk06970(revised) (1019 aa) initn: 201 init1: 176 opt: 237 Z-score: 244.5 bits: 56.9 E(): 1.7e-08 Smith-Waterman score: 249; 24.901% identity (59.289% similar) in 253 aa overlap (164-404:6-249) 140 150 160 170 180 190 KIAA17 LVPAAGGSQKLFSLGAGDRQLIQTPLHDSLPITGTSVALLFQQLGIQNVLSLFCAVLTEN :: .. : . . ..::... .:::. KIAA08 ADPESPILDLDLHLPLLCFRPEKVLQILTCILTEQ 10 20 30 200 210 220 230 240 250 KIAA17 KVLFHSASFQRLSDACRALESLMFPLKYSYPYIPILPAQLLEVLSSPTPFIIGVHSVFKT ...: :... :. . . . . ..::....:..::: :.:. . .:: :..: : KIAA08 RIVFFSSDWALLTLVTECFMAYLYPLQWQHPFVPILSDQMLDFVMAPTSFLMGCHLDHFE 40 50 60 70 80 90 260 270 280 290 300 KIAA17 DVHELLD-VIIADLDGGTIKIPECIHLS-SLPE-PLLH-QT--QSALSLILHPDLEVADH .: . : ... ..: :.: . . ..:. ::: :: : . :: :: .:..: : KIAA08 EVSKEADGLVLINIDHGSITYSKSTDDNVDIPDVPLLAAQTFIQRVQSLQLHHELHAA-H 100 110 120 130 140 150 310 320 330 340 350 360 KIAA17 AFPPP--RTALSHSKM----LDKEVRAVFLRLFAQLFQGYRSCLQLIRIHAEPVIHFHKT . . . .: . :. ... . :.:....:. .. : . : . :.. KIAA08 LLSSTDLKEGRAHRRSWQQKLNCQIQQTTLQLLVSIFRDVKNHL-----NYEHRV-FNSE 160 170 180 190 200 370 380 390 400 410 420 KIAA17 AFLGQRGLVENDFLTKVLSGMAFAGFVSERGPPYRSCDLFDELVAFEVERIKVEENNPVK :: :. ...: .::. . : .:.. : : : : .. KIAA08 EFLKTRAPGDHQFYKQVLDTYMFHSFLKARL--NRRMDAFAQMDLDTQSEEDRINGMLLS 210 220 230 240 250 260 430 440 450 460 470 480 KIAA17 MIKHVRELAEQLFKNENPNPHMAFQKVPRPTEGSHLRVHILPFPEINEARVQELIQENVA KIAA08 PRRPTVEKRASRKSSHLHVTHRRMVVSMPNLQDIAMPELAPRNSSLRLTDTAGCRGSSAV 270 280 290 300 310 320 >>KIAA1608 ( 872 res) fj20142 (872 aa) initn: 136 init1: 103 opt: 222 Z-score: 229.5 bits: 53.9 E(): 1.1e-07 Smith-Waterman score: 233; 22.120% identity (52.304% similar) in 434 aa overlap (162-564:63-480) 140 150 160 170 180 190 KIAA17 ACLVPAAGGSQKLFSLGAGDRQLIQTPLHDSLPITGTSVALLFQQLGIQNVLSLFCAVLT :.: . ... : . ..:.: :. ..: KIAA16 LHKLPIPDPGVSVHLSVHSYFTVPDTRELPSIP-ENRNLTEYFVAVDVNNMLHLYASMLY 40 50 60 70 80 90 200 210 220 230 240 250 KIAA17 ENKVLFHSASFQRLSDACRALESLMFPLKYSYPYIPILPAQLLEVLSSPTPFIIGVHSVF : ..:. .... :. .. ....:. ... :::.:: .::. .: :..::.: . KIAA16 ERRILIICSKLSTLTACIHGSAAMLYPMYWQHVYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHLSL 100 110 120 130 140 150 260 270 280 290 300 KIAA17 KTDVHELL--DVIIADLDGGTIKIPECIHLSSLPEPLLHQTQSALSLILHPDLEVADHAF :... ::.: ..: .:.. : :.:::. .. . .. :. . . . .:: KIAA16 MEKVRNMALDDVVILNVDTNTLETP-FDDLQSLPNDVISSLKNRLKKVSTTTGDGVARAF 160 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 KIAA17 PPPRTAL--SHSKMLDKEVR---AVFLRLFAQLFQGYRSCLQLIRIHAEPVIHFHKTAFL ..:. :. . : : . :.. . .. .... .. . ::. :. :. : KIAA16 LKAQAAFFGSYRNALKIEPKGSGAILNTVKTKANPAMKTVYKFAKDHAKMGIKEVKNR-L 220 230 240 250 260 370 380 390 400 410 KIAA17 GQRGLVENDFLT---KVLSGMAFAGFVSERGPPYRSCDLFDELVAFEVER------IKVE :. ..:: . : : . .: . : : : : : : .: KIAA16 KQKDIAENGCAPTPEEQLPKTAPSPLVEAKDPKLRE-DRRPITVHFGQVRPPRPHVVKRP 270 280 290 300 310 320 420 430 440 450 460 KIAA17 ENN------------PVKMIKHVRELAEQLFKNENPNPHMAFQKVPRPTEG-SHLRVHIL ..: : ...: .:. : .: .:. . :. :. : .. KIAA16 KSNIAVEGRRTSVPSPEHLVKPLRHYA--VFLSEDSSDD-ECQREEGPSSGFTESFFFSA 330 340 350 360 370 380 470 480 490 500 510 520 KIAA17 PFPEINEARVQELIQENVAKNQNAP-PATRIEKKC-VVPAGPPVVSIMDKVTTVFNSAQR :: . :. : . . :....: : ...:. ::: : .. .: . ::.. . KIAA16 PFEWPQPYRT--LRESDSAEGDEAESPEQQVRKSTGPVPAPPDRAASIDLLEDVFSNLD- 390 400 410 420 430 440 530 540 550 560 570 580 KIAA17 LEVVRNCISFIFENKILETEKTLPAALRALKGKAARQCLTDELGLHVQQNRAILDHQQFD .. .. . . : :: .. : :: : : : .:: KIAA16 ---MEAALQPLGQAKSLEDLRA-PKDLREQPGTFDYQRL--DLGGSERSRGVTVALKLTH 450 460 470 480 490 590 600 610 620 630 640 KIAA17 YIIRMMNCTLQDCSSLEEYNIAAALLPLTSAFYRKLAPGVSQFAYTCVQDHPIWTNQQFW KIAA16 PYNKLWSLGQDDMAIPSKPPAASPEKPSALLGNSLALPRRPQNRDSILNPSDKEEVPTPT 500 510 520 530 540 550 1123 residues in 1 query sequences 1986382 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:16:04 2008 done: Thu Dec 18 15:16:05 2008 Total Scan time: 0.720 Total Display time: 0.190 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]