# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pg00153.fasta.huge -Q ../query/KIAA1727.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1727, 1130 aa vs ./tmplib.25089 library 1986375 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0854+/-0.0124; mu= -19.0323+/- 0.839 mean_var=606.7679+/-145.451, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 4 in 1/39 Lambda= 0.052067 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0666 ( 1085 res) hk02075 (1085) 613 61.7 6.8e-10 KIAA2014 ( 1032 res) ff00951s1 (1032) 596 60.4 1.6e-09 KIAA1695 ( 1199 res) fj11471 (1199) 415 46.8 2.2e-05 >>KIAA0666 ( 1085 res) hk02075 (1085 aa) initn: 632 init1: 196 opt: 613 Z-score: 269.5 bits: 61.7 E(): 6.8e-10 Smith-Waterman score: 664; 27.273% identity (59.394% similar) in 495 aa overlap (8-472:539-1025) 10 20 30 KIAA17 ENGNIATAPGFMIGQTPPPAPPP--PPPPPPPSPPCS .:: : : .: ::::::: : KIAA06 KQVKQQVADLTAQLHELSRRAVCASIPGGPSPGAPGGPFPSSVPGSLLPPPPPPPLPGGM 510 520 530 540 550 560 40 50 60 70 80 90 KIAA17 CSREECPSSPPP-PP--PPPLPGEPPIPP--PPPGLPPTTHMNGYSHLGKKKRMRSFFWK : ::: :: ::: :: ::. :::: : .. : . ..:: :. 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