# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh13904mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1756.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1756, 1001 aa vs ./tmplib.25089 library 1986504 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3366+/-0.0072; mu= -3.2314+/- 0.486 mean_var=211.9034+/-50.571, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 78 in 1/39 Lambda= 0.088106 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1000 ( 1956 res) hk09604y2 (1956) 206 40.3 0.0029 KIAA0728 ( 1637 res) fh22477 (1637) 199 39.3 0.0048 KIAA1561 ( 1416 res) fh20178s1 (1416) 192 38.4 0.008 >>KIAA1000 ( 1956 res) hk09604y2 (1956 aa) initn: 182 init1: 71 opt: 206 Z-score: 150.3 bits: 40.3 E(): 0.0029 Smith-Waterman score: 277; 20.947% identity (53.053% similar) in 950 aa overlap (107-987:1046-1955) 80 90 100 110 120 130 KIAA17 AESKLKSWIIKYGRRESVEQLLQNYVSFIENSKFFEQYEVTYQILKQTAEMYVKADGSVE : :. .: . :.: . .. . .. 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KIAA10 SESGEFLRRLEEKEALINQLSREKSNFTRQIEDLRGQLEKETKSQSALAHALQK---AQR 1310 1320 1330 1340 1350 1360 430 440 450 460 470 KIAA17 NCKKTLTLIEKGSQSVQKFV--TLSNVLKHFDQTRLQRQIADIHVAFQSMVKKTGDWKK- .: :. : :. . :::.: .. : :.. . ......: : . KIAA10 DCDLLREQYEE-EQEVKAELHRTLSKVNAEMVQWRMKYE--------NNVIQRTEDLEDA 1370 1380 1390 1400 1410 480 490 500 510 520 530 KIAA17 HVETNSRLMKKFEE---SRAELEKVLRIAQEGLEEKGDPEELLRRHTEFFSQLDQRVLN- . : ::.. : . :. .. : .. : :: : . ..:::. :. 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KIAA10 AELERKLSEKDEEIENFRRKQQCTIDSLQSSLDSEAKSRIEVTRLKKKMEEDLNEMELQL 1600 1610 1620 1630 1640 1650 690 700 710 720 730 740 KIAA17 S----RFSEFSSWISTNETQLKGIKGEAIDTAN-HGEVKR--AVEEIRNGVTKRGETLSW : . :: .. .. . :.: .. . :... ....:. :: : ::.. . : KIAA10 SCANRQVSEATKSLGQLQIQIKDLQMQLDDSTQLNSDLKEQVAVAERRNSLLQ--SELED 1660 1670 1680 1690 1700 750 760 770 780 790 800 KIAA17 LKSRLKVLTEVSSENEAQKQGDELAKLSSSFKALVTLLSEVEKMLSNFGDCVQYKEIVKN :.: :. :: . . .. . ... . ..:::. .:. .. . . :: KIAA10 LRS-LQEQTERGRRLSEEELLEATERINLFYTQNTSLLSQKKKLEADVAR--MQKEA--- 1710 1720 1730 1740 1750 1760 810 820 830 840 850 KIAA17 SLEELISGSKEVQEQAEKI-LDTENLFEA---QQLLLHHQQKTKR-ISAKKRDVQQQIAQ ::... ....:.:.: ... :: : .: . : ..:.. . :.:...:. KIAA10 --EEVVQECQNAEEKAKKAAIEAANLSEELKKKQDTIAHLERTRENMEQTITDLQKRLAE 1770 1780 1790 1800 1810 1820 860 870 880 890 900 KIAA17 AQQ----GEGGLPDRGHEELRKLESTLDG-LERSRERQE--RRIQVTLRKWE-RFETNKE :.: : .. . ..:.::. :.: ..:: : :. ::.. ... . : .:. KIAA10 AEQMALMGSRKQIQKLESRVRELEGELEGEIRRSAEAQRGARRLERCIKELTYQAEEDKK 1830 1840 1850 1860 1870 1880 910 920 930 940 950 960 KIAA17 TVVRYLFQTGSSHERFLSFSSLESLSSELEQTKEFSKRTESIAVQAE-NLVKEASEIPLG .. :. : . . . .... . .: . .. .:: .. : : : ::: .:. . KIAA10 NLSRMQTQMDKLQLKVQNYKQ-QVEVAETQANQYLSKYKKQ---QHELNEVKERAEVAES 1890 1900 1910 1920 1930 970 980 990 1000 KIAA17 PQNKQLLQQQAKSIKEQVKKLEDTLEEEYVIDKS :: :. .:. . ..:.. 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KIAA07 TERHLLASKPLGGLPETAKEQLNVHMEVCAAFEAKEETYKSLMQKGQQMLARCPKSAETN 560 570 580 590 600 610 350 360 370 380 390 400 KIAA17 MFATMSKLKEQLTKVKECYSPLLYESQQLLIPLEELEKQMTSFYDSLGKINEIITVLERE . ...:::. .:. . . .. : :..... .: . : . .. ..: : KIAA07 IDQDINNLKEKWESVETKLNERKTKLEEALNLAMEFHNSLQDFINWLTQAEQTLNVASRP 620 630 640 650 660 670 410 420 430 440 450 KIAA17 AQ--SSALFKQKHQELLACQENCK--------KTLTLIEKGSQSVQKFVTLSNVLKHFDQ . ...::. .....: . : . :: : .. ::. : : ..:.: : KIAA07 SLILDTVLFQIDEHKVFANEVNSHREQIIELDKTGTHLKYFSQK-QDVVLIKNLLISV-Q 680 690 700 710 720 730 460 470 480 490 500 510 KIAA17 TRLQRQIADIHVAFQSMVKKTGDWKKHVETNSRLMKKFEESRAELEKVLRIAQEGLEEKG .: .. . . .:. :. :. :.::. .:::. :.. :.::. KIAA07 SRWEKVVQRLVERGRSLDDARKRAKQFHEAWSKLMEWLEESEKSLDSELEIAN------- 740 750 760 770 780 520 530 540 550 560 KIAA17 DPEEL---LRRHTEFFSQLDQR-----VLNAFLKACDELTDILPEQEQQGLQEAVRKLHK ::... : .: :: ..: . . : .. : :.. .. . :.. . .:. KIAA07 DPDKIKTQLAQHKEFQKSLGAKHSVYDTTNRTGRSLKEKTSLADDNLK--LDDMLSELRD 790 800 810 820 830 840 570 580 590 600 610 KIAA17 QWKDLQGEAPYHLLHLK-IDVEKNRFLASVEECRTELDR-ETKL---MPQEGS----EKI .: . :.. . .:. . ...: ... : : : .: .: .:. .. KIAA07 KWDTICGKSVERQNKLEEALLFSGQFTDALQALIDWLYRVEPQLAEDQPVHGDIDLVMNL 850 860 870 880 890 900 620 630 640 650 660 670 KIAA17 IKEHRVFFSDKGPHHLCEKRLQLIEELCVKLPVRDPV---RDTPGTCHVTLKELRAAIDS : .:..: .. : :: . .. : : .:. . :: . .: ..:: . .. KIAA07 IDNHKAFQKELG------KRTSSVQAL--KRSARELIEGSRDDSSWVKVQMQELSTRWET 910 920 930 940 950 680 690 700 710 720 730 KIAA17 TYRKLMEDPDKWKDYTSRFSEFSSWISTNETQLKGIKGEAIDTAN-HGEVKRAVEEIRNG . . . . . :: : . . : .:: .: :: . . .:. KIAA07 VCALSISKQTRLEAALRQAEEFHSVVHALLEWL----AEAEQTLRFHGVLPDDEDALRTL 960 970 980 990 1000 1010 740 750 760 770 780 KIAA17 VTKRGETLSWLKSRLKVLTEVSSENE---AQKQGDELAKLSSSFKALVTLLSEV------ . .. : .. :. . :..... .. : . : .. .. . . . . :: KIAA07 IDQHKEFMKKLEEKRAELNKATTMGDTVLAICHPDSITTIKHWITIIRARFEEVLAWAKQ 1020 1030 1040 1050 1060 1070 790 800 810 820 830 840 KIAA17 --EKMLSNFGDCVQYKEIVKNSLEELISGSKEVQEQAEKILDTENLFEAQQLLLHHQQKT ... : .. . .:... : : . . .. .... : . :.. :. .:: KIAA07 HQQRLASALAGLIAKQELLEALLAWLQWAETTLTDKDKEVIPQE-IEEVKALIAEHQTFM 1080 1090 1100 1110 1120 1130 850 860 870 880 KIAA17 KRISAKKRDV-------QQQIAQAQQGEGGLP--DRGHEELRKLE-STL--DGLERSRER .... :. :: ... :. .. .. .: :.:. ... :.: .: . . : KIAA07 EEMTRKQPDVDKVTKTYKRRAADPSSLQSHIPVLDKGRAGRKRFPASSLYPSGSQTQIET 1140 1150 1160 1170 1180 1190 890 900 910 920 930 940 KIAA17 QERRIQVTLRKWERFETNKETVVRYLFQTGSSHERFLSFSSLESLSSELEQTKEFSKRTE .. :... . ::.. 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KIAA15 LK-LQNELAHKVAECKA---LALEC-ERVKEDSDEQIKQLEDALKDV--QKRMYESEGKV 470 480 490 500 510 270 280 290 300 310 320 KIAA17 DRMKKEYTDCVVTLSAFATEAHKKLSEPLEVSFMNVKLLIQDLEDIEQRVPVMDAQYKII .:. .. :.. :. ....:.: :. .. ..:. : .: . : KIAA15 KQMQTHFLALKEHLTSEAASGNHRLTEELKDQLKDLKV---KYEGASAEVGKLRNQI--- 520 530 540 550 560 330 340 350 360 370 KIAA17 TKTAHLITKESPQEEGKEMFATMSKLKEQLT-----------KVKEC--YSPLLYESQQL : ..:..: ..::: .. ..:...:. :: : . : . : KIAA15 -KQNEMIVEEFKRDEGK-LIEENKRLQKELSMCEMEREKKGRKVTEMEGQAKELSAKLAL 570 580 590 600 610 620 380 390 400 410 420 KIAA17 LIPLEELEKQMTSFYDSLGKINEIITVLEREAQSS-ALFKQKHQEL------LACQ---E :: :..:.. .:. . ... . .. .::: ..: . ..: ..:: :: . : KIAA15 SIPAEKFENMKSSLSNEVNEKAKKLVEMEREHEKSLSEIRQLKRELENVKAKLAQHVKPE 630 640 650 660 670 680 430 440 450 460 470 480 KIAA17 NCKKTLTLIEKGSQSVQKFVTLSNVLKHFDQTRLQRQIADIHVAFQSMVKKTGDWKKH-V . ... . .:. : . : .: .. .. : .... : .. .. . : . :.: : KIAA15 EHEQVKSRLEQKSGELGKKITELTLKNQTLQKEIEKVYLDNKLLKEQAHNLTIEMKNHYV 690 700 710 720 730 740 490 500 510 520 530 KIAA17 ETN-SRLMKKFEESRAEL--EKVLRIAQEGLEEKGDPEELLRRHTEFFSQLDQRVLNAFL . :. ::: ... . .:.: ..:. :.: . :.:: .. . .:. .:. ..:. KIAA15 PLKVSEDMKKSHDAIIDDLNRKLLDVTQKYTEKKLEMEKLLLEN-DSLSKDVSRLETVFV 750 760 770 780 790 800 540 550 