# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pg00954.fasta.huge -Q ../query/KIAA1729.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1729, 1020 aa vs ./tmplib.25089 library 1986485 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8309+/-0.00678; mu= 21.1130+/- 0.468 mean_var=265.7175+/-68.291, 0's: 0 Z-trim: 16 B-trim: 104 in 1/39 Lambda= 0.078680 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0335 ( 1484 res) pf00495 (1484) 353 55.0 8.4e-08 KIAA0236 ( 1696 res) ha04654 (1696) 222 40.3 0.0026 >>KIAA0335 ( 1484 res) pf00495 (1484 aa) initn: 875 init1: 316 opt: 353 Z-score: 232.0 bits: 55.0 E(): 8.4e-08 Smith-Waterman score: 681; 24.454% identity (48.399% similar) in 1374 aa overlap (5-1015:121-1483) 10 20 KIAA17 MTIATCAKCKSVHKISLQDLQKGT-----GKDGM .: ::.. . : .:::: :. 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