# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj10485mrp1.fasta.nr -Q ../query/KIAA1764.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1764, 1029 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7805165 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2907+/-0.000202; mu= 8.5888+/- 0.011 mean_var=146.6867+/-27.954, 0's: 31 Z-trim: 137 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.105896 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119607526|gb|EAW87120.1| leucine rich repeat an (1012) 6470 1001.3 0 gi|189028877|sp|Q9C099.2|LRCC1_HUMAN RecName: Full (1032) 6382 987.9 0 gi|114620776|ref|XP_001163929.1| PREDICTED: sodium (1119) 6326 979.4 0 gi|109086853|ref|XP_001096398.1| PREDICTED: simila (1095) 6220 963.2 0 gi|117414154|ref|NP_001070969.1| sodium channel as ( 939) 5958 923.1 0 gi|112180705|gb|AAH30701.3| LRRCC1 protein [Homo s ( 933) 5743 890.2 0 gi|194380242|dbj|BAG63888.1| unnamed protein produ ( 876) 5588 866.5 0 gi|73999540|ref|XP_544157.2| PREDICTED: similar to (1215) 5536 858.7 0 gi|194214801|ref|XP_001490089.2| PREDICTED: leucin (1072) 5384 835.4 0 gi|189028878|sp|Q69ZB0.2|LRCC1_MOUSE RecName: Full (1026) 5256 815.9 0 gi|148673195|gb|EDL05142.1| leucine rich repeat an (1026) 5244 814.0 0 gi|148673196|gb|EDL05143.1| leucine rich repeat an ( 993) 5064 786.5 0 gi|12835963|dbj|BAB23437.1| unnamed protein produc ( 993) 5058 785.6 0 gi|109464586|ref|XP_342210.3| PREDICTED: similar t ( 993) 4864 756.0 2.2e-215 gi|194374807|dbj|BAG62518.1| unnamed protein produ ( 751) 4766 740.8 5.8e-211 gi|16551520|dbj|BAB71115.1| unnamed protein produc ( 720) 4612 717.3 6.8e-204 gi|12855356|dbj|BAB30303.1| unnamed protein produc ( 847) 4425 688.8 3e-195 gi|194672819|ref|XP_001254978.2| PREDICTED: simila ( 788) 4224 658.1 5.1e-186 gi|109466299|ref|XP_001054030.1| PREDICTED: simila ( 852) 4117 641.8 4.5e-181 gi|38173988|gb|AAH61202.1| Lrrcc1 protein [Mus mus ( 996) 3746 585.1 5.7e-164 gi|148673197|gb|EDL05144.1| leucine rich repeat an ( 994) 3739 584.1 1.2e-163 gi|149048425|gb|EDM00966.1| sodium channel associa ( 667) 3483 544.8 5.4e-152 gi|16553984|dbj|BAB71626.1| unnamed protein produc ( 502) 3153 494.2 6.8e-137 gi|149577667|ref|XP_001516640.1| PREDICTED: simila ( 812) 2829 445.0 7.4e-122 gi|109466301|ref|XP_001054150.1| PREDICTED: simila ( 467) 2275 360.1 1.5e-96 gi|109464588|ref|XP_001066618.1| PREDICTED: simila ( 467) 2268 359.0 3.2e-96 gi|82237108|sp|Q6NRC9.1|LRCC1_XENLA RecName: Full= (1030) 2205 349.7 4.3e-93 gi|118087157|ref|XP_418316.2| PREDICTED: similar t ( 983) 2062 327.9 1.6e-86 gi|125806066|ref|XP_690381.2| PREDICTED: si:ch211- ( 997) 1945 310.0 3.8e-81 gi|148725581|emb|CAN88711.1| novel protein similar ( 554) 1641 263.3 2.5e-67 gi|126321216|ref|XP_001376791.1| PREDICTED: simila ( 895) 1623 260.8 2.3e-66 gi|194390480|dbj|BAG62002.1| unnamed protein produ ( 276) 1549 248.9 2.7e-63 gi|71043412|gb|AAH99680.1| Lrrcc1 protein [Mus mus ( 452) 1392 225.1 6.1e-56 gi|198436926|ref|XP_002122133.1| PREDICTED: simila ( 956) 1261 205.5 1.1e-49 gi|115959739|ref|XP_001191750.1| PREDICTED: simila ( 364) 1066 175.2 5.2e-41 gi|23451289|gb|AAN32726.1|AF421192_1 sodium channe ( 208) 1055 173.3 1.2e-40 gi|47208342|emb|CAF88490.1| unnamed protein produc ( 832) 1061 174.9 1.5e-40 gi|190589065|gb|EDV29087.1| hypothetical protein T ( 801) 816 137.4 2.8e-29 gi|110645401|gb|AAI18811.1| LOC780229 protein [Xen ( 463) 804 135.3 6.9e-29 gi|115731049|ref|XP_001195080.1| PREDICTED: simila ( 203) 635 109.1 2.4e-21 gi|115927578|ref|XP_799284.2| PREDICTED: similar t ( 467) 637 109.8 3.3e-21 gi|115973349|ref|XP_001185066.1| PREDICTED: simila ( 841) 637 110.1 4.9e-21 gi|163778393|gb|EDQ92008.1| predicted protein [Mon ( 940) 630 109.1 1.1e-20 gi|221125742|ref|XP_002157730.1| PREDICTED: simila ( 668) 593 103.3 4.4e-19 gi|72148198|ref|XP_793924.1| PREDICTED: hypothetic ( 341) 560 97.9 9.3e-18 gi|156214308|gb|EDO35299.1| predicted protein [Nem ( 316) 551 96.5 2.3e-17 gi|89286892|gb|EAR84887.1| Leucine Rich Repeat fam ( 905) 501 89.3 9.3e-15 gi|189519630|ref|XP_001919236.1| PREDICTED: simila (1959) 465 84.2 7e-13 gi|115905527|ref|XP_001198839.1| PREDICTED: simila ( 161) 432 78.0 4.4e-12 gi|121913011|gb|EAY17825.1| viral A-type inclusion (2923) 447 81.7 6.2e-12 >>gi|119607526|gb|EAW87120.1| leucine rich repeat and co (1012 aa) initn: 6470 init1: 6470 opt: 6470 Z-score: 5349.0 bits: 1001.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 6470; 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