# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf01109.fasta.huge -Q ../query/KIAA1726.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1726, 624 aa vs ./tmplib.25089 library 1986881 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8911+/-0.00773; mu= 8.1864+/- 0.525 mean_var=218.2291+/-52.024, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 51 in 1/39 Lambda= 0.086820 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0323 ( 724 res) hg00467 ( 724) 559 82.9 1e-16 KIAA0615 ( 943 res) hg01354a ( 943) 511 77.1 7.6e-15 KIAA1305 ( 1819 res) fh04045s1 (1819) 448 69.6 2.7e-12 >>KIAA0323 ( 724 res) hg00467 (724 aa) initn: 561 init1: 422 opt: 559 Z-score: 392.1 bits: 82.9 E(): 1e-16 Smith-Waterman score: 559; 46.561% identity (72.487% similar) in 189 aa overlap (1-189:498-683) 10 20 30 KIAA17 GNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFV : .. :: ::: .::..: .:::.:::::: KIAA03 DPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVFV 470 480 490 500 510 520 40 50 60 70 80 90 KIAA17 PAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGI : :: . :: . ....:.:: . ..: .:::: ..:.:. :::::.:::: :.::: KIAA03 PQWRFSK---DAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGI 530 540 550 560 570 580 100 110 120 130 140 150 KIAA17 IVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVP :::::..::::.:. .: .: :::: ..::.. :: :::::::.::.::.::.: . KIAA03 IVSNDQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKKPARTQ 590 600 610 620 630 640 160 170 180 190 200 210 KIAA17 EHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNS .: : .:.. . . :.:: :.. . : KIAA03 GSSKAQHPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIRKTRETERLRRQLLEVFWGQDHKVDFILQ 650 660 670 680 690 700 220 230 240 250 260 270 KIAA17 VPCSTKADSTSDVKRGAPKRQSDPSIRTQVYQDLEEKLPTKNKLETRSVPSLVSIPATST KIAA03 REPYCRDINQLSEALLSLNF 710 720 >>KIAA0615 ( 943 res) hg01354a (943 aa) initn: 504 init1: 343 opt: 511 Z-score: 358.4 bits: 77.1 E(): 7.6e-15 Smith-Waterman score: 511; 50.685% identity (80.822% similar) in 146 aa overlap (1-146:679-821) 10 20 30 KIAA17 GNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFV : :. :::::: .::..: . :...::::: KIAA06 IPYKLELKNEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVFV 650 660 670 680 690 700 40 50 60 70 80 90 KIAA17 PAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGI : :: .: : .:.:..: .:.. :: .::.: : :.:.. .::::...:: .. :: KIAA06 PQWR---TRRDPNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGI 710 720 730 740 750 760 100 110 120 130 140 150 KIAA17 IVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVP ::.:::.:...::. :...: .:::.:.::.: :: ::::::: :: :..::.:. KIAA06 IVTNDNFREFVNESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLR 770 780 790 800 810 820 160 170 180 190 200 210 KIAA17 EHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNS KIAA06 DMQPLLSALPNVGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPS 830 840 850 860 870 880 >>KIAA1305 ( 1819 res) fh04045s1 (1819 aa) initn: 459 init1: 156 opt: 448 Z-score: 312.7 bits: 69.6 E(): 2.7e-12 Smith-Waterman score: 448; 46.939% identity (78.231% similar) in 147 aa overlap (1-147:728-868) 10 20 30 KIAA17 GNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFV : .. :::::: .::..: .:::...:::: KIAA13 TPFELNLSGEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRGHREVTVFV 700 710 720 730 740 750 40 50 60 70 80 90 KIAA17 PAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGI :.:. ...: . ....: ::.. :.: .:::. .:.... :: ::.:::: :.::: KIAA13 PTWQLKKNRR---VRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAEETDGI 760 770 780 790 800 810 100 110 120 130 140 150 KIAA17 IVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVP ::.:.. . : : . : .. .::: ..:... :: ::::::: ::.::.:: ::: KIAA13 IVTNEQIHILMNSSK--KLMVKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFL-KKPNRL 820 830 840 850 860 870 160 170 180 190 200 210 KIAA17 EHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNS KIAA13 DTDIGNFLKVWKTLPPSSASVTELSDDADSGPLESLPNMEEVREEKEERQDEEQRQGQGT 880 890 900 910 920 930 624 residues in 1 query sequences 1986881 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:29 2008 done: Thu Dec 18 15:14:30 2008 Total Scan time: 0.510 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]