560 570 580 590 KIAA17 KACDELTDILPEQEQQGLQEAVRKLHKQWKDLQ---GEAPYHLLHLKIDVEKNRFLASVE . :.: .:. . .:.:: ..:. :: .. : . . . . : . KIAA15 PPEKH------EKEIIALKSNIVELKKQLSELKKKCGEDQEKIHALTSENTNLKKMMSNQ 810 820 830 840 850 600 610 620 630 640 650 KIAA17 ECRTELDRETKLMPQEGSEKIIKEHRVFFSDKGPHHLCEKRLQLIEELCVKLPVRDPV-- .. .:.:. .. . : .: ... : :... :.. ::. .. . KIAA15 YVPVKTHEEVKM---TLNDTLAKTNRELLDVK-------KKFEDINQEFVKIKDKNEILK 860 870 880 890 900 660 670 680 690 700 KIAA17 RDTPGTC------HVTLKELRAAIDSTYRKLMEDPDKWKDYTSRFSEFSSWISTNETQLK :. .: ...: : .: ..: ... . :. . . . . . : : ....: KIAA15 RNLENTQNQIKAEYISLAEHEAKMSSLSQSMRKVQDSNAEILANYRKGQEEIVTLHAEIK 910 920 930 940 950 960 710 720 730 740 750 760 KIAA17 GIKGEAIDTANHG-EVKRA-VEEIRNGVTKRGETLSWLKSRLKVLTE--VSSENEAQK-- . : : .:: .. .:: : . ... : : . ::..:. :. ::.:..: KIAA15 AQKKE-LDTIQECIKVKYAPIVSFEECERKFKATEKELKDQLSEQTQKYSVSEEEVKKNK 970 980 990 1000 1010 1020 770 780 790 800 KIAA17 -QGDELAK----LSSSFKALVTLLS---EVEKMLSNFGDCV--QYKEI------VKNSLE ..:.: : :..... ..:. :.:. :: : . : :.. ::: : KIAA15 QENDKLKKEIFTLQKDLRDKTVLIEKSHEMERALSRKTDELNKQLKDLSQKYTEVKNVKE 1030 1040 1050 1060 1070 1080 810 820 830 840 850 860 KIAA17 ELISGSKEVQEQAEKILDTENLFEAQQLLLHHQQKTKR-ISAKKRDVQQQIAQAQQGEGG .:. .: .:. .:: ..::.. :.. :.. . :. ... ....... . :. KIAA15 KLV---EENAKQTSEILAVQNLLQKQHVPLEQVEALKKSLNGTIENLKEELKSMQRCY-- 1090 1100 1110 1120 1130 1140 870 880 890 900 910 920 KIAA17 LPDRGHEELRKLESTLDGLERSRERQERRIQVTLRKWERFETNKETVVRYLFQTGSSHER .. .. . ::.. :.. . : ...:. : :: ::. . . .: KIAA15 --EKEQQTVTKLHQLLENQKNSSVPLAEHLQIK----EAFE--KEVGIIKASLREKEEES 1150 1160 1170 1180 1190 930 940 950 960 970 980 KIAA17 FLSFSSLESLSSELEQTKEFSKRTESIAVQAENLVKEASEIPLGPQNKQLLQQQAKSIKE .. . .:.::...::. :. :. .:. .. .:. :. : .:..: KIAA15 QNKMEEVSKLQSEVQNTKQALKKLET---------REVVDLSKYKATKSDLETQISSLNE 1200 1210 1220 1230 1240 990 1000 KIAA17 QVKKLEDTLEEEYVIDKS .. .:. :: KIAA15 KLANLNRKYEEVCEEVLHAKKKEISAKDEKELLHFSIEQEIKDQKERCDKSLTTITELQR 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1001 residues in 1 query sequences 1986504 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:38 2008 done: Thu Dec 18 15:15:39 2008 Total Scan time: 0.670 Total Display time: 0.200 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]