# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj10485mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1764.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1764, 1029 aa vs ./tmplib.25089 library 1986476 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8690+/-0.0104; mu= -8.4202+/- 0.699 mean_var=511.6781+/-125.906, 0's: 0 Z-trim: 21 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.056699 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984) 347 44.7 0.00014 KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635) 272 38.5 0.0089 KIAA0445 ( 1919 res) hg00102s1 (1919) 273 38.7 0.0092 >>KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984 aa) initn: 186 init1: 84 opt: 347 Z-score: 174.0 bits: 44.7 E(): 0.00014 Smith-Waterman score: 389; 24.429% identity (57.996% similar) in 569 aa overlap (488-1029:857-1392) 460 470 480 490 500 510 KIAA17 KEDIHSLALLTTDRLKEIIFRERNSKGQLEVMVHKLQNEIKKLTVELMKAKDQQEDHLKH ..: . ..:.. ::.:.:..:. .. 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KIAA04 RLEAEKEELSEEIAALQQE-RDEGLLLAESEKQQALSLKESEKTALSEKLMGTR-HSLAT 940 950 960 970 980 950 960 970 980 990 1000 KIAA17 QKNAMEKLHSMDDAFKRQVDAIVEAHQAEIAQLANEKQKCIDSANLKVHQIEKEMREL-- . ::. . .. ..: . :.: .:. .: .... . .:...... :.: KIAA04 ISLEMERQKRDAQSRQEQDRSTVNALTSELRDLRAQREEAAAAHAQEVRRLQEQARDLGK 990 1000 1010 1020 1030 1040 1010 1020 KIAA17 LEETC-KNKKTMEAKIKQLAFALNEIQQDM ...: .. . ...... : : . ..... KIAA04 QRDSCLREAEELRTQLRLLEDARDGLRRELLEAQRKLRESQEGREVQRQEAGELRRSLGE 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1029 residues in 1 query sequences 1986476 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:59 2008 done: Thu Dec 18 15:16:00 2008 Total Scan time: 0.680 Total Display time: 0.170 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]